| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 缩略语表 | 第11-12页 |
| 1 文献综述 | 第12-27页 |
| 1.1 非整倍体及其在遗传研究中的利用 | 第12-21页 |
| 1.1.1 种内非整倍体 | 第12-18页 |
| 1.1.1.1 种内非整倍体的类型及产生原因 | 第12-13页 |
| 1.1.1.2 种内非整倍体的遗传分析 | 第13-15页 |
| 1.1.1.3 种内非整倍体的表型效应 | 第15-16页 |
| 1.1.1.4 种内非整倍性对基因表达的影响 | 第16-18页 |
| 1.1.2 种间非整倍体 | 第18-20页 |
| 1.1.2.1 种间非整倍体的创建 | 第18-19页 |
| 1.1.2.2 种间非整倍体的遗传分析 | 第19-20页 |
| 1.1.2.3 种间非整倍体的育种利用 | 第20页 |
| 1.1.3 基因平衡假说 | 第20-21页 |
| 1.2 萝卜与芸薹属的染色体组结构及关系 | 第21-25页 |
| 1.3 转录组测序在遗传研究中的利用 | 第25-26页 |
| 1.4 本研究的内容、目的与意义 | 第26-27页 |
| 2 甘蓝型油菜单体与缺体的转录组研究 | 第27-55页 |
| 2.1 引言 | 第27页 |
| 2.2 材料与方法 | 第27-29页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第27-28页 |
| 2.2.2 细胞学与荧光原位杂交（FISH）分析 | 第28页 |
| 2.2.3 RNA-seq文库构建和测序 | 第28-29页 |
| 2.2.4 测序数据的处理与基因注释 | 第29页 |
| 2.3 结果与分析 | 第29-49页 |
| 2.3.1 单体/缺体的形态学和细胞学特征 | 第29-32页 |
| 2.3.2 RNA测序鉴定缺体中C2染色体的丢失 | 第32-33页 |
| 2.3.3 非整倍体和整倍体间的总体差异表达基因 | 第33-37页 |
| 2.3.4 非整倍性对不同染色体的不同影响 | 第37-41页 |
| 2.3.5 单体比缺体有更严重的基因表达扰乱 | 第41-42页 |
| 2.3.6 特定染色体上异常调节区域 | 第42-43页 |
| 2.3.7 部分同源的A2染色体基因表达的明显下降 | 第43-45页 |
| 2.3.8 DEGs的GO（Gene Ontology）分类 | 第45-47页 |
| 2.3.9 非整倍体中与形态学相关的基因表达 | 第47-49页 |
| 2.4 讨论 | 第49-55页 |
| 2.4.1 非整倍体中基因表达的全基因组扰乱 | 第49-50页 |
| 2.4.2 剩余基因组内某些基因的补偿性上调 | 第50-51页 |
| 2.4.3 异常调节区域为非整倍性的一般特征 | 第51-52页 |
| 2.4.4 利用缺体进行基因和性状的染色体定位 | 第52-55页 |
| 3 甘蓝型油菜-萝卜附加系的转录组研究 | 第55-72页 |
| 3.1 引言 | 第55页 |
| 3.2 材料与方法 | 第55-57页 |
| 3.2.1 实验材料 | 第55-56页 |
| 3.2.2 细胞学与基因组原位杂交（GISH）分析 | 第56页 |
| 3.2.3 RNA提取与文库构建 | 第56页 |
| 3.2.4 Reads过滤与定位 | 第56-57页 |
| 3.2.5 基因功能富集与可视化 | 第57页 |
| 3.3 结果与分析 | 第57-68页 |
| 3.3.1 甘蓝型油菜—萝卜二体附加系的染色体组成鉴定 | 第57-58页 |
| 3.3.2 附加系与亲本间的差异表达基因 | 第58-60页 |
| 3.3.3 萝卜染色体对甘蓝型油菜不同基因组及染色体上基因表达的差异影响 | 第60-63页 |
| 3.3.4 两个附加系与油菜的共同差异表达基因 | 第63-65页 |
| 3.3.5 部分同源基因在附加系和油菜中的表达 | 第65-68页 |
| 3.4 讨论 | 第68-72页 |
| 参考文献 | 第72-82页 |
| 附录 | 第82-107页 |
| 附表1 定位到甘蓝型油菜“DARMOR-BZH”参考基因组上的READS汇总 | 第82-83页 |
| 附表2 ORO所有染色体上表达基因的比例 | 第83-84页 |
| 附表3 两组比较中GO条目的详细资料 | 第84-89页 |
| 附表4 甘蓝型油菜中有关生长素基因的表达 | 第89-101页 |
| 附表5 甘蓝型油菜中有关开花基因的表达 | 第101-107页 |
| 个人简介 | 第107页 |
| 发表论文 | 第107-108页 |
| 致谢 | 第108-109页 |
