| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-14页 |
| 第一章 前言 | 第14-22页 |
| ·基因组测序、注释和重注释 | 第14-15页 |
| ·基因组测序和基因注释 | 第14页 |
| ·基因重注释 | 第14页 |
| ·基因间隔区的秘密 | 第14-15页 |
| ·十字花科黑腐病菌的概况 | 第15-16页 |
| ·黄单胞菌属简介 | 第15-16页 |
| ·十字花科黑腐病菌的特征和基因组研究 | 第16页 |
| ·黄单胞菌Ⅲ型分泌系统致病调控机制 | 第16-21页 |
| ·hrp基因簇的组成和表达 | 第16-18页 |
| ·Ⅲ型分泌系统装置 | 第18-19页 |
| ·T3SS效应物 | 第19页 |
| ·黄单胞菌Ⅲ型分泌系统致病调控研究进展 | 第19-21页 |
| ·本研究主要目的、内容和意义 | 第21-22页 |
| 第二章 材料与方法 | 第22-38页 |
| ·材料 | 第22-26页 |
| ·实验所用菌株与质粒 | 第22页 |
| ·引物 | 第22-24页 |
| ·抗生素 | 第24页 |
| ·培养基 | 第24页 |
| ·常用溶液与缓冲剂 | 第24-26页 |
| ·微生物学实验操作方法 | 第26页 |
| ·菌株培养 | 第26页 |
| ·菌种保存和活化 | 第26页 |
| ·核酸制备 | 第26-28页 |
| ·细菌基因组总DNA提取 | 第26-27页 |
| ·质粒DNA提取 | 第27页 |
| ·细菌总RNA提取 | 第27-28页 |
| ·分子克隆实验方法 | 第28-33页 |
| ·PCR扩增 | 第28-29页 |
| ·琼脂糖凝胶电泳 | 第29页 |
| ·DNA纯化 | 第29-30页 |
| ·DNA片段的胶回收 | 第30页 |
| ·DNA的酶切和连接 | 第30-31页 |
| ·DNA的测序 | 第31页 |
| ·RNA的DNase消化处理 | 第31页 |
| ·DNase消化后验证 | 第31-32页 |
| ·合成cDNA第一条链 | 第32页 |
| ·半定量RT-PCR | 第32-33页 |
| ·细菌的转化和接合实验 | 第33-34页 |
| ·化学感受态细胞的制备 | 第33页 |
| ·化学转化 | 第33页 |
| ·三亲本接合实验 | 第33-34页 |
| ·缺失突变体和互补菌的构建 | 第34-35页 |
| ·缺失突变体的验证 | 第34页 |
| ·缺失突变体的反式功能互补 | 第34-35页 |
| ·胞外酶、胞外多糖和游动性的检测 | 第35-36页 |
| ·胞外酶的检测 | 第35-36页 |
| ·胞外多糖的检测 | 第36页 |
| ·游动性的检测 | 第36页 |
| ·植株实验 | 第36-38页 |
| ·致病力检测 | 第36-37页 |
| ·过敏性(HR)反应检测 | 第37-38页 |
| 第三章 结果与分析 | 第38-65页 |
| ·Xcc8004 hrpX-hrpG基因间隔区的生物信息学分析 | 第38-40页 |
| ·Xcc8004 hrpX-hrpG基因间隔区序列分析 | 第38页 |
| ·三个Xcc菌株的hrpX-hrpG基因间隔区的序列对比情况 | 第38-40页 |
| ·hrpX-hrpG基因间隔区有转录活性 | 第40-44页 |
| ·RNA测序(RNA-seq)结果显示hrpX-hrpG基因间隔区有转录活性 | 第40页 |
| ·hrpX-hrpG基因间隔区转录活性的RT-PCR验证 | 第40-41页 |
| ·hrpX-hrpG基因间隔区短的独立转录子的RT-PCR验证 | 第41-42页 |
| ·hrpX-hrpG基因间隔区转录子的转录方向分析 | 第42-44页 |
| ·hrpX-hrpG基因间隔区的功能分析 | 第44-63页 |
| ·hrpX-hrpG基因间隔区缺失导致致病力显著下降和过敏性(HR)反应丧失 | 第44-50页 |
| ·缺失突变体8004ΔIGR_(476)X-G的hrpX和hrpG基因转录水平严重降低 | 第50-51页 |
| ·8004ΔIGR_(476)hrpX-G反式功能互补不能补回致病力和HR反应 | 第51-55页 |
| ·476 bp片段的缺失,保留hrpX和hrpG的核心启动子区足够它们转录 | 第55-60页 |
| ·探索476 bp片段对hrpG的作用 | 第60-63页 |
| ·小结 | 第63-65页 |
| 第四章 总结与讨论 | 第65-69页 |
| ·总结 | 第65-66页 |
| ·讨论 | 第66-68页 |
| ·关于Xcc8004 hrpX-hrpG基因间隔区转录的讨论 | 第66页 |
| ·关于Xcc8004hrpX-hrpG基因间隔区476 bp对hrpG转录作用的讨论 | 第66-67页 |
| ·关于Xcc8004 hrpX和hrpG核心启动子区的上游元件和调控序列的讨论 | 第67-68页 |
| ·下一步工作计划 | 第68-69页 |
| ·针对Xcc8004hrpX-hrpG基因间隔区小RNA的验证 | 第68页 |
| ·hrpG核心启动子区的上游元件和上游调控序列的验证 | 第68-69页 |
| 参考文献 | 第69-79页 |
| 附录 | 第79-81页 |
| 致谢 | 第81-82页 |
| 攻读学位期间发表论文情况 | 第82页 |
