| 摘要 | 第9-12页 |
| Abstract | 第12-15页 |
| 第1章 文献综述 | 第16-44页 |
| 1 结核病 | 第16页 |
| 2 细菌耐药机理 | 第16-17页 |
| 3 表观遗传 | 第17-32页 |
| 3.1 DNA甲基化 | 第17-18页 |
| 3.2 核糖开关 | 第18页 |
| 3.3 sRNAs | 第18-24页 |
| 3.4 蛋白质磷酸化修饰 | 第24页 |
| 3.5 蛋白质赖氨酸乙酰化修饰 | 第24-32页 |
| 3.6 新型蛋白质翻译后修饰—赖氨酸琥珀酰化、戊二酰化 | 第32页 |
| 4 总结 | 第32页 |
| 参考文献 | 第32-44页 |
| 第2章 绪论 | 第44-46页 |
| 1 选题依据、研究目的与意义 | 第44页 |
| 2 科学问题 | 第44页 |
| 3 研究内容与技术路线 | 第44-46页 |
| 第3章 结核分枝杆菌乙酰化蛋白质组学研究 | 第46-72页 |
| 1 引言 | 第46页 |
| 2 实验材料 | 第46-49页 |
| 2.1 实验质粒、菌种及引物 | 第46-47页 |
| 2.2 主要试验材料 | 第47-49页 |
| 2.3 主要仪器 | 第49页 |
| 3 实验方法 | 第49-53页 |
| 3.0 菌株培养 | 第49页 |
| 3.1 M. tuberculosis H37Rv总蛋白质提取 | 第49-50页 |
| 3.2 赖氨酸乙酰化肽段的富集 | 第50页 |
| 3.3 高压液相色谱-电喷雾质谱联用（Liquid chromatography electrosprayionisation tandem mass spectrometry，LC-ESI-MS/MS） | 第50-51页 |
| 3.4 数据处理 | 第51页 |
| 3.5 生物信息学分析 | 第51-52页 |
| 3.6 ICL克隆和定点突变 | 第52页 |
| 3.7 His标签蛋白质的表达和纯化 | 第52-53页 |
| 3.8 异柠檬酸裂解酶活性的测定 | 第53页 |
| 3.9 MIC测定 | 第53页 |
| 4 结果与分析 | 第53-66页 |
| 4.1 M. tuberculosis H37Rv赖氨酸乙酰化组学图谱 | 第53-58页 |
| 4.2 乙酰化肽段的特征分析 | 第58-59页 |
| 4.3 结核分枝杆菌乙酰化学和其他细菌乙酰化组学比较 | 第59-60页 |
| 4.4 乙酰化蛋白也可以被磷酸化和类泛素化 | 第60页 |
| 4.5 异柠檬酸裂解酶K322的乙酰化导致其酶活性降低 | 第60-64页 |
| 4.6 参与结核分枝杆菌持留、毒力和抗生素耐受白质被乙酰化 | 第64-66页 |
| 5 讨论 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-72页 |
| 第4章 结核分枝杆菌乙酰化酶系统性分析 | 第72-88页 |
| 1 引言 | 第72页 |
| 2 实验材料 | 第72-74页 |
| 2.1 分枝杆菌基因组 | 第72-73页 |
| 2.2 生物信息学软件 | 第73页 |
| 2.3 实验所用菌株 | 第73-74页 |
| 3 实验方法 | 第74-75页 |
| 3.1 结核分枝杆菌中乙酰化酶的鉴定 | 第74页 |
| 3.2 同源性分析 | 第74页 |
| 3.3 抗原性指数，整体性和生化性质分析 | 第74页 |
| 3.4 基因组环境和共转录分析 | 第74-75页 |
| 3.5 乙酰化酶的表达情况 | 第75页 |
| 4 结果与分析 | 第75-84页 |
| 4.1 系统性分析结核分枝杆菌的乙酰化酶 | 第75-77页 |
| 4.2 结核分枝杆菌乙酰化酶和其他分枝杆菌比较 | 第77-79页 |
| 4.3 MTB复合物中乙酰化酶的鉴定 | 第79页 |
