黑尾地鸦和银脸长尾山雀线粒体基因组序列测定与系统发育分析
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-10页 |
| 第一部分 前言 | 第10-22页 |
| 1 线粒体概述 | 第10-11页 |
| 2 线粒体基因组特点 | 第11-13页 |
| ·线粒体基因组序列结构特点 | 第11页 |
| ·线粒体基因组的进化特征 | 第11-12页 |
| ·线粒体基因组的遗传特征 | 第12-13页 |
| 3 线粒体基因组不同组分 | 第13-15页 |
| ·蛋白编码基因 | 第13页 |
| ·rRNA基因 | 第13-14页 |
| ·tRNA基因 | 第14页 |
| ·控制区 | 第14-15页 |
| 4 鸟纲全线粒体基因组测序现状 | 第15页 |
| 5 雀形目研究概述 | 第15-19页 |
| ·雀形目鸟类形态和生态特征 | 第15-16页 |
| ·雀形目高级阶元分类概况 | 第16页 |
| ·雀形目分子系统学研究概况 | 第16-19页 |
| 6 研究物种、目的及意义 | 第19-22页 |
| ·黑尾地鸦生物学研究概述 | 第19-20页 |
| ·银脸长尾山雀生物学研究概述 | 第20页 |
| ·研究目的与意义 | 第20-22页 |
| 第二部分 实验材料与方法 | 第22-34页 |
| 1 实验材料 | 第22-24页 |
| ·实验标本的采集、保存与鉴定 | 第22页 |
| ·实验仪器及试剂 | 第22-24页 |
| 2 实验方法 | 第24-30页 |
| ·总DNA提取与检测 | 第24-25页 |
| ·PCR引物设计 | 第25-27页 |
| ·线粒体基因组PCR扩增、分离纯化及测序 | 第27-30页 |
| 3 数据处理和分析 | 第30页 |
| ·测序数据组装和处理 | 第30页 |
| ·线粒体基因组注释及序列分析 | 第30页 |
| 4 系统发育分析 | 第30-34页 |
| ·序列分析资料准备 | 第30-31页 |
| ·序列比对 | 第31-32页 |
| ·序列组成分析 | 第32页 |
| ·系统发育信号检验 | 第32-33页 |
| ·建树方法 | 第33-34页 |
| 第三部分 实验结果与分析 | 第34-56页 |
| 1 总DNA的提取 | 第34页 |
| 2 PCR扩增 | 第34-35页 |
| ·L-PCR扩增 | 第34-35页 |
| ·Sub-PCR扩增 | 第35页 |
| ·Sub-PCR扩增片段测序 | 第35页 |
| 3 获得线粒体基因组全序列 | 第35-36页 |
| 4 黑尾地鸦线粒体基因组 | 第36-45页 |
| ·黑尾地鸦线粒体基因组的基本组成特征 | 第36-39页 |
| ·蛋白质编码基因及其密码子的使用 | 第39-40页 |
| ·tRNA基因及其二级结构的预测 | 第40页 |
| ·rRNA基因及其二级结构的预测 | 第40-44页 |
| ·控制区 | 第44-45页 |
| 5 银脸长尾山雀线粒体基因组 | 第45-52页 |
| ·银脸长尾山雀线粒体基因组的基本组成特征 | 第45-47页 |
| ·蛋白质编码基因及其密码子的使用 | 第47-48页 |
| ·tRNA基因及其二级结构的预测 | 第48页 |
| ·rRNA基因及其二级结构的预测 | 第48-52页 |
| ·控制区 | 第52页 |
| 6 分析与讨论 | 第52-56页 |
| ·鸟类线粒体基因排列方式 | 第52-53页 |
| ·鸟类起始、终止密码子分析 | 第53-54页 |
| ·rRNA二级结构比较 | 第54-55页 |
| ·控制区 | 第55-56页 |
| 第四部分 雀形目系统发育关系分析 | 第56-68页 |
| 1 数据集系统发育信号的分析 | 第56-58页 |
| ·数据集序列组成分析 | 第56页 |
| ·碱基替换饱和性分析 | 第56-57页 |
| ·g1检验及PTP检验 | 第57-58页 |
| 2 系统发育关系构建 | 第58-66页 |
| ·最大简约法建树 | 第58-61页 |
| ·最大似然法建树 | 第61-64页 |
| ·贝叶斯法建树 | 第64-66页 |
| 3 系统发育关系的分析与讨论 | 第66-68页 |
| 总结 | 第68-70页 |
| 参考文献 | 第70-79页 |
| 致谢 | 第79-80页 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第80-81页 |
