| 摘要 | 第4-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-17页 |
| 1. 寄生虫转录组的研究进展 | 第10-13页 |
| 1.1 转录组定义 | 第10页 |
| 1.2 第二代测序平台及其优势 | 第10-11页 |
| 1.3 转录组生物信息学分析 | 第11-12页 |
| 1.3.1 组装软件 | 第11页 |
| 1.3.2 公共数据库相似序列的搜索 | 第11-12页 |
| 1.3.3 肽的预测与注释 | 第12页 |
| 1.4 寄生虫转录组测序 | 第12-13页 |
| 1.5 展望 | 第13页 |
| 2. 寄生虫microRNA研究进展 | 第13-14页 |
| 2.1 microRNA的作用 | 第13-14页 |
| 2.2 寄生虫microRNA测序 | 第14页 |
| 2.3 展望 | 第14页 |
| 3. 选题目的和意义 | 第14-17页 |
| 第二章 多头带绦虫转录组的研究及生物信息学分析 | 第17-34页 |
| 摘要 | 第17-18页 |
| 1. 材料与方法 | 第18-22页 |
| 1.1 实验材料 | 第18-20页 |
| 1.1.1 样品的准备 | 第18-19页 |
| 1.1.2 主要试剂 | 第19页 |
| 1.1.3 主要仪器设备 | 第19页 |
| 1.1.4 常用溶液的配制 | 第19页 |
| 1.1.5 生物信息学分析主要数据库和计算机软件 | 第19-20页 |
| 1.2 实验方法 | 第20-22页 |
| 1.2.1 RNA的提取和Illumina测序 | 第20页 |
| 1.2.2 生物信息学分析 | 第20-21页 |
| 1.2.3 比较转录本分析 | 第21页 |
| 1.2.4 带属绦虫和棘球属绦虫的共同基因 | 第21-22页 |
| 1.2.5 转录组数据CDS的验证 | 第22页 |
| 2. 结果 | 第22-31页 |
| 2.1 高通量测序与组装 | 第22-24页 |
| 2.2 公共数据库的注释 | 第24-27页 |
| 2.3 GO功能分类和带绦虫GO功能分类的比较 | 第27-29页 |
| 2.4 四种人畜共患肠道寄生虫的共有基因 | 第29-30页 |
| 2.5 带属绦虫和棘球属绦虫的保守基因 | 第30-31页 |
| 3. 讨论 | 第31-34页 |
| 3.1 数据的质量和有效性 | 第31页 |
| 3.2 扁形动物遗失的Wnt | 第31-32页 |
| 3.3 四种肠道寄生虫的共有基因 | 第32页 |
| 3.4 五种带科绦虫的共有基因 | 第32-34页 |
| 第三章 多头带绦虫microRNA的研究 | 第34-52页 |
| 摘要 | 第34-35页 |
| 1. 材料与方法 | 第35-39页 |
| 1.1 实验材料 | 第35页 |
| 1.2 实验方法 | 第35-39页 |
| 1.2.1 小RNA文库的准备和Illumina测序 | 第35-36页 |
| 1.2.2 鉴定保守miRNA的生物信息学分析流程 | 第36-37页 |
| 1.2.3 新miRNA的预测 | 第37页 |
| 1.2.4 保守miRNA的可信度分析和新miRNA前体的验证 | 第37-38页 |
| 1.2.5 miRNA靶基因的预测 | 第38-39页 |
| 2. 结果 | 第39-48页 |
| 2.1 多头带绦虫小RNA的Illumina测序 | 第39-41页 |
| 2.2 microRNA的鉴定 | 第41-42页 |
| 2.3 新候选miRNA的预测 | 第42页 |
| 2.4 对miRNA前体的实验验证 | 第42-46页 |
| 2.5 靶基因预测 | 第46-48页 |
| 3. 讨论 | 第48-52页 |
| 3.1 多头带绦虫的保守miRNA及验证 | 第48-50页 |
| 3.2 多头带绦虫的miRNA~* | 第50页 |
| 3.3 候选miRNA的验证 | 第50-51页 |
| 3.4 miRNA靶基因的预测 | 第51-52页 |
| 第四章 结论与创新点 | 第52-53页 |
| 1. 结论 | 第52页 |
| 1.1 转录组研究 | 第52页 |
| 1.2 miRNA研究 | 第52页 |
| 2. 创新点 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-60页 |
| 致谢 | 第60-61页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第61-62页 |
