粘细菌的环境分布、季节演替及其相互作用
| TABLE OF CONTECT | 第1-12页 |
| 中文摘要 | 第12-16页 |
| ABSTRACT | 第16-20页 |
| 符号说明及縮写词 | 第20-22页 |
| 第一章 文献综述 | 第22-40页 |
| ·粘细菌概述 | 第22-27页 |
| ·粘细菌的基本性质 | 第22-24页 |
| ·纤维堆囊菌和埃博霉素 | 第24-27页 |
| ·粘细菌的多样性和环境分布 | 第27-34页 |
| ·微生物的多样性及研究策略 | 第27-31页 |
| ·微生物多样性的研究概况 | 第27页 |
| ·宏基因组学策略的应用 | 第27-29页 |
| ·高通量测序技术简介 | 第29-30页 |
| ·环境微生物多样性的研究策略 | 第30-31页 |
| ·粘细菌的多样性研究进展 | 第31-34页 |
| ·粘细菌的数量统计 | 第31-32页 |
| ·粘细菌的分布 | 第32-34页 |
| ·微生物的相互作用研究进展 | 第34-38页 |
| ·微生物之间相互作用的多种形式 | 第34-35页 |
| ·微生物的相互作用与次级代谢产物的联系 | 第35-37页 |
| ·粘细菌的相互作用研究进展 | 第37-38页 |
| ·本课题开展思路及研究内容 | 第38-40页 |
| 第二章 程海湖底沉积物中粘细菌的多样性 | 第40-81页 |
| ·引言 | 第40页 |
| ·实验材料与仪器试剂 | 第40-44页 |
| ·菌株与质粒 | 第40-41页 |
| ·培养基 | 第41页 |
| ·实验试剂 | 第41-43页 |
| ·仪器耗材 | 第43-44页 |
| ·生物信息学网站及分析软件 | 第44页 |
| ·实验方法 | 第44-60页 |
| ·程海湖底泥样的采集 | 第44页 |
| ·粘细菌的分离纯化 | 第44-46页 |
| ·溶纤维素类群的分离纯化 | 第44-46页 |
| ·溶细菌类群的分离纯化 | 第46页 |
| ·粘细菌的分类鉴定 | 第46-51页 |
| ·粘细菌基因组的提取 | 第47-48页 |
| ·粘细菌16S rRNA基因的PCR扩增 | 第48页 |
| ·16S rRNA基因片段的纯化 | 第48-49页 |
| ·纯化产物的连接 | 第49-50页 |
| ·连接产物的转化 | 第50页 |
| ·阳性克隆的筛选 | 第50-51页 |
| ·质粒测序验证 | 第51页 |
| ·可培养菌株的系统发育分析 | 第51页 |
| ·程海湖底泥样的环境总DNA提取 | 第51-52页 |
| ·湖底泥细菌基因组的454高通量测序 | 第52-56页 |
| ·引物设计 | 第52-55页 |
| ·PCR条件优化 | 第55页 |
| ·454高通量测序 | 第55-56页 |
| ·高通量测序数据的处理和分析 | 第56-58页 |
| ·根据标签序列归类 | 第56页 |
| ·数据递交 | 第56页 |
| ·数据前处理 | 第56-57页 |
| ·有效数据的深度分析 | 第57-58页 |
| ·对有效数据进行物种归类 | 第58页 |
| ·公共数据库中淡水生境粘细菌的多样性分析 | 第58-59页 |
| ·公共数据库中淡水生境测序数据的筛选 | 第58页 |
| ·高通量测序数据的处理 | 第58-59页 |
| ·研究中粘细菌的多样性性统计 | 第59页 |
| ·淡水、海洋和陆地粘细菌序列的系统分类学比较分析 | 第59-60页 |
| ·参考序列的选择 | 第59页 |
| ·高通量测序数据的预处理 | 第59页 |
| ·系统进化树的构建 | 第59-60页 |
| ·结果与分析 | 第60-79页 |
| ·粘细菌的分离纯化及分类鉴定 | 第60-63页 |
| ·土壤基因组的提取 | 第63页 |
| ·高通量测序数据的处理和分析 | 第63-70页 |
| ·高通量测序数据概况 | 第63-65页 |
| ·湖底沉积物中细菌群落组成 | 第65-67页 |
