| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 引言 | 第14-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-23页 |
| 1.1 Toll样受体生物学功能 | 第15-17页 |
| 1.1.1 TLR结构和分布 | 第15-16页 |
| 1.1.2 TLR的模式识别作用 | 第16-17页 |
| 1.2 TLR信号传递途径 | 第17-20页 |
| 1.2.1 依赖MyD88 途径 | 第17页 |
| 1.2.2 非依赖MyD88 途径 | 第17-18页 |
| 1.2.3 TLR信号通路下游的炎性因子 | 第18-19页 |
| 1.2.4 TLR信号通路的负向调控 | 第19-20页 |
| 1.3 鱼类toll样受体的生物学功能研究 | 第20-21页 |
| 1.3.1 鱼类TLRs的类型和结构特征 | 第20-21页 |
| 1.3.2 鱼类TLR的配体特异性及其信号途径 | 第21页 |
| 1.4 Toll样受体信号通路与细菌疾病相关的研究 | 第21-23页 |
| 第二章 草鱼转录组表达谱分析 | 第23-46页 |
| 2.1 材料 | 第23-25页 |
| 2.1.1 草鱼样品 | 第23页 |
| 2.1.2 细菌及细胞 | 第23-24页 |
| 2.1.3 质粒和菌株 | 第24页 |
| 2.1.4 主要试剂及耗材 | 第24-25页 |
| 2.1.5 主要仪器设备 | 第25页 |
| 2.2 方法 | 第25-29页 |
| 2.2.1 嗜水气单胞菌感染草鱼半数致死浓度测定 | 第25-26页 |
| 2.2.2 草鱼易感和抗病群体筛选 | 第26页 |
| 2.2.3 总RNA提取 | 第26页 |
| 2.2.4 草鱼易感和抗病群体脾脏肾脏转录组高通量测序 | 第26-27页 |
| 2.2.5 实时荧光定量PCR | 第27-29页 |
| 2.2.6 数据统计学分析 | 第29页 |
| 2.3 结果 | 第29-45页 |
| 2.3.1 总RNA质量检测 | 第29-30页 |
| 2.3.2 转录组组装结果和分析 | 第30-32页 |
| 2.3.3 unigene功能注释和预测编码蛋白框 | 第32-34页 |
| 2.3.4 GO功能分类和代谢通路分析 | 第34-36页 |
| 2.3.5 Unigene表达差异分析 | 第36-39页 |
| 2.3.6 miRNA与mRNA整合分析 | 第39-45页 |
| 2.4 讨论 | 第45-46页 |
| 第三章 草鱼易感和抗病群体脾脏关键miRNA筛选鉴定 | 第46-71页 |
| 3.1 材料 | 第46页 |
| 3.2 方法 | 第46-53页 |
| 3.2.1 嗜水气单胞菌感染草鱼半数致死浓度的测定 | 第46-47页 |
| 3.2.2 草鱼易感和抗病群体筛选 | 第47页 |
| 3.2.3 总RNA提取 | 第47页 |
| 3.2.4 草鱼易感和抗病群体脾脏small RNA高通量测序 | 第47-48页 |
| 3.2.5 载体构建 | 第48-51页 |
| 3.2.6 草鱼肾细胞系细胞培养 | 第51页 |
| 3.2.7 CIK细胞转染 | 第51-52页 |
| 3.2.8 双荧光素酶报告基因检测 | 第52页 |
| 3.2.9 过表达目的基因对嗜水气单胞菌入侵CIK细胞的影响 | 第52-53页 |
| 3.2.10 实时荧光定量PCR | 第53页 |
| 3.2.11 数据统计学分析 | 第53页 |
| 3.3 结果 | 第53-66页 |
| 3.3.1 草鱼脾脏易感和抗病small RNA测序质量及长度分布 | 第53-55页 |
