| 摘要 | 第1-14页 |
| ABSTRACT | 第14-18页 |
| 缩略语及专有词汇检索表 | 第18-20页 |
| 第一章 文献综述 | 第20-50页 |
| 1 基于根际有益菌的微生物有机肥及其防控土传病害的机理 | 第20-26页 |
| ·黄瓜土传枯萎病及其防控 | 第20-24页 |
| ·黄瓜土传枯萎病的表现及其成因 | 第20-23页 |
| ·黄瓜土传枯萎病的防控 | 第23-24页 |
| ·微生物有机肥料研究概况 | 第24-26页 |
| ·微生物有机肥的概念和特点 | 第24页 |
| ·微生物有机肥的作用机理 | 第24-25页 |
| ·微生物有机肥的应用现状 | 第25-26页 |
| 2 根际有益芽孢杆菌的作用机制及定殖机理研究 | 第26-33页 |
| ·解淀粉芽孢杆菌的生防机制 | 第26-27页 |
| ·根际有益芽孢杆菌的生物膜形成与根际定殖 | 第27-33页 |
| ·细菌生物膜的研究概况 | 第27页 |
| ·细菌生物膜的研究方法 | 第27-28页 |
| ·芽孢杆菌中调控因子DegU和Spo0A调控生物膜形成的分子机制 | 第28-30页 |
| ·转录组技术在细菌生物膜研究中的应用 | 第30-31页 |
| ·抗生素类物质对细菌生物膜的影响研究概况 | 第31-32页 |
| ·铁离子对细菌生物膜的调控研究进展 | 第32-33页 |
| 3 生防菌根际定殖的研究概况 | 第33-37页 |
| ·PGPR在植物根际的有效定殖是其充分发挥功能的前提 | 第33-34页 |
| ·趋化性和成膜能力是影响PGPR在植物根际定殖的关键因素 | 第34页 |
| ·根系分泌物是调控PGPR根际定殖及其与植物根际互作的关键因素 | 第34-35页 |
| ·防菌根际定殖检测技术 | 第35-37页 |
| ·免疫学方法 | 第35-36页 |
| ·核酸探针法 | 第36页 |
| ·抗生素抗性标记 | 第36页 |
| ·报告基因标记 | 第36-37页 |
| 4 本研究目的、意义及技术路线 | 第37-39页 |
| ·研究目的及意义 | 第37-38页 |
| ·研究技术路线图 | 第38-39页 |
| 参考文献 | 第39-50页 |
| 第二章 菌株SQR9活性物质bacillomycin D的拮抗机制及其对生物膜形成的影响 | 第50-78页 |
| 1 材料与方法 | 第51-61页 |
| ·材料 | 第51-52页 |
| ·方法 | 第52-61页 |
| ·拮抗菌SQR9抗菌物质的分离、纯化与鉴定 | 第52-53页 |
| ·抗生素Bacillomycin D和fengycin合成基因bamD和fenA的敲除 | 第53-56页 |
| ·质粒pXKZ的消除 | 第56页 |
| ·Southern杂交 | 第56-59页 |
| ·SQR9以及突变体SQR9M1和SQR9M2生长曲线的测定 | 第59页 |
| ·SQR9以及突变体SQR9M1和SQR9M2的生物膜测定 | 第59-60页 |
| ·SQR9以及突变体SQR9M1和SQR9M2在黄瓜根表定殖的差异研究 | 第60页 |
| ·生物膜菌体RNA的提取和反转录 | 第60-61页 |
| ·利用Real-time PCR定量生物膜相关基因 | 第61页 |
| ·数据统计分析 | 第61页 |
| 2 结果与分析 | 第61-72页 |
| ·拮抗菌SQR9拮抗物质粗提物的活性及合成相关基因的检测 | 第61-64页 |
| ·抗生素bacillomycin D和fengycin合成基因bamD和fenA的敲除和验证 | 第64-66页 |
| ·突变体中质粒pXKZ的消除 | 第66-67页 |
| ·SQR9与突变体SQR9M1和SQR9M2的生长曲线差异 | 第67页 |
| ·Bacillomycin D是SQR9拮抗尖孢镰刀菌的主要拮抗物质 | 第67-69页 |
| ·Bacillomycin D对SQR9生物膜形成的影响 | 第69-70页 |
| ·生物膜相关基因的定量 | 第70-71页 |
| ·SQR9与突变体SQR9M1和SQR9M2在黄瓜根表定殖的差异 | 第71-72页 |
| 3 讨论 | 第72-74页 |
| 4 小结 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-78页 |