| ·程海湖底沉积物中粘细菌的群落概况 | 第67-68页 |
| ·粘细菌富集文库分析 | 第68-70页 |
| ·公共数据库中淡水生境粘细菌的多样性分析 | 第70-77页 |
| ·淡水生境沉积物样品 | 第70-74页 |
| ·淡水环境水体样品 | 第74-76页 |
| ·淡水环境样品中粘细菌多样性总结 | 第76-77页 |
| ·土壤、海洋和淡水粘细菌的系统发育比较分析 | 第77-79页 |
| ·本章小节 | 第79-81页 |
| 第三章 粘细菌的环境分布及季节演替 | 第81-105页 |
| ·引言 | 第81-82页 |
| ·生物信息学网站和分析软件 | 第82页 |
| ·实验方法 | 第82-84页 |
| ·MG-RAST数据库分析 | 第82-83页 |
| ·NCBI-SRA数据库分析 | 第83-84页 |
| ·结果与分析 | 第84-103页 |
| ·粘细菌的环境分布 | 第84-89页 |
| ·粘细菌在各类环境中的分布及数量比例 | 第84-87页 |
| ·粘细菌的时间分布 | 第87-89页 |
| ·粘细菌的季节演替 | 第89-103页 |
| ·单个样品的数据概况及聚类分析 | 第89-95页 |
| ·按照土壤类型归类后粘细菌的时间变化 | 第95-103页 |
| ·本章小结 | 第103-105页 |
| 第四章 纤维堆囊菌的多样性及相互作用 | 第105-133页 |
| ·引言 | 第105-106页 |
| ·实验材料和仪器试剂 | 第106-109页 |
| ·菌株和质粒 | 第106-107页 |
| ·培养基 | 第107页 |
| ·实验试剂 | 第107-108页 |
| ·仪器耗材 | 第108-109页 |
| ·生物信息学网站及分析软件 | 第109页 |
| ·实验方法 | 第109-118页 |
| ·产埃博霉素的纤维堆囊菌的多样性及其分布状况 | 第109-110页 |
| ·分离菌株的系统发育关系 | 第109页 |
| ·埃博霉素合成基因簇的多样性分析 | 第109-110页 |
| ·产埃博霉素的纤维堆囊菌的分布状况 | 第110页 |
| ·纤维堆囊菌的种内相互作用 | 第110-118页 |
| ·菌株的选择 | 第110-111页 |
| ·与点杂交实验 | 第111-113页 |
| ·纤维堆囊菌的共培养 | 第113-114页 |
| ·埃博霉素产量检测 | 第114页 |
| ·生物量检测 | 第114-115页 |
| ·埃博霉素基因簇表达量检测 | 第115-118页 |
| ·结果与分析 | 第118-131页 |
| ·产埃博霉素的纤维堆囊菌的多样性及其分布状况 | 第118-125页 |
| ·小生境中纤维堆囊菌的系统发育关系 | 第118-120页 |
| ·埃博霉素合成基因簇的多样性 | 第120-124页 |
| ·土样中产埃博霉素的纤维堆囊菌的比率 | 第124-125页 |
| ·纤维堆囊菌的种内相互作用 | 第125-131页 |
| ·选用菌株的系统发育关系 | 第125-126页 |
| ·点杂交实验 | 第126-127页 |
| ·菌株之间的生长抑制 | 第127-128页 |
| ·共培养菌株的埃博霉素产量 | 第128-130页 |
| ·共培养菌株的埃博霉素基因簇表达量 | 第130-131页 |
| ·本章小节 | 第131-133页 |
| 总结与展望 | 第133-136页 |
| 附录1 程海湖底沉积物细菌群落的详细信息 | 第136-143页 |
| 附录2 数据库中淡水环境粘细菌的多样性 | 第143-146页 |
| 附录3 凯洛格生物站三种土壤类型的细菌多样性 | 第146-155页 |
| 附录4 埃博霉素的产量差异及合成基因簇比较 | 第155-158页 |
| 参考文献 | 第158-172页 |
| 致谢 | 第172-174页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第174-219页 |
