| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-11页 |
| 第1章 绪论 | 第11-55页 |
| ·蛋白质折叠的研究背景及意义 | 第11-14页 |
| ·蛋白质折叠的研究现状 | 第14-28页 |
| ·蛋白质折叠的机制 | 第14-18页 |
| ·蛋白质折叠模型简介 | 第18-20页 |
| ·蛋白质折叠的研究方法 | 第20-23页 |
| ·蛋白质折叠研究的热点 | 第23-24页 |
| ·蛋白质结构预测方法 | 第24-28页 |
| ·蛋白质从头预测方法(Ab initio prediction) | 第28-35页 |
| ·蛋白质模型的简化 | 第29-31页 |
| ·构建合适的力场和势函数 | 第31-33页 |
| ·构象搜索算法 | 第33-35页 |
| ·蛋白质设计 | 第35-38页 |
| ·蛋白质设计简介 | 第35-36页 |
| ·蛋白质从头设计 | 第36-38页 |
| ·复杂网络研究概述 | 第38-49页 |
| ·三种重要的复杂网络模型 | 第39-43页 |
| ·加权网络的研究 | 第43-46页 |
| ·复杂网络的静态几何量 | 第46-49页 |
| ·复杂网络理论在蛋白质科学研究中的应用 | 第49-55页 |
| ·蛋白质氨基酸网络的研究 | 第49-50页 |
| ·蛋白质折叠构象网络的研究 | 第50-52页 |
| ·高斯网络模型的研究 | 第52-55页 |
| 第2章 基于 HNP 模型与相对熵的蛋白质设计方法及其应用 | 第55-67页 |
| ·引言 | 第55-58页 |
| ·理论与方法 | 第58-59页 |
| ·迭代公式中参数的确定 | 第59-60页 |
| ·对不同蛋白质体系的模拟计算与结果讨论 | 第60-65页 |
| ·本章小结 | 第65-67页 |
| 第3章 基于相对熵的蛋白质折叠研究方法的改进 | 第67-79页 |
| ·引言 | 第67-68页 |
| ·理论与方法 | 第68-75页 |
| ·基于相对熵的蛋白质体系的优化算法 | 第68-69页 |
| ·迭代公式中物理量的确定 | 第69-70页 |
| ·接触势系综平均值的计算方法 | 第70-75页 |
| ·模拟计算及结果讨论 | 第75-78页 |
| ·本章小结 | 第78-79页 |
| 第4章 基于残基涨落加权的氨基酸网络模型 | 第79-91页 |
| ·引言 | 第79-80页 |
| ·氨基酸网络模型的构建 | 第80-82页 |
| ·高斯网络模型(GNM)的基本原理 | 第80-81页 |
| ·氨基酸网络的加权方式 | 第81-82页 |
| ·计算结果与讨论 | 第82-89页 |
| ·氨基酸网络的小世界(Small World) 特性 | 第82-84页 |
| ·氨基酸网络的层次模块性 | 第84-87页 |
| ·对关键残基的识别 | 第87-89页 |
| ·本章小结 | 第89-91页 |
| 结论与展望 | 第91-94页 |
| 参考文献 | 第94-108页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第108-109页 |
| 致谢 | 第109页 |
