| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| ABBREVIATIONS | 第15-16页 |
| CHAPTER 1 INTRODUCTION | 第16-37页 |
| 1.1 Uses and production of cotton | 第16-17页 |
| 1.2 Geographical distribution and morphological characteristics | 第17-19页 |
| 1.3 Cotton fibers development | 第19-21页 |
| 1.4 Molecular markers in cotton | 第21-25页 |
| 1.4.1 Restriction fragment length polymorphism (RFLP) | 第21页 |
| 1.4.2 Random amplified polymorphic DNA (RAPD) | 第21-22页 |
| 1.4.3 Amplified fragment length polymorphism (AFLP) | 第22-23页 |
| 1.4.4 Simple sequence repeats (SSR) | 第23-25页 |
| 1.4.5 Single nucleotide polymorphism (SNP) | 第25页 |
| 1.5 Method of QTL mapping | 第25-29页 |
| 1.5.1 Linkage mapping | 第26页 |
| 1.5.2 Linkage mapping in cotton | 第26-28页 |
| 1.5.3 Association mapping | 第28-29页 |
| 1.5.3.1 Types of association mapping | 第28-29页 |
| 1.5.3.1.1 Candidate gene based association mapping | 第29页 |
| 1.5.3.1.2 Genome-wide association mapping | 第29页 |
| 1.6 Association mapping in cotton | 第29-33页 |
| 1.6.1 SSR based association studies | 第30-31页 |
| 1.6.1.1 Fiber quality | 第30页 |
| 1.6.1.2 Yield and yield components | 第30-31页 |
| 1.6.1.3 Biotic and abiotic stress | 第31页 |
| 1.6.2 SNP based association studies | 第31-33页 |
| 1.6.2.1 Fiber quality | 第31-32页 |
| 1.6.2.2 Yield and yield components | 第32页 |
| 1.6.2.3 Cotton seed nutrition | 第32-33页 |
| 1.6.2.4 Salt stress | 第33页 |
| 1.6.2.5 Early Maturity | 第33页 |
| 1.7 Population structure | 第33-35页 |
| 1.8 Linkage disequilibrium (LD) | 第35页 |
| OBJECTIVES | 第35-37页 |
| CHAPTER 2 MATERIAL AND METHODS | 第37-41页 |
| 2.1 Plant materials | 第37页 |
| 2.2 Field experiment and phenotyping | 第37-38页 |
| 2.3 DNA extraction and SNP genotyping | 第38-39页 |
| 2.4 Population structure | 第39页 |
| 2.5 Linkage disequilibrium | 第39页 |
| 2.6 Genome-wide association study | 第39-40页 |
| 2.7 Candidate genes and gene expression | 第40-41页 |
| CHAPTER 3 RESULTS | 第41-71页 |
| 3.1 Fiber quality analysis | 第41-44页 |
| 3.2 SNPs density | 第44-46页 |
| 3.3 Population structure | 第46-48页 |
| 3.4 Linkage disequilibrium | 第48-50页 |
| 3.5 Marker-trait association | 第50-62页 |
| 3.5.1 Fiber elongation | 第51-54页 |
| 3.5.2 Fiber length | 第54-56页 |
| 3.5.3 Fiber micronaire | 第56-58页 |
| 3.5.4 Fiber Strength | 第58-60页 |
| 3.5.5 Fiber uniformity | 第60-62页 |
| 3.6 Potential candidate genes and genes expressions | 第62-71页 |
| CHAPTER 4 DISCUSSION | 第71-79页 |
| 4.1 Phenotypic performance | 第71-72页 |
| 4.2 Population structure | 第72-73页 |
| 4.3 Linkage disequilibrium | 第73-74页 |
| 4.4 Marker–trait association | 第74-76页 |
| 4.5 Candidate genes and genes expression | 第76-79页 |
| CHAPTER 5 CONCLUSION | 第79-81页 |
| REFERENCES | 第81-98页 |
| APPENDIX | 第98-104页 |
| ACKNOWLEDGEMENT | 第104-105页 |
| RESUME | 第105页 |
