面向多核向量处理器的并行优化方法研究及应用
| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第11-16页 |
| 1.1 研究背景 | 第11-12页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第12-14页 |
| 1.3 主要研究工作和内容 | 第14-15页 |
| 1.4 论文结构 | 第15-16页 |
| 第二章 多核向量处理器结构及并行程序设计 | 第16-24页 |
| 2.1 现代处理器架构 | 第16-18页 |
| 2.1.1 现代处理器优化方式 | 第16-17页 |
| 2.1.2 多核向量处理器架构 | 第17-18页 |
| 2.2 面向多核向量处理器的并行程序设计模式 | 第18-23页 |
| 2.2.1 问题空间的设计模式 | 第19-20页 |
| 2.2.2 算法结构的设计模式 | 第20-21页 |
| 2.2.3 程序结构的设计模式 | 第21-22页 |
| 2.2.4 实现机制的设计模式 | 第22-23页 |
| 2.3 本章小结 | 第23-24页 |
| 第三章 面向多核向量处理器的并行优化方法 | 第24-34页 |
| 3.1 面向多核向量处理器的并行化的步骤 | 第24-32页 |
| 3.1.1 多核向量并行化的整体流程 | 第24-25页 |
| 3.1.2 并行程序结构转化为循环的方法 | 第25-28页 |
| 3.1.3 循环的多核向量并行化 | 第28-32页 |
| 3.2 面向多核向量处理器的优化方法 | 第32-33页 |
| 3.2.1 存储模式优化 | 第32-33页 |
| 3.2.2 循环规整优化 | 第33页 |
| 3.3 本章小节 | 第33-34页 |
| 第四章 PiDIC算法的多核向量并行优化 | 第34-49页 |
| 4.1 PiDIC算法及程序结构分析 | 第34-37页 |
| 4.1.1 PiDIC算法简介 | 第34页 |
| 4.1.2 PiDIC程序结构分析 | 第34-37页 |
| 4.2 问题分析 | 第37-38页 |
| 4.3 cuDIC算法结构设计 | 第38-39页 |
| 4.4 cuDIC程序结构设计 | 第39-45页 |
| 4.4.1 预计算 | 第39-41页 |
| 4.4.2 整像素点计算 | 第41-43页 |
| 4.4.3 亚像素点计算 | 第43-45页 |
| 4.5 cuDIC的实现 | 第45-46页 |
| 4.5.1 面向GPU的实现 | 第45页 |
| 4.5.2 向量通信的实现 | 第45-46页 |
| 4.6 cuDIC的优化 | 第46-48页 |
| 4.7 本章小结 | 第48-49页 |
| 第五章 BWA-MEM程序的多核向量并行优化 | 第49-63页 |
| 5.1 算法及程序结构分析 | 第49-52页 |
| 5.1.1 算法概述 | 第49-50页 |
| 5.1.2 程序结构分析 | 第50-52页 |
| 5.2 问题分析 | 第52-55页 |
| 5.2.1 BWA-MEM的原始问题分析 | 第52-53页 |
| 5.2.2 BWA-MEM可向量化模块挖掘 | 第53-54页 |
| 5.2.3 问题重分析 | 第54-55页 |
| 5.3 vecMEM算法结构设计 | 第55页 |
| 5.4 vecMEM程序结构设计 | 第55-58页 |
| 5.4.1 主从模式的循环构建 | 第55页 |
| 5.4.2 向量化过程中的依赖去除 | 第55-57页 |
| 5.4.3 循环规整 | 第57-58页 |
| 5.5 vecMEM的实现 | 第58-59页 |
| 5.5.1 面向CPU的实现 | 第58页 |
| 5.5.2 向量通信的实现 | 第58页 |
| 5.5.3 先执行后回退的实现 | 第58-59页 |
| 5.6 vecMEM的优化 | 第59-62页 |
| 5.6.1 存储模式优化 | 第59-61页 |
| 5.6.2 循环规整优化 | 第61-62页 |
| 5.7 本章小结 | 第62-63页 |
| 第六章 实验与结果分析 | 第63-73页 |
| 6.1 实验平台 | 第63页 |
| 6.2 实验数据 | 第63-64页 |
| 6.2.1 DIC数据集 | 第63-64页 |
| 6.2.2 基因比对数据集 | 第64页 |
| 6.3 多核向量优化策略实验 | 第64-67页 |
| 6.3.1 cuDIC | 第64-65页 |
| 6.3.2 vecMEM | 第65-67页 |
| 6.4 cuDIC的优化结果实验 | 第67页 |
| 6.5 vecMEM的优化结果实验 | 第67-72页 |
| 6.5.1 精度测试 | 第68-69页 |
| 6.5.2 性能测试 | 第69-72页 |
| 6.6 本章小结 | 第72-73页 |
| 总结与展望 | 第73-75页 |
| 参考文献 | 第75-79页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第79-80页 |
| 致谢 | 第80-81页 |
| 附件 | 第81页 |
