| 摘要 | 第9-12页 |
| Abstract | 第12-14页 |
| 论文中所使用的英文缩写列表 | 第15-17页 |
| 第一章 绪论 | 第17-46页 |
| 1.1 古生菌(Archaea) | 第17-22页 |
| 1.1.1 古生菌的分类 | 第17-20页 |
| 1.1.2 古生菌的特征 | 第20-22页 |
| 1.2 嗜盐古生菌(Halophilic archaea) | 第22-26页 |
| 1.2.1 嗜盐生物(Halophiles)及其生存环境 | 第22页 |
| 1.2.2 极端嗜盐古生菌(Halophilic archaea)基本特征及应用 | 第22-24页 |
| 1.2.3 嗜盐古生菌分类及基因组测序 | 第24-25页 |
| 1.2.4 Natrinema sp.J7菌株全基因组序列测定 | 第25-26页 |
| 1.3 病毒的形态与分类 | 第26-31页 |
| 1.4 古生菌病毒 | 第31-38页 |
| 1.4.1 泉古生菌病毒 | 第31-34页 |
| 1.4.2 广古生菌病毒 | 第34-35页 |
| 1.4.3 多形性包膜病毒家族(Pleolipoviral lineage) | 第35-38页 |
| 1.5 古生菌病毒与细胞间的关系 | 第38-40页 |
| 1.6 古生菌前病毒 | 第40-45页 |
| 1.7 本研究的背景、内容和意义 | 第45-46页 |
| 第二章 材料与方法 | 第46-71页 |
| 2.1 实验材料和仪器 | 第46-56页 |
| 2.1.1 菌株和质粒 | 第46-47页 |
| 2.1.2 引物 | 第47-50页 |
| 2.1.3 序列 | 第50页 |
| 2.1.4 药品和试剂 | 第50-51页 |
| 2.1.5 培养基配制 | 第51-52页 |
| 2.1.6 溶液配制 | 第52-54页 |
| 2.1.7 实验仪器 | 第54-55页 |
| 2.1.8 数据库和软件 | 第55-56页 |
| 2.2 实验方法 | 第56-71页 |
| 2.2.1 SNJ1病毒制备 | 第56页 |
| 2.2.2 SNJ2病毒制备 | 第56-57页 |
| 2.2.3 双层平板法测定病毒效价 | 第57页 |
| 2.2.4 SNJ1病毒纯化 | 第57-58页 |
| 2.2.5 SNJ2病毒纯化 | 第58页 |
| 2.2.6 SNJ2病毒宿主范围筛查 | 第58页 |
| 2.2.7 透射电镜(transmission electron microscopy,TEM)观察病毒形态 | 第58-59页 |
| 2.2.8 (Tricnine-)SDS-PAGE检测蛋白 | 第59-60页 |
| 2.2.9 病毒结构蛋白鉴定 | 第60-61页 |
| 2.2.10 病毒脂质苏丹黑B染色 | 第61页 |
| 2.2.11 病毒及嗜盐古生菌脂质成分薄层色谱(TLC) | 第61页 |
| 2.2.12 病毒基因组提取 | 第61-62页 |
| 2.2.13 E.coli DH5α感受态细胞的制备和转化 | 第62页 |
| 2.2.14 SNJ2病毒基因组测序 | 第62-63页 |
| 2.2.15 病毒基因组酶消化及鉴定 | 第63-64页 |
| 2.2.16 SNJ2病毒基因组断裂检测 | 第64-66页 |
| 2.2.17 SNJ2病毒基因组开放阅读框(ORF)预测分析 | 第66页 |
| 2.2.18 PCR验证前病毒整合、切离 | 第66-68页 |
| 2.2.19 SNJ2-like前病毒的搜查和同源基因比对 | 第68页 |
| 2.2.20 SNJ2-like前病毒及宿主的系统发育分析 | 第68页 |
| 2.2.21 生长竞争实验 | 第68-69页 |
| 2.2.22 SNJ1-Mutant全基因组测序 | 第69页 |
| 2.2.23 SNJ1-Mutant与SNJ1-WT对J7-2菌株裂解程度比较 | 第69-71页 |
| 第三章 温和多形性包膜病毒SNJ2性质的研究 | 第71-105页 |
| 3.1 引言 | 第71页 |
| 3.2 结果与分析 | 第71-101页 |
| 3.2.1 SNJ1病毒的纯化和形态观察 | 第71-74页 |
| 3.2.2 SNJ2病毒的发现、形态观察和敏感菌筛查 | 第74-75页 |
| 3.2.3 SNJ2病毒的纯化 | 第75-79页 |
| 3.2.4 SNJ2病毒结构蛋白和包膜脂质分析 | 第79-82页 |
| 3.2.5 SNJ2基因组上由"GCCCA"保守基序引发的断裂现象 | 第82-88页 |
| 3.2.6 SNJ2属于多形性包膜病毒家族 | 第88-98页 |
| 3.2.7 SNJ2的大量复制需要SNJ1(质粒pHH205)的协助 | 第98-101页 |
| 3.3 讨论 | 第101-104页 |
| 3.3.1 SNJ2病毒属于Betapleolipovirus属 | 第101-102页 |
| 3.3.2 SNJ2病毒基因组上有断裂现象 | 第102-103页 |
| 3.3.3 SNJ2病毒的大量复制需要SNJ1病毒帮助 | 第103-104页 |
| 3.4 小结 | 第104-105页 |
| 第四章 SNJ2、SNJ1与宿主细胞关系的初步研究 | 第105-142页 |
| 4.1 引言 | 第105页 |
| 4.2 结果与分析 | 第105-138页 |
| 4.2.1 SNJ2前病毒整合在宿主基因组tRNA~(Met)基因3'末端 | 第105-109页 |
| 4.2.2 嗜盐古生菌基因组上广泛整合SNJ2-like多形性包膜前病毒 | 第109-114页 |
| 4.2.3 SNJ2-like前病毒整合规律相似 | 第114-118页 |
| 4.2.4 前病毒对宿主生长竞争的影响 | 第118-122页 |
| 4.2.5 Natrinema sp.LJ7性质初步研究 | 第122-126页 |
| 4.2.6 Natrinema sp.CJ7菌株的鉴定 | 第126-128页 |
| 4.2.7 SNJ1突变株对J7敏感菌的裂解性增强 | 第128-138页 |
| 4.3 讨论 | 第138-141页 |
| 4.3.1 SNJ2及SNJ2-like前病毒为多形性包膜病毒增加新特征 | 第138-139页 |
| 4.3.2 SNJ1病毒对菌株生长及生长竞争的影响 | 第139-141页 |
| 4.4 小结 | 第141-142页 |
| 研究总结与展望 | 第142-145页 |
| 研究总结 | 第142-143页 |
| 展望 | 第143-145页 |
| 参考文献 | 第145-162页 |
| 博士研究生期间科研成果 | 第162-163页 |
| 致谢 | 第163-164页 |
