| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 缩略语表 | 第12-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-35页 |
| 1 根结线虫研究进展 | 第13-15页 |
| 1.1 根结线虫的危害和症状 | 第13-14页 |
| 1.2 根结线虫的生物学特性 | 第14页 |
| 1.3 根结线虫基因组 | 第14-15页 |
| 2 效应蛋白研究 | 第15-22页 |
| 2.1 细菌效应蛋白 | 第16页 |
| 2.2 真菌效应蛋白 | 第16页 |
| 2.3 线虫效应蛋白 | 第16-22页 |
| 2.3.1 取食位点细胞 | 第16-17页 |
| 2.3.2 线虫分泌蛋白的研究方法 | 第17-18页 |
| 2.3.3 线虫分泌蛋白功能 | 第18-22页 |
| 2.3.4 线虫分泌蛋白研究总结 | 第22页 |
| 3 VIGS在基因功能研究中的应用 | 第22-24页 |
| 3.1 VIGS的原理 | 第22-23页 |
| 3.2 VIGS的研究及应用进展 | 第23-24页 |
| 4 线虫生防资源 | 第24-28页 |
| 4.1 食线虫细菌 | 第24-25页 |
| 4.2 食线虫真菌 | 第25-28页 |
| 4.2.1 食线虫真菌概述 | 第25-26页 |
| 4.2.2 食线虫真菌侵染线虫的分子机制 | 第26-28页 |
| 5 卵寄生真菌淡紫紫孢菌 | 第28-30页 |
| 5.1 淡紫紫孢菌分类地位及生物学特性 | 第28-29页 |
| 5.2 淡紫紫孢菌的生防机制 | 第29页 |
| 5.3 淡紫紫孢菌的生防制剂研究 | 第29-30页 |
| 6 基因组学研究进展 | 第30-33页 |
| 6.1 基因组测序技术发展 | 第30-31页 |
| 6.2 真菌基因组测序 | 第31-32页 |
| 6.3 真菌对比基因组学 | 第32页 |
| 6.4 真菌功能基因组学 | 第32-33页 |
| 7 转录组研究进展 | 第33页 |
| 8 研究的目的与意义 | 第33-35页 |
| 第二章 南方根结线虫效应蛋白Misp12的功能分析 | 第35-58页 |
| 1 材料与方法 | 第35-43页 |
| 1.1 试验材料 | 第35页 |
| 1.1.1 南方根结线虫 | 第35页 |
| 1.2 试验方法 | 第35-43页 |
| 1.2.1 南方根结线虫基因组和蛋白组数据的生物信息学分析 | 第35-36页 |
| 1.2.2 候选基因Misp12 cDNA和基因组全长序列扩增 | 第36页 |
| 1.2.3 基因序列分析和蛋白结构分析 | 第36页 |
| 1.2.4 基因序列对比及系统进化 | 第36页 |
| 1.2.5 基因表达动态分析 | 第36页 |
| 1.2.6 IAA诱导Misp12表达试验 | 第36-37页 |
| 1.2.7 Misp12线虫体内原位杂交 | 第37-38页 |
| 1.2.8 洋葱表皮细胞定位 | 第38-40页 |
| 1.2.9 VIGS沉默 | 第40-41页 |
| 1.2.10 VIGS沉默后植物防御基因表达量分析 | 第41页 |
| 1.2.11 细胞程序性死亡抑制实验 | 第41-42页 |
| 1.2.12 巨型细胞石蜡切片制作与观察 | 第42-43页 |
| 2 结果与分析 | 第43-54页 |
| 2.1 生物信息学挖掘候选效应蛋白 | 第43页 |
| 2.2 Misp12基因序列扩增以及结构分析 | 第43-45页 |
| 2.3 Misp12基因对比及系统发育树分析 | 第45-46页 |
| 2.4 Misp12基因表达动态 | 第46-47页 |
| 2.5 Misp12基因线虫体内表达定位 | 第47页 |
| 2.6 Misp12蛋白植物中亚细胞定位 | 第47-48页 |
| 2.7 VIGS沉默效果检测 | 第48-49页 |
| 2.8 VIGS沉默后根结和线虫数量变化 | 第49-51页 |
| 2.9 VIGS沉默后植物防御基因表达量 | 第51页 |
| 2.10 Misp12能抑制细胞程序性死亡 | 第51-52页 |
| 2.11 VIGS沉默后巨型细胞变化 | 第52-53页 |
| 2.12 IAA诱导Misp12基因表达 | 第53-54页 |
| 3 讨论 | 第54-58页 |
| 第三章 淡紫紫孢菌36-1菌株寄生适应性的比较基因组研究 | 第58-94页 |
| 1 材料与方法 | 第58-63页 |
| 1.1 试验材料 | 第58页 |
| 1.2 试验方法 | 第58-63页 |
| 1.2.1 基因组测序与组装 | 第58-59页 |
| 1.2.2 基因预测与注释 | 第59页 |
| 1.2.3 共线性分析 | 第59页 |
| 1.2.4 同源序列与系统发育分析 | 第59-60页 |
| 1.2.5 蛋白质家族分类与进化分析 | 第60页 |
| 1.2.6 次生代谢产物相关基因分析 | 第60-61页 |
| 1.2.7 转录组分析 | 第61-62页 |
| 1.2.8 单一碳源生长比较 | 第62页 |
| 1.2.9 qRT-PCR验证 | 第62-63页 |
| 2 结果与分析 | 第63-90页 |
| 2.1 基因组组装质量的评估 | 第63页 |
| 2.2 基因组特征概述 | 第63-65页 |
| 2.3 共线性分析 | 第65-67页 |
| 2.4 基因组进化分析 | 第67-68页 |
| 2.5 系统发育分析 | 第68-71页 |
| 2.6 细胞壁降解相关基因的鉴定与比较 | 第71-72页 |
| 2.7 丝氨酸和金属蛋白酶分析及其在寄生过程中的作用 | 第72-75页 |
| 2.8 几丁质代谢相关基因分析 | 第75-77页 |
| 2.9 膜转运蛋白鉴定与分析 | 第77-79页 |
| 2.10 信号转导基因在侵染中的作用 | 第79-82页 |
| 2.11 效应蛋白(effector)的鉴定 | 第82-84页 |
| 2.12 次生代谢产物合成基因的鉴定 | 第84-86页 |
| 2.13 附着胞形成相关基因的表达 | 第86-88页 |
| 2.14 侵染过程中明显的代谢转换过程 | 第88-90页 |
| 3 讨论 | 第90-94页 |
| 第四章 研究总结与展望 | 第94-96页 |
| 参考文献 | 第96-121页 |
| 博士期间发表成果 | 第121-122页 |
| 致谢 | 第122-123页 |
| 附录 | 第123-128页 |
| 附表 | 第128-151页 |
| 附图 | 第151-155页 |
