| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-11页 |
| 第一部分 前言 | 第11-19页 |
| 1 线粒体及其基因组学研究 | 第11-13页 |
| ·动物mtDNA结构特征概述 | 第11-12页 |
| ·动物mtDNA遗传特征概述 | 第12页 |
| ·动物mtDNA进化特征概述 | 第12-13页 |
| 2 鸟类线粒体全基因组概况 | 第13-15页 |
| ·基因组和基因组学 | 第13页 |
| ·鸟类线粒体全基因组测序进展 | 第13页 |
| ·鸟类线粒体全基因组特点 | 第13-14页 |
| ·雀形目鸟类线粒体全基因组研究概况 | 第14-15页 |
| 3 线粒体基因组学研究方法 | 第15-17页 |
| ·线粒体DNA提取的方法 | 第15页 |
| ·基于长PCR方法分离线粒体全基因组 | 第15-16页 |
| ·目的片段测序策略 | 第16页 |
| ·分子系统学研究方法 | 第16-17页 |
| 4 所研究物种简介 | 第17-18页 |
| ·地山雀Pseudopodoces humilis | 第17页 |
| ·黄腹山雀Parus venustulus | 第17-18页 |
| ·红头长尾山雀Aegithalos concinnus | 第18页 |
| 5 本研究的目的及意义 | 第18-19页 |
| 第二部分 材料与方法 | 第19-34页 |
| 1 实验材料 | 第19-21页 |
| ·标本采集、鉴定与保存 | 第19页 |
| ·实验所用仪器及试剂 | 第19-21页 |
| 2 实验方法 | 第21-29页 |
| ·物种总DNA提取 | 第21-22页 |
| ·物种总DNA检测 | 第22-23页 |
| ·PCR所需引物设计及扩增 | 第23-28页 |
| ·Sub-PCR扩增产物测序 | 第28-29页 |
| 3 数据处理及结果分析 | 第29-31页 |
| ·测序结果(片段)的拼接 | 第29-30页 |
| ·线粒体基因组全序列所含基因定位及注释 | 第30页 |
| ·线粒体全基因组结构与组成情况的分析 | 第30页 |
| ·预测所得RNA基因二级结构 | 第30-31页 |
| 4 雀形目鸟类系统发育分析(线粒体) | 第31-34页 |
| ·系统发育分析所需序列数据来源 | 第31页 |
| ·序列比对处理 | 第31-32页 |
| ·序列各组成分析 | 第32页 |
| ·所选数据集系统发育信号检测 | 第32页 |
| ·所采用系统树构建方法 | 第32-34页 |
| 第三部分 实验结果 | 第34-36页 |
| 1 物种总DNA提取结果 | 第34页 |
| 2 L-PCR扩增及纯化结果 | 第34-35页 |
| 3 Sub-PCR扩增及纯化结果 | 第35页 |
| 4 序列的拼接 | 第35-36页 |
| 第四部分 地山雀线粒体全基因组 | 第36-44页 |
| 1 线粒体全基因组的结构及组成特征 | 第36-38页 |
| ·基因组结构与基因顺序 | 第36-38页 |
| ·基因间隔区与基因重叠区 | 第38页 |
| ·全基因组碱基组成特征 | 第38页 |
| 2 蛋白质编码基因 | 第38-40页 |
| ·蛋白质编码基因密码子使用情况 | 第38-39页 |
| ·蛋白质编码基因氨基酸组成 | 第39-40页 |
| 3 tRNA基因分布及二级结构预测结果 | 第40-42页 |
| 4 rRNA基因分布及二级结构预测结果 | 第42-43页 |
| 5 控制区情况统计 | 第43-44页 |
| 第五部分 黄腹山雀线粒体全基因组 | 第44-52页 |
| 1 线粒体全基因组的结构及组成特征 | 第44-46页 |
| ·基因组结构与基因顺序 | 第44-45页 |
| ·基因间隔区与基因重叠区 | 第45-46页 |
| ·全基因组碱基组成特征 | 第46页 |
| 2 蛋白质基因 | 第46-48页 |
| ·蛋白质编码基因密码子使用情况 | 第46-47页 |
| ·蛋白质编码基因氨基酸组成 | 第47-48页 |
| 3 tRNA基因分布及二级结构预测结果 | 第48-50页 |
| 4 rRNA基因分布及二级结构预测结果 | 第50-51页 |
| 5 控制区情况统计 | 第51-52页 |
| 第六部分 红头长尾山雀线粒体全基因组 | 第52-61页 |
| 1 线粒体全基因组的结构及组成特征 | 第52-54页 |
| ·基因组结构与基因顺序 | 第52-54页 |
| ·基因间隔区与基因重叠区 | 第54页 |
| ·全基因组碱基组成特点 | 第54页 |
| 2 蛋白质编码基因 | 第54-56页 |
| ·蛋白质编码基因密码子使用情况 | 第54-56页 |
| ·蛋白质编码基因氨基酸组成 | 第56页 |
| 3 tRNA基因分布及二级结构预测结果 | 第56-58页 |
| 4 rRNA基因分布及二级结构预测结果 | 第58-59页 |
| 5 控制区情况统计 | 第59-61页 |
| 第七部分 雀形目线粒体全基因组比较与分析 | 第61-76页 |
| 1 13种雀形目鸟类线粒体全基因组的组成及基因排列比较 | 第61-63页 |
| 2 13种雀形目鸟类线粒体全基因组的基因间隔及重叠区比较 | 第63页 |
| 3 13种雀形目鸟类线粒体全基因组密码子使用情况比较 | 第63-66页 |
| 4 ND3基因的胞嘧啶插入现象 | 第66-67页 |
| 5 超级保守序列 | 第67-68页 |
| 6 tRNA二级结构比较与分析 | 第68-69页 |
| 7 rRNA二级结构比较与分析 | 第69-72页 |
| 8 13种雀形目鸟类线粒体全基因组控制区比较与分析 | 第72-76页 |
| 第八部分 雀形目系统发育关系分析与讨论 | 第76-89页 |
| 1 所选数据集各项指标分析 | 第76-77页 |
| 2 碱基替换的饱和性分析 | 第77-79页 |
| 3 PTP检验及gl检验 | 第79-81页 |
| 4 构建雀形目鸟类系统发育树 | 第81-82页 |
| ·简约法构建雀形目鸟类系统发育树 | 第81页 |
| ·极似然法构建雀形目鸟类系统发育树 | 第81-82页 |
| ·贝叶斯推论法构建雀形目鸟类系统发育树 | 第82页 |
| 5 所构建系统发育树结果及讨论 | 第82-86页 |
| ·简约法构建系统树结果 | 第82-83页 |
| ·最大似然法构建系统树结果 | 第83-84页 |
| ·贝叶斯推论法构建系统发育树结果 | 第84-86页 |
| 6 系统发育树结果讨论 | 第86-89页 |
| 结论 | 第89-91页 |
| 参考文献 | 第91-99页 |
| 致谢 | 第99-100页 |
| 攻读学位期间的研究成果 | 第100页 |
