| 摘要 | 第9-12页 |
| ABSTRACT | 第12-14页 |
| 缩略语表(ABBREVIATION) | 第15-17页 |
| 第1章 文献综述 | 第17-47页 |
| 1.1 猪流行性腹泻病毒研究进展 | 第17-28页 |
| 1.1.1 PED的流行 | 第17-21页 |
| 1.1.2 PEDV的分类地位 | 第21页 |
| 1.1.3 PEDV的分子结构 | 第21-22页 |
| 1.1.4 5'UTR和3’UTR | 第22-23页 |
| 1.1.5 复制酶基因ORF1 | 第23页 |
| 1.1.6 S基因的结构、功能及应用 | 第23-25页 |
| 1.1.7 M基因的结构与功能 | 第25-26页 |
| 1.1.8 E基因的结构与功能 | 第26页 |
| 1.1.9 ORF3基因的结构与功能 | 第26-27页 |
| 1.1.10 N基因的结构与功能 | 第27-28页 |
| 1.1.11 PEDV的受体研究进展 | 第28页 |
| 1.2 冠状病毒感染性克隆研究进展 | 第28-30页 |
| 1.3 猪圆环病毒研究进展 | 第30-47页 |
| 1.3.1 猪圆环病毒概述 | 第30-32页 |
| 1.3.2 PCV2生物学特性 | 第32页 |
| 1.3.3 PCV2基因组成 | 第32-33页 |
| 1.3.4 PCV2编码的蛋白质 | 第33-35页 |
| 1.3.5 PCV2病毒的复制 | 第35-36页 |
| 1.3.6 PCV2的传播途径 | 第36-37页 |
| 1.3.7 PCV2感染与临床疾病 | 第37-39页 |
| 1.3.8 PCV2致病机理 | 第39-42页 |
| 1.3.9 PCV2与宿主免疫系统的相互作用 | 第42-47页 |
| 第2章 PEDV CHGDU株感染性克隆的构建 | 第47-82页 |
| 2.1 研究的目的及意义 | 第47页 |
| 2.2 材料与方法 | 第47-50页 |
| 2.2.1 病料 | 第47页 |
| 2.2.2 细胞与菌株 | 第47-48页 |
| 2.2.3 载体与质粒 | 第48页 |
| 2.2.4 工具酶及主要试剂 | 第48-49页 |
| 2.2.5 重要仪器和设备 | 第49页 |
| 2.2.6 培养基配制 | 第49页 |
| 2.2.7 感受态细胞制备 | 第49-50页 |
| 2.2.8 分子生物学分析软件 | 第50页 |
| 2.3 试验方法 | 第50-57页 |
| 2.3.1 病料采集与处理 | 第50页 |
| 2.3.2 病毒的分离 | 第50页 |
| 2.3.3 PEDV的增殖 | 第50-51页 |
| 2.3.4 TCID_(50)的测定 | 第51页 |
| 2.3.5 病毒RNA提取 | 第51页 |
| 2.3.6 引物的设计与合成 | 第51-52页 |
| 2.3.7 反转录合成cDNA | 第52页 |
| 2.3.8 质粒转染实验 | 第52-53页 |
| 2.3.9 间接免疫荧光(IFA) | 第53页 |
| 2.3.10 RNA定向重组 | 第53-54页 |
| 2.3.1 1病毒空斑纯化 | 第54-55页 |
| 2.3.12 病毒生长曲线的绘制 | 第55页 |
| 2.3.13 重组病毒对胰蛋白酶依赖性测定 | 第55-56页 |
| 2.3.14 MLV系统构建稳定细胞系Vero-hTMPRSS2-HA筛选 | 第56-57页 |
| 2.3.15 hTMPRSS2在重组病毒感染过程中的作用 | 第57页 |
| 2.4 实验结果与分析 | 第57-76页 |
| 2.4.1 猪流行性腹泻病毒流行病学调查 | 第57页 |
| 2.4.2 病毒的分离 | 第57-58页 |
| 2.4.3 PEDV CHGDU株病毒毒价的测定 | 第58-59页 |
| 2.4.4 病毒的RT-PCR检测 | 第59页 |
| 2.4.5 间接免疫荧光实验(IFA) | 第59-60页 |
| 2.4.6 病毒的S基因全长序列测定及分析 | 第60-67页 |
| 2.4.7 病毒的S基因全长克隆及IFA验证 | 第67-69页 |
| 2.4.8 穿梭质粒pPEDV-CHGDU-S-Flag-dORF3/GFP的构建 | 第69-70页 |