| 4.4 结核分枝杆菌乙酰化酶的抗原性分析 | 第79页 |
| 4.5 结核分枝杆菌H37Rv和H37Ra乙酰化酶的比较分析 | 第79-80页 |
| 4.6 结核分枝杆菌和麻风分枝杆菌乙酰化酶的比较分析 | 第80-81页 |
| 4.7 乙酰化酶与毒力因子，必需基因的重叠 | 第81页 |
| 4.8 乙酰化酶与琥珀酰化、乙酰化、戊二酰基化交叉分析 | 第81-82页 |
| 4.9 乙酰化酶的基因组环境和共转录分析 | 第82-83页 |
| 4.10 组学数据分析 | 第83-84页 |
| 5 讨论 | 第84页 |
| 参考文献 | 第84-88页 |
| 第5章 结核分枝杆菌乙酰化酶Rv0998的功能研究 | 第88-114页 |
| 1 前言 | 第88页 |
| 2 主要试验材料 | 第88-91页 |
| 2.1 菌株、质粒与引物 | 第88-90页 |
| 2.2 培养基 | 第90页 |
| 2.3 试剂与溶液 | 第90-91页 |
| 3 实验方法 | 第91-95页 |
| 3.1 细菌菌株和培养条件 | 第91页 |
| 3.2 无标记MSMEG_5458 缺失菌株的构建和鉴定 | 第91页 |
| 3.3 M. smegmatis mc2155 和△MS5458全蛋白质提取 | 第91页 |
| 3.4 赖氨酸乙酰化肽段的富集 | 第91-92页 |
| 3.5 LC-MS/MS分析 | 第92页 |
| 3.6 数据处理 | 第92页 |
| 3.7 生物信息学分析 | 第92-93页 |
| 3.8 不同碳源利用的生长表型测定 | 第93页 |
| 3.9 耻垢分枝杆菌对热激耐受性测定 | 第93页 |
| 3.10 脂肪酸提取以及气相色谱分析 | 第93-94页 |
| 3.11 纸片扩散法 | 第94页 |
| 3.12 生物膜形成 | 第94页 |
| 3.13 MIC测定 | 第94页 |
| 3.14 定点突变 | 第94-95页 |
| 3.15 Western blot | 第95页 |
| 3.16 Trizol法提取RNA和定量RT-PCR | 第95页 |
| 3.17 NAD和NADH含量测定 | 第95页 |
| 4 结果与分析 | 第95-109页 |
| 4.1 M. smegmatis mc2155 乙酰化蛋白质的鉴定 | 第95-97页 |
| 4.2 乙酰化蛋白质具有广泛的细胞定位和功能分类 | 第97-98页 |
| 4.3 赖氨酸乙酰化位点分析 | 第98-100页 |
| 4.4 乙酰化蛋白质相互作用网络 | 第100页 |
| 4.5 参与中心代谢和脂肪酸代谢的关键酶被乙酰化 | 第100-101页 |
| 4.6 赖氨酸乙酰化修饰对不同碳源利用的影响 | 第101-102页 |
| 4.7 热激实验结果 | 第102-103页 |
| 4.8 缺失MSMEG_5458 可以改变耻垢分枝杆菌脂肪酸含量 | 第103-104页 |
| 4.9 缺失MSMEG_5458 可以增强耻垢分枝杆菌对SDS和异烟肼耐受 | 第104-106页 |
| 4.10 WT和ΔMS5458菌株的差异性乙酰化蛋白质 | 第106-107页 |
| 4.11 InhA点突变实验 | 第107-109页 |
| 4.12 缺失MSMEG_5458 降低耻垢分枝杆菌NAD+水平但增加NADH水平 | 第109页 |
| 5 讨论 | 第109-110页 |
| 参考文献 | 第110-114页 |
| 第6章 结核分枝杆菌戊二酰化蛋白质组学研究 | 第114-124页 |
| 1 前言 | 第114页 |
| 2 实验材料 | 第114-115页 |
| 3 实验方法 | 第115-116页 |
| 3.1 M. tuberculosis H37Rv蛋白质提取 | 第115页 |
| 3.2 胰蛋白酶消化 | 第115页 |