| 第三章 Bacillomycin D突变体对生物膜形成影响的转录组分析 | 第78-100页 |
| 1 材料与方法 | 第79-81页 |
| ·材料 | 第79页 |
| ·方法 | 第79-81页 |
| ·菌株SQR9和SQR9M1在24 h时的生物膜测定 | 第79-80页 |
| ·菌株SQR9和SQR9M1生物膜形成24 h时的转录组分析 | 第80页 |
| ·菌株SQR9和SQR9M1胞内铁含量的测定 | 第80页 |
| ·菌株SQR9和SQR9M1生物膜菌体RNA的提取和反转录 | 第80页 |
| ·利用Real-time PCR定量生物膜和铁转运蛋白相关基因 | 第80-81页 |
| ·数据统计与分析 | 第81页 |
| 2 结果与分析 | 第81-96页 |
| ·突变体SQR9M1在生物膜形成前期显著低于野生型SQR9 | 第81-82页 |
| ·转录组Solexa测序的整体信息 | 第82-83页 |
| ·转录组数据的总体分析 | 第83-84页 |
| ·显著性差异基因具体分析 | 第84-91页 |
| ·部分显著性差异基因的定量PCR验证 | 第91页 |
| ·突变体和野生型胞内铁的动态变化分析 | 第91-92页 |
| ·不同浓度铁离子对野生型SQR9生物膜形成的影响 | 第92-94页 |
| ·铁离子对突变体SQR9M1生物膜形成的影响 | 第94页 |
| ·定量PCR分析铁离子对突变体SQR9M1生物膜形成相关基因的影响 | 第94-96页 |
| 3 讨论 | 第96-97页 |
| 4 小结 | 第97-98页 |
| 参考文献 | 第98-100页 |
| 第四章 Bacillomycin D调控菌株SQR9生物膜形成的机理研究 | 第100-124页 |
| 1 材料与方法 | 第101-107页 |
| ·材料 | 第101-104页 |
| ·方法 | 第104-107页 |
| ·SQR9突变体的构建 | 第104页 |
| ·SQR9突变体的基因互补 | 第104-105页 |
| ·SQR9突变体生长曲线的测定 | 第105页 |
| ·SQR9突变体生物膜形成的定性观察和定量分析 | 第105页 |
| ·SQR9突变体生物膜形成相关基因的定量PCR分析 | 第105页 |
| ·SQR9突变体胞内铁含量的测定 | 第105页 |
| ·feuA重组表达载体的构建 | 第105页 |
| ·聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)分析 | 第105-106页 |
| ·重组表达产物FeuA的纯化 | 第106页 |
| ·BSA法测定蛋白总量 | 第106-107页 |
| ·Bacillomycin D能绑定铁离子转运系统FeuABC的SBP蛋白FeuA | 第107页 |
| ·突变体ΔfeuBC与野生型SQR9形成生物膜过程中胞内NAD~+/NADH的测定 | 第107页 |
| 2 结果与分析 | 第107-118页 |
| ·SQR9中五个铁离子运输ABC转运蛋白定点敲除突变体对菌落形态的影响 | 第107-108页 |
| ·铁离子运输ABC转运蛋白突变体对菌体生长的影响 | 第108-109页 |
| ·铁离子运输ABC转运蛋白突变体对生物膜的影响 | 第109-110页 |
| ·Bacillomycin D和铁离子对SQR9胞内铁离子转运蛋白和生物膜相关基因的影响 | 第110-111页 |
| ·铁离子运输ABC转运蛋白突变体ΔfeuBC和ΔyusV中生物膜相关基因对bacillomycin D和铁离子的响应 | 第111-112页 |
| ·SQR9中生物膜相关基因突变体对菌落的影响 | 第112-113页 |
| ·SQR9中生物膜相关基因突变体对菌体生长的影响 | 第113页 |
| ·SQR9中生物膜相关基因突变体对生物膜的影响 | 第113-115页 |
| ·影响生物膜形成相关基因突变体的互补 | 第115页 |
| ·突变体△feuBC和ΔyusV生物膜相关基因定量分析 | 第115-116页 |
| ·FeuA重组蛋白的IPTG诱导表达和纯化 | 第116-117页 |
| ·FeuA重组蛋白和bacillomycin D的绑定试验 | 第117页 |
| ·野生型SQR9和突变体细胞内NAD~+/NADH比值分析 | 第117-118页 |
