| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-13页 |
| 第1章 绪论 | 第13-39页 |
| ·研究背景 | 第13-14页 |
| ·细菌周质转运体系的研究意义及进展 | 第14-19页 |
| ·细菌周质转运体系简介 | 第14-15页 |
| ·周质转运体系的进化相关性 | 第15-16页 |
| ·细菌周质转运体系的组成 | 第16-18页 |
| ·细菌周质转运体系的转运机制 | 第18-19页 |
| ·细菌周质转运体系的生理功能 | 第19页 |
| ·计算机模拟方法 | 第19-36页 |
| ·计算机模拟的发展概况 | 第19-21页 |
| ·分子动力学模拟方法 | 第21-32页 |
| ·正则模分析方法 | 第32-34页 |
| ·分子对接方法 | 第34-36页 |
| ·论文内容概述 | 第36-39页 |
| 第2章 谷氨酰胺结合蛋白的结构与功能关系及其与底物关系的分子模拟研究 | 第39-59页 |
| ·谷氨酰胺结合蛋白的研究背景和意义 | 第39-41页 |
| ·材料和方法 | 第41-42页 |
| ·GlnBP 闭合构象和开放构象的分子动力学模拟 | 第41-42页 |
| ·谷氨酰胺与开放构象的GlnBP 的分子对接模拟 | 第42页 |
| ·结果和讨论 | 第42-58页 |
| ·体系能量分析 | 第42-43页 |
| ·回转半径 | 第43-45页 |
| ·均方根偏差 | 第45-46页 |
| ·二级结构分析 | 第46-48页 |
| ·均方根涨落分析 | 第48-49页 |
| ·结构域之间的相对运动 | 第49-53页 |
| ·氢键模式 | 第53-55页 |
| ·Gln 与GlnBP 开放构象的结合模式 | 第55-57页 |
| ·GlnBP 闭合构象形成机制的讨论 | 第57-58页 |
| ·本章小结 | 第58-59页 |
| 第3章 集合运动引导的分子动力学模拟 | 第59-69页 |
| ·研究背景 | 第59-61页 |
| ·理论和方法 | 第61-62页 |
| ·模拟细节 | 第62-63页 |
| ·结果和讨论 | 第63-67页 |
| ·五肽的模拟 | 第63-65页 |
| ·GlnBP 的模拟 | 第65-67页 |
| ·本章小结 | 第67-69页 |
| 第4章 用拉伸分子动力学方法研究谷氨酰胺结合蛋白的底物释放途径 | 第69-91页 |
| ·GlnBP 底物释放途径的研究背景 | 第69-73页 |
| ·材料与方法 | 第73-76页 |
| ·材料准备和MD 模拟细节 | 第73页 |
| ·拉伸途径的选择 | 第73-74页 |
| ·SMD 模拟 | 第74-75页 |
| ·平均力势的计算 | 第75页 |
| ·正则模分析 | 第75-76页 |
| ·结果与讨论 | 第76-88页 |
| ·前门途径的SMD 模拟 | 第76-79页 |
| ·后门途径的SMD 模拟 | 第79-80页 |
| ·构建平均力势 | 第80-82页 |
| ·正则模分析 | 第82-83页 |
| ·界面静电特性 | 第83-86页 |
| ·体系柔性分析 | 第86-87页 |
| ·谷氨酰胺转运体系的底物转运模式 | 第87-88页 |
| ·本章小结 | 第88-91页 |
| 第5章 BtuC 在POPC 双层膜中的分子动力学模拟 | 第91-109页 |
| ·研究背景 | 第91-93页 |
| ·材料和方法 | 第93-96页 |
| ·模拟体系的构建 | 第93-95页 |
| ·MD 模拟 | 第95-96页 |
| ·结果和讨论 | 第96-107页 |
| ·脂膜的平衡 | 第96-98页 |
| ·BtuC 体系的平衡 | 第98页 |
| ·BtuC 的柔性分析 | 第98-100页 |
| ·主成分分析 | 第100-105页 |
| ·BtuC 与BtuD 及BtuF 的运动模式的匹配 | 第105-107页 |
| ·结论 | 第107-109页 |
| 第6章 结论与展望 | 第109-113页 |
| ·论文的主要结论 | 第109-110页 |
| ·论文创新点 | 第110-111页 |
| ·展望 | 第111-113页 |
| 参考文献 | 第113-126页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第126-128页 |
| 致谢 | 第128页 |
