| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-7页 |
| 符号说明 | 第11-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-31页 |
| 1 黏菌物种多样性的研究 | 第12-17页 |
| 1.1 黏菌的分布 | 第13页 |
| 1.2 黏菌生长的基物特异性 | 第13-14页 |
| 1.3 树皮栖生黏菌的概念 | 第14页 |
| 1.4 影响黏菌物种组成的环境因素 | 第14-17页 |
| 2 生物群落物种多样性的研究方法 | 第17-19页 |
| 2.1 生物群落的物种累积曲线绘制 | 第17-18页 |
| 2.2 生物群落的多样性测度 | 第18页 |
| 2.3 生物群落的等级聚类分析和多维标度排序 | 第18页 |
| 2.4 生物群落的相似性分析检验 | 第18-19页 |
| 2.5 生物群落的典范对应分析 | 第19页 |
| 3 黏菌分子系统学的研究现状 | 第19-30页 |
| 3.1 分子系统学的概念 | 第19-21页 |
| 3.2 DNA条形码的研究现状 | 第21-24页 |
| 3.3 黏菌系统发育的研究现状 | 第24-29页 |
| 3.4 黏菌分子系统学研究存在的问题与展望 | 第29-30页 |
| 4 本文研究的内容、目的和意义 | 第30-31页 |
| 4.1 研究内容 | 第30页 |
| 4.2 研究目的 | 第30页 |
| 4.3 研究意义 | 第30-31页 |
| 第二章 天目山国家自然保护区树皮栖生黏菌物种多样性的研究 | 第31-50页 |
| 1 前言 | 第31页 |
| 2 材料与方法 | 第31-36页 |
| 2.1 实验所用仪器 | 第31-32页 |
| 2.2 样地设置 | 第32页 |
| 2.3 采样方法 | 第32-33页 |
| 2.4 树皮的湿室培养 | 第33页 |
| 2.5 树皮栖生黏菌的物种鉴定 | 第33-34页 |
| 2.6 数据处理 | 第34-36页 |
| 3 结果 | 第36-46页 |
| 3.1 树皮栖生黏菌的物种组成 | 第36-37页 |
| 3.2 采样方法的充分性估计 | 第37-40页 |
| 3.3 树皮生栖生黏菌的物种多样性分析 | 第40-41页 |
| 3.4 树皮栖生黏菌的群落分析 | 第41-46页 |
| 4 讨论 | 第46-49页 |
| 5 小结 | 第49-50页 |
| 第三章 黏菌DNA条形码的初步探索 | 第50-73页 |
| 1 前言 | 第50-51页 |
| 2 材料与方法 | 第51-60页 |
| 2.1 实验材料 | 第51页 |
| 2.2 实验试剂与仪器 | 第51-54页 |
| 2.3 基因组DNA的提取 | 第54-55页 |
| 2.4 引物的选择、设计和确定 | 第55-56页 |
| 2.5 目的片段的扩增 | 第56页 |
| 2.6 PCR产物的检测 | 第56-57页 |
| 2.7 PCR产物的纯化 | 第57页 |
| 2.8 PCR产物的克隆与测序 | 第57-58页 |
| 2.9 序列编辑 | 第58页 |
| 2.10 候选DNA条形码序列的数据分析 | 第58-60页 |
| 3 结果 | 第60-68页 |
| 3.1 PCR反应的适宜条件 | 第60页 |
| 3.2 PCR扩增测序结果 | 第60页 |
| 3.3 PCR扩增和测序成功率 | 第60-62页 |
| 3.4 种内与种间的遗传距离 | 第62-63页 |
| 3.5 基因序列在种内与种间的相似性差异 | 第63页 |
| 3.6 DNA Barcoding Gap的鉴定 | 第63-64页 |
| 3.7 系统发育关系的评价鉴定效率 | 第64-68页 |
| 4 讨论 | 第68-71页 |
| 5 小结 | 第71-73页 |
| 第四章 COI和SSU rRNA基因用于黏菌系统发育研究的比较分析 | 第73-83页 |
| 1 前言 | 第73-74页 |
| 2 材料与方法 | 第74-75页 |
| 2.1 实验材料 | 第74页 |
| 2.2 实验试剂与仪器 | 第74页 |
| 2.3 基因组DNA的提取 | 第74页 |
| 2.4 PCR扩增和测序 | 第74页 |
| 2.5 序列比对 | 第74页 |
| 2.6 序列碱基组成分析 | 第74页 |
| 2.7 数据组系统发育信号检测 | 第74页 |
| 2.8 COI和SSU rRNA基因系统发育树的构建 | 第74-75页 |
| 3 结果 | 第75-80页 |
| 3.1 COI和SSU rRNA基因序列的碱基组成 | 第75-76页 |
| 3.2 COI和SSU rRNA基因序列的遗传距离 | 第76页 |
| 3.3 COI和SSU rRNA基因序列的碱基替换饱和性分析 | 第76-77页 |
| 3.4 COI和SSU rRNA基因序列构建的黏菌纲内系统发育树 | 第77-80页 |
| 4 讨论 | 第80-82页 |
| 5 小结 | 第82-83页 |
| 第五章 评估ITS2基因用于黏菌系统发育研究的可行性 | 第83-90页 |
| 1 前言 | 第83页 |
| 2 材料与方法 | 第83页 |
| 2.1 ITS2序列的获得 | 第83页 |
| 2.2 ITS2序列RNA二级结构的构建 | 第83页 |
| 2.3 ITS2和SSU rRNA基因系统发育树的构建 | 第83页 |
| 3 结果 | 第83-87页 |
| 3.1 ITS2 RNA二级结构 | 第83-84页 |
| 3.2 ITS2基因序列构建的黏菌纲内系统发育树 | 第84页 |
| 3.3 SSU rRNA基因序列构建的黏菌纲内系统发育树 | 第84-87页 |
| 4 讨论 | 第87-89页 |
| 5 小结 | 第89-90页 |
| 全文总结 | 第90-92页 |
| 参考文献 | 第92-109页 |
| 附录 A | 第109-114页 |
| 附录 B | 第114-118页 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 | 第118-119页 |
| 致谢 | 第119页 |