| 3 讨论 | 第118-120页 |
| 4 小结 | 第120-121页 |
| 参考文献 | 第121-124页 |
| 第五章 调控因子DegU的磷酸化水平对bacillomycin D以及菌株SQR9生物防控能力的影响研究 | 第124-144页 |
| 1 材料与方法 | 第124-129页 |
| ·材料 | 第124-126页 |
| ·方法 | 第126-129页 |
| ·SQR9突变体的构建 | 第126页 |
| ·degQ基因的互补以及过表达 | 第126-127页 |
| ·不同DegU磷酸化水平突变体生长曲线的测定 | 第127页 |
| ·SQR9突变体的GFP标记 | 第127页 |
| ·不同Degu磷酸化水平突变体菌落观察 | 第127页 |
| ·不同DegU磷酸化水平突变体生物膜形成的定性观察和定量分析 | 第127页 |
| ·不同DegU磷酸化水平突变体生物膜形成相关基因的定量PCR分析 | 第127页 |
| ·解淀粉芽孢杆菌SQR9拮抗物质的分离和鉴定 | 第127-128页 |
| ·不同DegU磷酸化水平突变体根际定殖的CLSM观察 | 第128页 |
| ·不同DegU磷酸化水平突变体黄瓜枯萎病防控的影响 | 第128-129页 |
| ·数据统计分析 | 第129页 |
| 2 结果与分析 | 第129-138页 |
| ·不同DegU磷酸化水平突变体对菌落形态、生物膜形成和生物膜相关基因的影响 | 第129-131页 |
| ·不同DegU磷酸化水平突变体根际定殖能力比较 | 第131-132页 |
| ·高效液相色谱分离和质谱鉴定菌株SQR9分泌的拮抗活性物质 | 第132-135页 |
| ·不同DegU磷酸化水平突变体对SQR9中六种抗生素合成基因的影响 | 第135页 |
| ·不同DegU磷酸化水平突变体对SQR9中六种抗生素产量的影响 | 第135-137页 |
| ·不同DegU磷酸化水平突变体对SQR9防控黄瓜枯萎病能力的影响 | 第137-138页 |
| 3 讨论 | 第138-140页 |
| 4 小结 | 第140-141页 |
| 参考文献 | 第141-144页 |
| 第六章 黄瓜根际环境信号因子对菌株SQR9根表定殖的影响研究 | 第144-158页 |
| 1 材料与方法 | 第144-147页 |
| ·材料 | 第144-145页 |
| ·方法 | 第145-147页 |
| ·SQR9突变体的构建 | 第145-146页 |
| ·SQR9突变体的基因互补 | 第146页 |
| ·SQR9突变体生长曲线的测定 | 第146页 |
| ·SQR9突变体的GFP标记 | 第146页 |
| ·黄瓜植株根系分泌物和根提取物的收集 | 第146页 |
| ·SQR9及其突变体的生物膜形成的定性观察和定量分析 | 第146页 |
| ·SQR9及其突变体根际定殖观察 | 第146-147页 |
| ·调控蛋白DegU的异源表达和纯化 | 第147页 |
| ·数据统计分析 | 第147页 |
| 2 结果与分析 | 第147-153页 |
| ·SQR9和几种芽孢杆菌模式菌的生物膜形成能力比较 | 第147页 |
| ·SQR9在黄瓜根表的定殖观察 | 第147-148页 |
| ·黄瓜根系细胞提取物和根系分泌物对SQR9生物膜形成的影响 | 第148-149页 |
| ·SQR9不同突变体在形成生物膜时对黄瓜根系分泌物和黄瓜根系细胞提取物的响应 | 第149-150页 |
| ·黄瓜根系中的多糖成分对SQR9生物膜形成的影响 | 第150页 |
| ·SQR9生物膜形成对植物细胞多糖的响应 | 第150-151页 |
| ·SQR9不同突变体的生长比较 | 第151-152页 |
| ·SQR9不同突变体黄瓜根际定殖能力比较 | 第152页 |
| ·SQR9生物膜调控蛋白DegU的表达纯化 | 第152-153页 |
| 3 讨论 | 第153-155页 |
| 4 小结 | 第155-156页 |
| 参考文献 | 第156-158页 |
| 全文结论及展望 | 第158-160页 |
| 一、全文结论 | 第158-159页 |
| 二、展望 | 第159-160页 |
| 创新点 | 第160-162页 |
| 附录 | 第162-164页 |
| 博士期间已(待)发表的论文 | 第164-166页 |
| 致谢 | 第166-167页 |
