| 中英文缩略表 | 第7-9页 |
| 摘要 | 第9-13页 |
| Abstract | 第13-17页 |
| 第1章 文献综述 | 第18-44页 |
| 1.1 转座子概述 | 第18-27页 |
| 1.1.1 转座子的概念 | 第18-19页 |
| 1.1.2 转座子的转座机制与分类 | 第19-23页 |
| 1.1.3 转座子的功能：不再是“垃圾DNA” | 第23-27页 |
| 1.2 转座子演化相关的假说 | 第27-29页 |
| 1.2.1 基因组：微型生态系统 | 第27-28页 |
| 1.2.2 “TE-Thrust”假说 | 第28-29页 |
| 1.3 转座子的注释 | 第29-37页 |
| 1.3.1 转座子序列库的构建 | 第30-37页 |
| 1.3.2 转座子分类 | 第37页 |
| 1.3.3 基因组中转座子序列的屏蔽 | 第37页 |
| 1.4 鱼类转座子研究概述 | 第37-42页 |
| 1.5 科学问题的提出和本研究的意义 | 第42-44页 |
| 第2章 鱼类转座子数据库的构建 | 第44-60页 |
| 2.1 引言 | 第44-45页 |
| 2.2 材料与方法 | 第45-49页 |
| 2.2.1 数据的搜集 | 第45页 |
| 2.2.2 鱼类基因组中转座子的预测 | 第45-47页 |
| 2.2.3 鱼类转座子分类以及去冗余 | 第47-49页 |
| 2.2.4 数据库搭建 | 第49页 |
| 2.3 结果 | 第49-55页 |
| 2.3.1 鱼类基因组中转座子鉴定结果 | 第49-51页 |
| 2.3.2 鱼类特有数据库FishTEDB概述 | 第51-55页 |
| 2.4 讨论 | 第55-60页 |
| 2.4.1 FishTEDB构建的意义与不足 | 第55页 |
| 2.4.2 关于转座子注释基准的探讨 | 第55-57页 |
| 2.4.3 测序技术的发展与转座子研究 | 第57-60页 |
| 第3章 鱼类基因组中转座子的多样性与演化 | 第60-76页 |
| 3.1 引言 | 第60-61页 |
| 3.2 材料与方法 | 第61-62页 |
| 3.2.1 数据的搜集 | 第61页 |
| 3.2.2 转座子预测与分类 | 第61页 |
| 3.2.3 转座子的屏蔽与统计 | 第61-62页 |
| 3.2.4 不同物种之间系统发育关系的构建 | 第62页 |
| 3.2.5 相关性分析 | 第62页 |
| 3.2.6 转座子差异分布(Divergencedistribution)分析 | 第62页 |
| 3.3 结果 | 第62-71页 |
| 3.3.1 鱼类基因组中转座子含量的多样性及其与基因组大小的关系 | 第62-69页 |
| 3.3.2 鱼类演化过程中转座子历史动态 | 第69-71页 |
| 3.4 讨论 | 第71-76页 |
| 第4章 鱼类基因组中转座子的“爆发”与物种分化 | 第76-96页 |
| 4.1 引言 | 第76-77页 |
| 4.2 材料与方法 | 第77-83页 |
| 4.2.1 数据的搜集 | 第77-80页 |
| 4.2.2 构建验证假设的流程 | 第80-83页 |
| 4.3 结果 | 第83-92页 |
| 4.3.1 鱼类基因组中转座子“爆发”时间与物种分化时间 | 第83-86页 |
| 4.3.2 所选脊椎动物基因组中转座子“爆发”时间与物种分化时间 | 第86-92页 |
| 4.4 讨论 | 第92-96页 |
| 第5章 总结与展望 | 第96-98页 |
| 5.1 总结 | 第96-97页 |
| 5.2 本研究的创新点 | 第97页 |
| 5.3 展望 | 第97-98页 |
| 参考文献 | 第98-120页 |
| 附录 | 第120-146页 |
| 附录Ⅰ 本研究所用物种基因组中转座子的总含量 | 第120-122页 |
| 附录Ⅱ 本研究所用物种基因组中不同Class转座子的含量 | 第122-124页 |
| 附录Ⅲ 本研究所用物种基因组中不同类型转座子的含量 | 第124-126页 |
| 附录Ⅳ 本研究所用物种基因组中不同超家族转座子的含量 | 第126-140页 |
| 附录Ⅴ 不同分类层次的TE含量与基因组大小的相关系数 | 第140-142页 |
| 附录Ⅵ 本研究所用物种的核酸替换速率 | 第142-146页 |
| 致谢 | 第146-148页 |
| 在校期间科研实践情况 | 第148-149页 |
