| 摘要 | 第7-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 缩略语表 | 第13-14页 |
| 1 前言 | 第14-42页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第14页 |
| 1.2 植物数量性状 | 第14-15页 |
| 1.3 植物数量性状关联分析研究进展 | 第15-21页 |
| 1.3.1 全基因组关联分析的概念 | 第15-16页 |
| 1.3.2 全基因组关联分析方法 | 第16-17页 |
| 1.3.2.1 广义线性模型(Generalized linear model,GLM)方法 | 第16页 |
| 1.3.2.2 混合线性模型(Mixedliner model,MLM)方法 | 第16页 |
| 1.3.2.3 快速检测方法 | 第16-17页 |
| 1.3.2.4 多位点关联分析方法 | 第17页 |
| 1.3.3 全基因组关联分析的软件包 | 第17-18页 |
| 1.3.3.1 PLINK | 第17-18页 |
| 1.3.3.2 TASSEL | 第18页 |
| 1.3.3.3 mrMLM | 第18页 |
| 1.3.3.4 GEMMA | 第18页 |
| 1.3.4 影响全基因组关联分析的因素 | 第18-19页 |
| 1.3.4.1 连锁不平衡 | 第18-19页 |
| 1.3.4.2 分子标记密度 | 第19页 |
| 1.3.4.3 群体结构 | 第19页 |
| 1.3.4.4 样本容量 | 第19页 |
| 1.3.5 植物全基因组关联分析研究进展 | 第19-20页 |
| 1.3.6 大豆全基因组关联分析的研究进展 | 第20-21页 |
| 1.4 植物种子大小相关性状的研究进展 | 第21-33页 |
| 1.4.1 植物种子大小相关性状遗传学的研究进展 | 第22-23页 |
| 1.4.2 植物种子大小相关性状全基因组关联分析的研究进展 | 第23-25页 |
| 1.4.3 植物种子大小相关性状分子生物学的研究进展 | 第25-28页 |
| 1.4.4 植物种子大小相关性状表观遗传学的研究进展 | 第28-29页 |
| 1.4.5 大豆种子大小的研究进展 | 第29-33页 |
| 1.5 作物驯化的研究进展 | 第33-38页 |
| 1.5.1 驯化的概念 | 第33页 |
| 1.5.2 作物驯化的研究进展 | 第33-36页 |
| 1.5.2.1 作物驯化性状的研究进展 | 第33-34页 |
| 1.5.2.2 驯化过程中基因和基因组变化的研究进展 | 第34-36页 |
| 1.5.3 大豆驯化的研究进展 | 第36-38页 |
| 1.6 生物信息学的应用研究 | 第38-40页 |
| 1.6.1 比较转录组学的应用研究 | 第38-39页 |
| 1.6.2 基因共表达网络构建方法的应用研究 | 第39-40页 |
| 1.7 研究目的与研究内容 | 第40-42页 |
| 2 材料与方法 | 第42-48页 |
| 2.1 研究材料及其田间试验设计 | 第42-44页 |
| 2.1.1 大豆试验群体及其田间试验设计 | 第42页 |
| 2.1.2 大豆种子大小与百粒重的测定 | 第42-43页 |
| 2.1.3 大豆不同品种与不同时期转录组数据的获取 | 第43页 |
| 2.1.4 大豆种子成熟前期与中期差异表达候选基因的获取 | 第43页 |
| 2.1.5 大豆驯化位点的获取 | 第43-44页 |
| 2.2 GWAS分析 | 第44-45页 |
| 2.2.1 群体结构 | 第44-45页 |
| 2.2.2 多位点GWAS分析方法 | 第45页 |
| 2.3 大豆种子大小相关性状的候选位点的确定 | 第45-46页 |
| 2.3.1 多位点GWAS分析的候选位点 | 第45页 |
| 2.3.2 驯化位点的确定 | 第45-46页 |
| 2.3.3 优异等位基因的确定 | 第46页 |
| 2.4 大豆种子大小相关性状的候选基因和驯化基因的确定 | 第46-48页 |
| 2.4.1 GWAS候选基因高表达筛选 | 第46页 |
| 2.4.2 GWAS候选基因在不同种子大小品种间的差异表达分析 | 第46-47页 |
| 2.4.3 差异表达基因与大豆种子成熟前期与中期差异表达基因比较 | 第47页 |
| 2.4.4 大豆种子大小性状驯化基因的确定 | 第47-48页 |
| 3 结果与分析 | 第48-79页 |
| 3.1 大豆种子大小相关性状的分布特征与方差分析 | 第48页 |
| 3.2 大豆种子大小相关性状的相关性分析 | 第48-49页 |
| 3.3 大豆种子大小相关性状的多位点GWAS分析 | 第49-51页 |
| 3.4 大豆种子大小相关性状的候选位点、QTR和候选基因与驯化基因的确定 | 第51-79页 |
| 3.4.1 候选位点和QTR的确定 | 第51-60页 |
| 3.4.2 候选基因高表达筛选和差异表达分析 | 第60-61页 |
| 3.4.2.1 候选基因的高表达筛选 | 第60页 |
| 3.4.2.2 高表达基因在大豆不同种子大小品种间的差异表达分析 | 第60-61页 |
| 3.4.2.3 差异表达基因和种子成熟前期与中期差异表达基因的比较 | 第61页 |
| 3.4.3 大豆种子大小相关的驯化位点、驯化基因的确定及其优异等位基因的分布 | 第61-65页 |
| 3.4.3.1 驯化位点的确定 | 第61-62页 |
| 3.4.3.2 大豆种子大小驯化基因的确定 | 第62页 |
| 3.4.3.3 驯化位点优异等位基因的分布 | 第62-65页 |
| 3.4.4 优异等位基因的确定及其分布和设计育种 | 第65-68页 |
| 3.4.4.1 优异等位基因的确定及其分布 | 第65-66页 |
| 3.4.4.2 设计育种 | 第66-68页 |
| 3.4.5 大豆种子大小相关性状高频率QTNs及其相关基因的确定 | 第68-79页 |
| 3.4.5.1 大豆种子大小相关性状高频率QTNs的确定 | 第68-73页 |
| 3.4.5.2 大豆种子大小相关性状高频率位点附近基因的发掘 | 第73-79页 |
| 4 讨论 | 第79-86页 |
| 4.1 单位点与多位点GWAS方法在大豆关联分析中的比较 | 第79-80页 |
| 4.2 GWAS检测结果的可靠性分析 | 第80-81页 |
| 4.3 大豆种子大小相关性状的优异等位基因分布与改良性状的重要品种 | 第81-82页 |
| 4.3.1 大豆种子大小相关性状的优异等位基因分布 | 第81-82页 |
| 4.3.2 改良大豆种子大小相关性状的重要品种 | 第82页 |
| 4.4 GWAS候选位点在染色体上分布不均匀和一因多效现象 | 第82-83页 |
| 4.5 大豆种子大小相关性状的重要关联位点与候选基因 | 第83-86页 |
| 4.5.1 大豆种子大小相关性状的重要关联位点 | 第83页 |
| 4.5.2 大豆种子大小相关性状的重要候选基因 | 第83-86页 |
| 5 全文结论与创新点 | 第86-87页 |
| 5.1 全文结论 | 第86页 |
| 5.2 创新点 | 第86-87页 |
| 参考文献 | 第87-97页 |
| 附表 | 第97-102页 |
| 致谢 | 第102页 |
