| 摘要 | 第4-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 目录 | 第12-21页 |
| 第一章 前言 | 第21-39页 |
| 1.1 DNA(脱氧核糖核酸) | 第21-26页 |
| 1.1.1 DNA研究的发展 | 第21-22页 |
| 1.1.2 DNA的组成 | 第22页 |
| 1.1.3 DNA的结构 | 第22-23页 |
| 1.1.4 DNA的折叠 | 第23-26页 |
| 1.2 RNA(核糖核酸) | 第26-31页 |
| 1.2.1 RNA的组成和功能 | 第26页 |
| 1.2.2 RNA的种类 | 第26-27页 |
| 1.2.3 RNA的结构 | 第27-29页 |
| 1.2.4 RNA的折叠 | 第29-31页 |
| 1.3 Metadynamics采样方法 | 第31-36页 |
| 1.3.1 经典Metadynamics方法 | 第32-34页 |
| 1.3.2 Metadynamics的变种方法 | 第34-36页 |
| 1.4 论文研究内容 | 第36-39页 |
| 第二章 Metadynamics及其变种方法在研究蛋白折叠过程中的准确性 | 第39-57页 |
| 2.1 引言 | 第39-42页 |
| 2.2 方法 | 第42-45页 |
| 2.2.1 蛋白质模型和经典分子动力学模拟 | 第42-43页 |
| 2.2.2 判断模拟结果的准确性 | 第43-44页 |
| 2.2.3 反应坐标 | 第44页 |
| 2.2.4 经典Metadynamics方法 | 第44页 |
| 2.2.5 Well-tempered Metadynamics方法 | 第44-45页 |
| 2.2.6 Bias exchange Metadynamics(BEMD)方法 | 第45页 |
| 2.2.7 Well-tempered结合Bias exchange Metadynamics方法 | 第45页 |
| 2.3 结果和讨论 | 第45-51页 |
| 2.4 结论 | 第51-57页 |
| 第三章 人端粒hybrid-1型DNA G-quadruplex结构的折叠路径 | 第57-87页 |
| 3.1 引言 | 第57-59页 |
| 3.2 体系和方法 | 第59-65页 |
| 3.2.1 模拟体系的准备 | 第59-60页 |
| 3.2.2 Bias exchange Metadynamics采样 | 第60-61页 |
| 3.2.3 传统的分子动力学模拟 | 第61页 |
| 3.2.4 结构聚类 | 第61-63页 |
| 3.2.5 去折叠模拟 | 第63-64页 |
| 3.2.6 对两个发夹结构的分子动力学模拟 | 第64-65页 |
| 3.3 结果 | 第65-74页 |
| 3.3.1 自由能面和中间态 | 第65-69页 |
| 3.3.2 中间态的结构和动力学性质 | 第69-72页 |
| 3.3.3 糖苷键的顺式/反式变化 | 第72-74页 |
| 3.4 讨论及结论 | 第74-87页 |
| 第四章 RNA赝结的自由能面及折叠路径研究 | 第87-97页 |
| 4.1 引言 | 第87-89页 |
| 4.2 体系和方法 | 第89-90页 |
| 4.2.1 模拟体系 | 第89-90页 |
| 4.2.2 Bias exchange Metadynamics采样 | 第90页 |
| 4.3 结果 | 第90-95页 |
| 4.3.1 自由能面 | 第90-91页 |
| 4.3.2 折叠中间态的结构 | 第91-92页 |
| 4.3.3 loop2的动力学特性和折叠过程中的作用 | 第92-93页 |
| 4.3.4 离子在折叠过程中的作用 | 第93-94页 |
| 4.3.5 折叠路径 | 第94-95页 |
| 4.4 讨论和结论 | 第95-97页 |
| 第五章 总结与展望 | 第97-101页 |
| 参考文献 | 第101-121页 |
| 致谢 | 第121-122页 |
