| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 缩写表及中英文对照 | 第14-15页 |
| 第一部分 文献综述 | 第15-23页 |
| 第一章 研究进展 | 第15-23页 |
| 1 NADH家族及其分子进化 | 第16-17页 |
| 2 鸟类转录组学的研究进展 | 第17-19页 |
| 3 鸟类参考基因和加速基因 | 第19-20页 |
| 4 燕雀小目的系统发育关系 | 第20-21页 |
| 5 本研究的目的与意义 | 第21-23页 |
| 5.1 三种鸟类转录组测序 | 第21-22页 |
| 5.2 鸟类进化速率分析 | 第22页 |
| 5.3 鸟类与哺乳类、两爬类进化速率分析 | 第22页 |
| 5.4 燕雀小目的系统发育关系 | 第22-23页 |
| 第二部分 研究实验 | 第23-57页 |
| 第二章 三种鸟类转录组de novo测序与初步分析 | 第23-35页 |
| 1 实验材料 | 第23-24页 |
| 1.1 实验材料 | 第23页 |
| 1.2 实验试剂 | 第23页 |
| 1.3 实验仪器 | 第23-24页 |
| 2 实验方法 | 第24-27页 |
| 2.1 获取三种鸟类的器官 | 第24-25页 |
| 2.2 总RNA的提取 | 第25页 |
| 2.3 总RNA质量检测 | 第25页 |
| 2.4 cDNA测序文库的构建 | 第25-26页 |
| 2.5 原始数据的质控和评估 | 第26页 |
| 2.6 组装并评估处理后的序列 | 第26页 |
| 2.7 ORF/CDS的预测 | 第26-27页 |
| 2.8 注释unigenes | 第27页 |
| 2.9 SSR预测及分析 | 第27页 |
| 3 结果 | 第27-33页 |
| 3.1 总RNA质量检测结果 | 第27-28页 |
| 3.2 测序数据质控分析 | 第28-29页 |
| 3.3 序列组装结果与评估 | 第29-30页 |
| 3.4 Unigenes的功能注释 | 第30-32页 |
| 3.5 SSR初步分析 | 第32-33页 |
| 4 讨论 | 第33-35页 |
| 第三章 基于转录组分析研究鸟类NADH家族进化 | 第35-57页 |
| 1 数据的处理和分析 | 第35-47页 |
| 1.1 鸟类mRNA序列的提取 | 第35-36页 |
| 1.2 哺乳类和两爬类mRNA序列的提取 | 第36-43页 |
| 1.3 进化速率分析 | 第43页 |
| 1.4 系统发育的分析 | 第43-44页 |
| 1.5 qPCR实验仪器、试剂及步骤 | 第44-47页 |
| 1.5.1 实验仪器 | 第44-45页 |
| 1.5.2 实验试剂 | 第45页 |
| 1.5.3 实验步骤 | 第45-47页 |
| 1.5.3.1 实时荧光定量PCR引物 | 第45-46页 |
| 1.5.3.2 构建cDNA文库 | 第46-47页 |
| 1.5.3.3 实时荧光定量实验 | 第47页 |
| 1.5.3.4 实时荧光定量数据分析 | 第47页 |
| 2 结果 | 第47-55页 |
| 2.1 进化速率分析 | 第47-52页 |
| 2.2 燕雀小目系统发育分析 | 第52-54页 |
| 2.3 qPCR实验结果 | 第54-55页 |
| 3 讨论 | 第55-57页 |
| 结论 | 第57-58页 |
| 参考文献（References） | 第58-69页 |
| 附件 | 第69-99页 |
| 致谢 | 第99-100页 |
| 研究生期间研究成果与获奖情况 | 第100-101页 |