| 3.3.2 miRNAs差异表达分析 | 第55-58页 |
| 3.3.3 miRNA靶基因预测及富集分析 | 第58-60页 |
| 3.3.4 cid-miRn-118 和let-7i靶基因验证 | 第60-62页 |
| 3.3.5 Citlr4 在不同组织中的表达情况 | 第62页 |
| 3.3.6 Citlr4 在不同刺激情况下表达模式 | 第62-65页 |
| 3.3.7 草鱼TLR4 对细菌侵袭的影响 | 第65页 |
| 3.3.8 过表达CiTLR4 对下游基因表达的影响 | 第65-66页 |
| 3.4 讨论 | 第66-71页 |
| 第四章 草鱼易感和抗病群体肾脏关键miRNA筛选鉴定 | 第71-89页 |
| 4.1 材料 | 第71页 |
| 4.2 方法 | 第71-73页 |
| 4.2.1 嗜水气单胞菌感染草鱼半数致死浓度的测定 | 第71页 |
| 4.2.2 草鱼易感和抗病群体筛选 | 第71页 |
| 4.2.3 总RNA提取 | 第71页 |
| 4.2.4 草鱼易感和抗病群体肾脏small RNA高通量测序 | 第71-72页 |
| 4.2.5 过表达载体构建 | 第72页 |
| 4.2.6 草鱼肾细胞系细胞培养 | 第72页 |
| 4.2.7 CIK细胞转染 | 第72页 |
| 4.2.8 过表达目的基因对嗜水气单胞菌入侵CIK细胞的影响 | 第72页 |
| 4.2.9 实时荧光定量PCR | 第72页 |
| 4.2.10 数据统计学分析 | 第72-73页 |
| 4.3 结果 | 第73-86页 |
| 4.3.1 草鱼肾脏易感和抗病群体small RNA测序数据质量及长度分析 | 第73-74页 |
| 4.3.2 small RNA转录组定位和分类注释 | 第74-75页 |
| 4.3.3 miRNA差异表达分析 | 第75-77页 |
| 4.3.4 差异表达miRNA的qRT-PCR验证 | 第77-78页 |
| 4.3.5 Citlr5 是cid-mi Rn-115 和miR-142a-3p的潜在靶基因 | 第78-80页 |
| 4.3.6 Citlr5 调控mi RNA验证 | 第80-81页 |
| 4.3.7 草鱼Citlr5 基因组织表达模式 | 第81-82页 |
| 4.3.8 Citlr5 在不同刺激情况下表达模式 | 第82-84页 |
| 4.3.9 CiTLR5, cid-miRn-115 和mi R-142a-3p对细菌侵袭的影响 | 第84页 |
| 4.3.10 过表达CiTLR5 对下游基因表达的影响 | 第84-86页 |
| 4.4 讨论 | 第86-89页 |
| 第五章 草鱼内参miRNA筛选 | 第89-105页 |
| 5.1 材料 | 第90-91页 |
| 5.1.1 草鱼样品 | 第90-91页 |
| 5.1.2 主要试剂及耗材 | 第91页 |
| 5.1.3 主要仪器设备 | 第91页 |
| 5.2 方法 | 第91页 |
| 5.2.1 总RNA提取 | 第91页 |
| 5.2.2 实时荧光定量PCR | 第91页 |
| 5.2.3 数据统计学分析 | 第91页 |
| 5.3 结果 | 第91-102页 |
| 5.3.1 内参基因初步筛选 | 第91-93页 |
| 5.3.2 候选内参基因稳定性分析 | 第93-96页 |
| 5.3.3 候选内参miRNA基因的表达水平分析 | 第96-97页 |
| 5.3.4 内参基因验证 | 第97-102页 |
| 5.4 讨论 | 第102-105页 |
| 小结 | 第105-106页 |
| 参考文献 | 第106-120页 |
| 附录 | 第120-121页 |
| 博士在读期间发表及投稿论文 | 第121-122页 |
| 致谢 | 第122页 |