| 2.4.9 重组病毒rPEDV-DR13-S~(CHGDU)-Flag-dORF3/GFP的拯救 | 第70-71页 |
| 2.4.10 重组病毒rPEDV-DR13-S~(CHGDU)-Flag-dORF3/GFP生长曲线的绘制 | 第71-72页 |
| 2.4.11 rPEDV-DR13-S~(CHGDU)-Flag-dORF3/GFP对胰蛋白酶依赖性测定 | 第72-73页 |
| 2.4.12 稳定表达蛋白酶hTMPRSS2的Vero-CCL81细胞系的构建 | 第73-75页 |
| 2.4.13 蛋白酶TMPRSS2在PEDV感染中的作用测定 | 第75-76页 |
| 2.5 讨论 | 第76-80页 |
| 2.5.1 PEDV流行病学调查及CHGDU毒株的分离鉴定 | 第76-77页 |
| 2.5.2 PEDV CHGDU株S基因全长测序及序列分析 | 第77-79页 |
| 2.5.3 重组病毒rPEDV-DR13-S~(CHGDU)-Flag-dORF3/GFP的拯救 | 第79-80页 |
| 2.6 小结 | 第80-82页 |
| 第3章 猪圆环病毒2型感染猪肺泡巨噬细胞转录组学研究 | 第82-120页 |
| 3.1 研究目的及意义 | 第82页 |
| 3.2 材料与方法 | 第82-91页 |
| 3.2.1 毒株及细胞 | 第82页 |
| 3.2.2 培养基与相关试剂的配制 | 第82-83页 |
| 3.2.3 主要试剂 | 第83页 |
| 3.2.4 主要仪器 | 第83页 |
| 3.2.5 试验动物 | 第83-84页 |
| 3.2.6 肺泡巨噬细胞的分离鉴定 | 第84页 |
| 3.2.7 PCV2感染实验设计 | 第84-86页 |
| 3.2.8 肺泡巨噬细胞总RNA的提取 | 第86页 |
| 3.2.9 样品RNA荧光标记 | 第86-87页 |
| 3.2.10 芯片的杂交与清洗 | 第87页 |
| 3.2.11 基因芯片扫描 | 第87页 |
| 3.2.12 基因芯片图像的采集与数据分析 | 第87-88页 |
| 3.2.13 芯片结果实时荧光定量PCR分析 | 第88-90页 |
| 3.2.14 细胞因子检测 | 第90页 |
| 3.2.15 差异表达基因的互作分析 | 第90页 |
| 3.2.16 统计学分析 | 第90-91页 |
| 3.3 实验结果与分析 | 第91-113页 |
| 3.3.1 感染前仔猪的检测 | 第91页 |
| 3.3.2 PCV2感染后和qPCR和IFA检测结果 | 第91页 |
| 3.3.3 样品RNA质量检测 | 第91-92页 |
| 3.3.4 芯片杂交结果及差异表达基因GO聚类分析 | 第92-103页 |
| 3.3.5 差异基因互作网络分析 | 第103-111页 |
| 3.3.6 芯片结果qPCR验证 | 第111-113页 |
| 3.3.7 PCV2感染后细胞上清中细胞因子检测 | 第113页 |
| 3.4 讨论 | 第113-118页 |
| 3.4.1 CD74在PCV2感染中的作用 | 第114-115页 |
| 3.4.2 Toll样受体通路分析 | 第115页 |
| 3.4.3 MHCII类分子与PCV2感染 | 第115-116页 |
| 3.4.4 细胞凋亡和生长抑制 | 第116-117页 |
| 3.4.5 钙结合蛋白在PCV2感染中的作用 | 第117页 |
| 3.4.6 炎症反应 | 第117-118页 |
| 3.5 小结 | 第118-120页 |
| 第4章 结论 | 第120-121页 |
| 参考文献 | 第121-145页 |
| 附录 | 第145-165页 |
| 附录1 CHGDU毒株S基因核苷酸序列 | 第145-146页 |
| 附录2 CHGDU毒株S蛋白氨基酸序列 | 第146-147页 |
| 附录3 rPEDV-DR13-SCHGDU-Flag-dORF3/GFP S基因的氨基酸序列 | 第147页 |
| 附表1 PCV2感染后猪肺泡巨噬细胞差异表达的可注释的基因 | 第147-162页 |
| 附表2 差异表达基因生物学进程(GO)分析 | 第162-165页 |
| 个人资料 | 第165-168页 |
| 致谢 | 第168-169页 |
