我国籼稻品种遗传结构与多样性的SNP分析
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 1 引言 | 第12-24页 |
| 1.1 栽培稻的遗传多样性 | 第12-14页 |
| 1.1.1 栽培稻的分布 | 第12-13页 |
| 1.1.2 栽培稻的收集与保存 | 第13页 |
| 1.1.3 籼、粳稻的演化 | 第13-14页 |
| 1.2 水稻遗传多样性的研究进展 | 第14-21页 |
| 1.2.1 遗传多样性的研究意义 | 第14-15页 |
| 1.2.2 遗传多样性的研究方法 | 第15-16页 |
| 1.2.3 SSR标记 | 第16-18页 |
| 1.2.4 SNP标记 | 第18-19页 |
| 1.2.5 分子标记常用统计指标 | 第19-21页 |
| 1.3 连锁不平衡和基因本体（GO）富集分析 | 第21-22页 |
| 1.3.1 连锁不平衡 | 第21-22页 |
| 1.3.2 GO富集分析 | 第22页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第22-24页 |
| 2 试验材料与方法 | 第24-30页 |
| 2.1 供试水稻材料 | 第24页 |
| 2.2 DNA提取与检测 | 第24-25页 |
| 2.3 SNP指纹数据采集 | 第25-28页 |
| 2.3.1 SNP标记筛选 | 第25页 |
| 2.3.2 全基因组恒温扩增 | 第25页 |
| 2.3.3 芯片杂交 | 第25-26页 |
| 2.3.3.1 断裂 | 第25页 |
| 2.3.3.2 沉淀 | 第25-26页 |
| 2.3.3.3 重悬 | 第26页 |
| 2.3.3.4 杂交 | 第26页 |
| 2.3.4 芯片扫描 | 第26-28页 |
| 2.3.4.1 洗涤、延伸 | 第26-27页 |
| 2.3.4.2 染色 | 第27-28页 |
| 2.3.4.3 扫描 | 第28页 |
| 2.4 数据分析 | 第28-30页 |
| 3 结果与分析 | 第30-57页 |
| 3.1 SNPs特征 | 第30-33页 |
| 3.2 亚群间的遗传结构 | 第33-35页 |
| 3.2.1 主成分分析 | 第33页 |
| 3.2.2 基于遗传距离和模型模拟的群体结构图 | 第33-35页 |
| 3.3 亚群间的遗传分化 | 第35-36页 |
| 3.4 亚群间的遗传多样性 | 第36-37页 |
| 3.5 基于遗传多样性变化的候选基因分析 | 第37-57页 |
| 3.5.1 PIC值变化及GO富集分析 | 第37-43页 |
| 3.5.2 ROD值及受人工选择影响假定基因分析 | 第43-57页 |
| 4 讨论 | 第57-60页 |
| 4.1 水稻 5291SNPs芯片的优缺点 | 第57页 |
| 4.2 亚群间的遗传结构及多样性分析 | 第57-58页 |
| 4.3 基于亚群间遗传多样性变化的假定基因分析 | 第58-60页 |
| 5 结论 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-69页 |
| 附录 | 第69-88页 |
| 致谢 | 第88-89页 |
| 作者简历 | 第89页 |
