| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一章 前言 | 第8-21页 |
| 1.1 DJ-1/THIJ/PFPL 超家族 | 第8-15页 |
| 1.1.1 DJ-1/ThiJ/Pfpl 超家族的分类 | 第11-15页 |
| 1.2 HSP31 | 第15-20页 |
| 1.2.1 Hsp31 伴侣蛋白活性 | 第16-17页 |
| 1.2.2 Hsp31 肽酶活性 | 第17-18页 |
| 1.2.3 Hsp31 乙二醛酶活性 | 第18-20页 |
| 1.3 立题依据 | 第20-21页 |
| 第二章 实验方法 | 第21-33页 |
| 2.1 分子对接 | 第21-23页 |
| 2.1.1 原理与方法 | 第21-22页 |
| 2.1.2 常用分子对接软件 | 第22-23页 |
| 2.2 分子动力学模拟 | 第23-29页 |
| 2.2.1 分子动力学原理及参数 | 第24-25页 |
| 2.2.2 分子动力学模拟的积分算法 | 第25-26页 |
| 2.2.3 时间步长 | 第26-27页 |
| 2.2.4 周期性边界条件和最近镜像法 | 第27页 |
| 2.2.5 分子动力学模拟的系综 | 第27-28页 |
| 2.2.6 分子动力学模拟的启动 | 第28-29页 |
| 2.3 拉伸分子动力学模拟 | 第29-31页 |
| 2.4 结合自由能的计算 | 第31-33页 |
| 2.4.1 MM/PBSA 方法 | 第31-33页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第33-51页 |
| 3.1 复合物结构图谱分析 HSP31 肽酶活性位点的组成 | 第33-36页 |
| 3.2 分子动力学模拟研究 HSP31 肽酶的底物选择性 | 第36-43页 |
| 3.3 MM-PBSA 研究不同突变体对甲基乙二醛催化效率的影响 | 第43-46页 |
| 3.4 甲基乙二醛从 HSP31 中脱离过程的分子动力学模拟 | 第46-49页 |
| 3.5 结论 | 第49-50页 |
| 3.6 研究展望 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-58页 |
| 致谢 | 第58页 |
