| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 第1章 绪论 | 第12-25页 |
| 1.1 果蝇 | 第12页 |
| 1.2 果蝇免疫 | 第12-16页 |
| 1.2.1 体液免疫 | 第12-14页 |
| 1.2.2 细胞免疫 | 第14-15页 |
| 1.2.3 肠道免疫 | 第15页 |
| 1.2.4 免疫信号通路的交叉调控 | 第15-16页 |
| 1.3 非编码RNA | 第16-18页 |
| 1.3.1 miRNA | 第16页 |
| 1.3.2 lncRNA | 第16-18页 |
| 1.4 二代测序技术 | 第18-19页 |
| 1.5 基因调控网络 | 第19-22页 |
| 1.5.1 基因调控网络的概念 | 第19-21页 |
| 1.5.2 基因调控网络构建 | 第21页 |
| 1.5.3 基因调控网络的研究方法 | 第21-22页 |
| 1.6 非编码RNA果蝇免疫的研究现状 | 第22-23页 |
| 1.6.1 miRNA与果蝇免疫 | 第22页 |
| 1.6.2 lncRNA与果蝇免疫 | 第22-23页 |
| 1.7 论文的研究意义 | 第23页 |
| 1.8 创新点 | 第23-24页 |
| 1.9 技术路线 | 第24-25页 |
| 第2章 果蝇免疫响应M. luteus刺激的基因表达分析 | 第25-40页 |
| 2.1 引言 | 第25页 |
| 2.2 RNA-seq测序与实验方法 | 第25-29页 |
| 2.2.1 准备测序样本 | 第25-26页 |
| 2.2.2 RNA-seq测序 | 第26-27页 |
| 2.2.3 使用qRT-PCR实验验证差异表达基因 | 第27-29页 |
| 2.3 基于RNA-seq的果蝇响应M. luteus刺激的基因表达分析 | 第29-31页 |
| 2.3.1 质量过滤 | 第30页 |
| 2.3.2 序列比对与转录本拼接 | 第30页 |
| 2.3.3 差异表达基因分析 | 第30-31页 |
| 2.3.4 差异表达基因的GO注释与Pathway富集分析 | 第31页 |
| 2.4 结果 | 第31-39页 |
| 2.4.1 RNA-seq测序结果 | 第31-32页 |
| 2.4.2 果蝇免疫响应M.luteus刺激的差异表达基因 | 第32-33页 |
| 2.4.3 差异表达基因的qRT-PCR验证 | 第33-34页 |
| 2.4.4 差异基因的GO富集分析 | 第34-36页 |
| 2.4.5 差异表达基因的Pathway富集分析 | 第36-39页 |
| 2.5 讨论 | 第39-40页 |
| 第3章 果蝇免疫响应M.luteus刺激的lncRNA表达分析 | 第40-52页 |
| 3.1 引言 | 第40页 |
| 3.2 基于RNA-seq的果蝇响应M.luteus刺激的lncRNA分析 | 第40-43页 |
| 3.2.1 数据来源 | 第40页 |
| 3.2.2 果蝇新lncRNA的识别 | 第40-41页 |
| 3.2.3 果蝇免疫响应M.luteus的差异表达lncRNA | 第41-42页 |
| 3.2.4 果蝇免疫响应M.luteus刺激的lncRNA表达关联网络 | 第42页 |
| 3.2.5 使用qRT-PCR实验验证差异表达lncRNA | 第42-43页 |
| 3.3 结果 | 第43-51页 |
| 3.3.1 果蝇lncRNA预测 | 第43页 |
| 3.3.2 响应M.luteus刺激的果蝇差异表达lncRNA | 第43-47页 |
| 3.3.3 差异表达lncRNA的qRT-PCR验证 | 第47页 |
| 3.3.4 果蝇免疫响应M.luteus刺激后3、12和24 h的lncRNA表达关联网络 | 第47-51页 |
| 3.4 讨论 | 第51-52页 |
| 第4章 果蝇免疫响应M.luteus刺激的miRNA表达分析 | 第52-65页 |
| 4.1 引言 | 第52页 |
| 4.2 实验方法与Small RNA-seq测序 | 第52-54页 |
| 4.2.1 Small RNA-seq测序 | 第52-53页 |
| 4.2.2 使用qRT-PCR实验验证差异表达的miRNA | 第53-54页 |
| 4.3 基于Small RNA-seq的果蝇响应M.luteus刺激的miRNA分析 | 第54-55页 |
| 4.3.1 Small RNA-seq分析流程 | 第54页 |
| 4.3.2 基于机器学习与RNA二级结构特征的新miRNA识别 | 第54页 |
| 4.3.3 miRNA的定量与差异表达分析 | 第54-55页 |
| 4.3.4 果蝇响应M.luteus刺激的时序性miRNA关联网络 | 第55页 |
| 4.4 结果 | 第55-64页 |
| 4.4.1 新miRNA预测 | 第55-56页 |
| 4.4.2 Small RNA-seq测序结果 | 第56-57页 |
| 4.4.3 果蝇免疫响应M.luteus刺激的差异表达miRNA | 第57-60页 |
| 4.4.4 差异表达miRNA的qRT-PCR验证 | 第60页 |
| 4.4.5 果蝇免疫响应M. luteus刺激后3、12和24h的miRNA表达关联网络 | 第60-64页 |
| 4.5 讨论 | 第64-65页 |
| 第5章 果蝇免疫响应M. luteus刺激的动态TF-miRNA-lncRNA-gene调控网络的构建 | 第65-85页 |
| 5.1 引言 | 第65页 |
| 5.2 分析方法 | 第65-72页 |
| 5.2.1 预测miRNA-gene/TF/lncRNA互作关系 | 第66-67页 |
| 5.2.2 预测lncRNA-gene/TF互作关系 | 第67-68页 |
| 5.2.3 预测TF-miRNA/lncRNA/gene互作关系 | 第68-70页 |
| 5.2.4 构建果蝇响应M. luteus刺激的动态TF-miRNA-lncRNA-gene调控网络 | 第70-72页 |
| 5.3 结果 | 第72-84页 |
| 5.3.1 果蝇免疫响应M. luteus刺激后3h的TF-miRNA-lncRNA-gene调控网络 | 第73-76页 |
| 5.3.2 果蝇免疫响应M. luteus刺激后12 h的TF-miRNA-lncRNA-gene调控网络 | 第76-80页 |
| 5.3.3 果蝇免疫响应M. luteus刺激后24 h的TF-miRNA-lncRNA-gene调控网络 | 第80-84页 |
| 5.4 讨论 | 第84-85页 |
| 第6章 果蝇免疫响应M. luteus刺激的动态TF-miRNA-lncRNA-gene调控网络的拓扑结构 | 第85-99页 |
| 6.1 引言 | 第85页 |
| 6.2 分析方法 | 第85-87页 |
| 6.2.1 网络特性分析 | 第85-86页 |
| 6.2.2 挖掘网络模体 | 第86-87页 |
| 6.3 结果 | 第87-97页 |
| 6.3.1 节点分析 | 第87-89页 |
| 6.3.2 网络模体统计 | 第89-92页 |
| 6.3.3 调节基因的网络模体 | 第92-97页 |
| 6.4 讨论 | 第97-99页 |
| 第7章 结论 | 第99-101页 |
| 参考文献 | 第101-118页 |
| 附录 A 引物 | 第118-119页 |
| 附录 B 新lncRNA | 第119-126页 |
| 附录 C 新miRNA | 第126-128页 |
| 附录 D 新miRNA二级结构 | 第128-132页 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 | 第132-133页 |
| 致谢 | 第133页 |