| 3.3 赖氨酸戊二酰基化肽段的富集 | 第115页 |
| 3.4 LC-MS/MS | 第115-116页 |
| 3.5 数据处理 | 第116页 |
| 4 结果与分析 | 第116-121页 |
| 4.1 结核分枝杆菌赖氨酸戊二酰化蛋白功能分类 | 第116-118页 |
| 4.2 利用PROSITE数据库寻找戊二酰化的活性位点和结合位点 | 第118-119页 |
| 4.3 戊二酰化蛋白也可以被乙酰化和琥珀酰化 | 第119页 |
| 4.4 结核分枝杆菌赖氨酸戊二酰化蛋白与其他细菌的比较 | 第119-120页 |
| 4.5 结核分枝杆菌戊二酰基化蛋白质 | 第120-121页 |
| 5 结论 | 第121-122页 |
| 参考文献 | 第122-124页 |
| 第7章 结核分枝杆菌铁代谢相关sRNAs功能初探 | 第124-154页 |
| 1 引言 | 第124-125页 |
| 2 实验材料 | 第125-130页 |
| 2.1 实验质粒、菌种及引物 | 第125-128页 |
| 2.2 主要试验材料 | 第128-130页 |
| 2.3 主要仪器 | 第130页 |
| 3 实验方法 | 第130-135页 |
| 3.1 数据收集及生物信息学分析 | 第130页 |
| 3.2 菌株的培养 | 第130-131页 |
| 3.3 大肠杆菌和结核分枝杆菌总RNA的提取 | 第131页 |
| 3.4 Northern blot鉴定 | 第131-132页 |
| 3.5 RJEM（Rapid joint ends mapping） | 第132-133页 |
| 3.6 凝胶迁移或电泳迁移率实验 | 第133页 |
| 3.7 四环素诱导型过表达重组菌株的构建 | 第133-134页 |
| 3.8 重组结核分枝杆菌在不同培养条件下的生长情况 | 第134页 |
| 3.9 定量RT-PCR | 第134页 |
| 3.10 Western blot | 第134页 |
| 3.11 转录组测序、数据处理和分析 | 第134-135页 |
| 3.12 sRNAs启动子活性检测 | 第135页 |
| 4 结果与分析 | 第135-151页 |
| 4.1 已有结核分枝杆菌sRNAs文献收集和分析 | 第135-136页 |
| 4.2 ncRv2711c存在于结核分枝杆菌和BCG中 | 第136页 |
| 4.3 一种快速鉴定sRNAs末端的新方法RJEM | 第136-138页 |
| 4.4 鉴定ncRv2711c的 5’末端和 3’末端 | 第138-139页 |
| 4.5 ncRv2711c成功过表达于结核分枝杆菌 | 第139-141页 |
| 4.6 过表达ncRv2711c抑制结核分枝杆菌在高铁条件下生长 | 第141-142页 |
| 4.7 过表达ncRv2711c导致结核分枝杆菌IdeR，BfrB和MbtB基因m RNA水平变化 | 第142-144页 |
| 4.8 ncRv2711c在不同应激条件下表达情况 | 第144页 |
| 4.9 探寻ncRv2711c的上游调控器 | 第144-145页 |
| 4.10 RNAseq寻找与铁代谢相关的s RNAs | 第145-146页 |
| 4.11 RT-PCR验证RNA-seq结果 | 第146-147页 |
| 4.12 探寻IdeR调控的下游sRNAs | 第147-149页 |
| 4.13 RJEM鉴定ncRv0281c的 5’和 3’末端 | 第149页 |
| 4.14 IdeR正调控ncRv0281c的表达 | 第149-151页 |
| 5 讨论 | 第151-152页 |
| 参考文献 | 第152-154页 |
| 附录 | 第154-160页 |
| 创新点与展望 | 第160-162页 |
| 致谢 | 第162-166页 |
| 在学期间发表的论文 | 第166-167页 |
