| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 英文缩略表 | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-20页 |
| 1 我国南方黄牛特点 | 第11页 |
| 2 云岭牛和文山牛 | 第11-12页 |
| 3 牛肉品质 | 第12页 |
| 4 表观遗传学 | 第12-15页 |
| 4.1 DNA甲基化 | 第13页 |
| 4.2 DNA甲基化调控基因表达的机制 | 第13-14页 |
| 4.3 哺乳动物DNA甲基化 | 第14-15页 |
| 5 全基因组DNA甲基化的研究方法 | 第15-18页 |
| 5.1 全因组亚硫酸氢盐测序法 | 第16页 |
| 5.2 简化代表性重亚硫酸盐测序 | 第16-17页 |
| 5.3 DNA甲基化免疫共沉淀测序 | 第17页 |
| 5.4 限制性内酶切测序法 | 第17-18页 |
| 6 本研究的目的和意义 | 第18-20页 |
| 第二章 不同品种牛肉品质差异研究 | 第20-25页 |
| 1 实验材料 | 第20页 |
| 1.1 实验动物及样品采集 | 第20页 |
| 1.2 饲养管理 | 第20页 |
| 1.3 主要仪器 | 第20页 |
| 2 实验步骤 | 第20-21页 |
| 2.1 pH值的测定 | 第21页 |
| 2.2 失水率的测定 | 第21页 |
| 2.3 脂肪和蛋白质的测定 | 第21页 |
| 2.4 脂肪酸含量测定 | 第21页 |
| 2.5 肉品质测定数据的分析 | 第21页 |
| 3 结果与分析 | 第21-23页 |
| 3.1 不同品种牛之间牛肉品质的比较分析 | 第21-22页 |
| 3.2 不同品种牛之间脂肪酸含量的比较分析 | 第22-23页 |
| 4 讨论 | 第23-25页 |
| 第三章 不同品种牛背最长肌的DNA甲基化分析 | 第25-57页 |
| 1 实验材料 | 第25-26页 |
| 1.1 实验样品 | 第25页 |
| 1.2 主要仪器 | 第25页 |
| 1.3 主要试剂 | 第25-26页 |
| 1.4 主要数据库 | 第26页 |
| 1.5 主要软件 | 第26页 |
| 2 实验步骤 | 第26-34页 |
| 2.1 肌肉组织DNA提取 | 第26-27页 |
| 2.2 METHYLRAD-SEQ建库 | 第27-28页 |
| 2.3 参考序列比对分析 | 第28页 |
| 2.4 差异甲基化基因的筛选 | 第28-29页 |
| 2.5 差异基因的基因本体论(GO)功能分析 | 第29页 |
| 2.6 差异基因KEGG通路分析 | 第29-30页 |
| 2.7 亚硫酸氢盐PCR测序(BSP) | 第30-34页 |
| 2.7.1 亚硫酸氢盐转化基因组DNA | 第30页 |
| 2.7.2 纯化亚硫酸盐修饰的DNA | 第30-31页 |
| 2.7.3 CPG岛的预测及引物设计 | 第31页 |
| 2.7.4 亚硫酸盐测序PCR | 第31-33页 |
| 2.7.5 PCR扩增产物回收、连接、转化和测序鉴定 | 第33-34页 |
| 2.7.6 克隆测序结果分析 | 第34页 |
| 3 不同牛种背最长肌METHYLRAD-SEQ结果与分析 | 第34-54页 |
| 3.1 数据的产出与统计 | 第34-35页 |
| 3.1.1 数据产出统计 | 第34页 |
| 3.1.2 数据质量过滤 | 第34-35页 |
| 3.1.3 METHYLRAD测序REDAS与参考基因组序列比对分析 | 第35页 |
| 3.2 甲基化位点(CCGG/CCWGG) | 第35-38页 |
| 3.2.1 甲基化位点数量 | 第35-36页 |
| 3.2.2 甲基化水平 | 第36-37页 |
| 3.2.3 唯一比对REDAS在基因元件上的分布 | 第37-38页 |
| 3.3 不同品种间的差异甲基化基因 | 第38-40页 |
| 3.4 差异甲基化基因GO分析 | 第40-44页 |
| 3.5 差异甲基化基因KEGG分析 | 第44-45页 |
| 3.6 METHYLRAD-SEQ和RNA-SEQ数据联合分析 | 第45-46页 |
| 3.7 亚硫酸氢盐测序 | 第46-54页 |
| 3.7.1 DNA提取与检测 | 第47页 |
| 3.7.2 ACAD11基因启动子CPG岛预测 | 第47-49页 |
| 3.7.3 FADS6基因启动子CPG岛预测 | 第49-51页 |
| 3.7.4 FASN基因启动子CPG岛预测 | 第51-54页 |
| 4 讨论 | 第54-57页 |
| 4.1 不同品种牛肌肉组织的甲基化分析 | 第54-55页 |
| 4.2 关于不同品种牛的全基因组甲基化和表达谱联合分析 | 第55-57页 |
| 第四章 结论 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-65页 |
| 致谢 | 第65-66页 |
| 攻读学位期间发表和参与发表的学术论文目录 | 第66-68页 |
