| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 引言 | 第8-9页 |
| 1 基本理论 | 第9-23页 |
| ·蛋白质简介 | 第9-10页 |
| ·分子力场 | 第10-13页 |
| ·分子力场概述 | 第10-11页 |
| ·分子力场函数形式 | 第11-13页 |
| ·ABEEMσπ/MM 分子力场 | 第13-15页 |
| ·ABEEMσπ/MM 力场简介 | 第13-14页 |
| ·ABEEMσπ/MM 力场形式 | 第14-15页 |
| ·能量最小化 | 第15页 |
| ·分子动力学概述 | 第15-23页 |
| ·分子动力学原理 | 第15-17页 |
| ·周期性边界条件与最近镜像 | 第17-20页 |
| ·积分步长的选取 | 第20页 |
| ·分子动力学计算流程 | 第20-21页 |
| ·分子动力学模拟的初始设定和平衡态 | 第21-23页 |
| 2 应用 ABEEMσπ及 OPLS-AA 力场对蛋白质 G_A88/G_B88 真空和水溶液的分子动力学模拟 | 第23-44页 |
| ·模拟体系和模拟细节 | 第23-24页 |
| ·模拟体系 | 第23-24页 |
| ·模拟细节 | 第24页 |
| ·分子动力学模拟蛋白质 G_A88 和 G_B88 分子的性质 | 第24-44页 |
| ·骨架键长、键角和二面角相对实验结构的偏差 | 第24-30页 |
| ·原子坐标相对实验结构的均方根偏差 | 第30-35页 |
| ·蛋白质 G_A88 和 G_B88 的回旋半径 | 第35-39页 |
| ·疏水表面积和亲水表面积 | 第39-42页 |
| ·蛋白质 G_A88 和 G_B88 中的氢键 | 第42-43页 |
| ·本章小结 | 第43-44页 |
| 结论 | 第44-45页 |
| 参考文献 | 第45-49页 |
| 致谢 | 第49页 |