| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-27页 |
| 1.1 引言 | 第12页 |
| 1.2 土壤生态系统的污染现状 | 第12-13页 |
| 1.3 微生物生物地理分布 | 第13-18页 |
| 1.3.1 微生物生物地理学研究意义及存在问题 | 第14页 |
| 1.3.2 微生物的空间分布 | 第14-15页 |
| 1.3.3 微生物生物地理分布机制 | 第15-18页 |
| 1.3.4 生态位理论和中性理论 | 第18页 |
| 1.4 微生物群落演替 | 第18-22页 |
| 1.4.1 微生物演替分类 | 第19-20页 |
| 1.4.2 微生物演替机制 | 第20-21页 |
| 1.4.3 微生物演替模型 | 第21-22页 |
| 1.4.4 微生物演替研究进展 | 第22页 |
| 1.5 条件稀有类群（CONDITIONAL RARE TAXA；CRT） | 第22-24页 |
| 1.5.1 稀有类群和微生物群落动态变化 | 第22-23页 |
| 1.5.2 丰度-占有率关系 | 第23-24页 |
| 1.5.3 条件稀有类群的研究挑战 | 第24页 |
| 1.6 本研究立题依据和研究意义 | 第24-27页 |
| 第二章 石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究 | 第27-44页 |
| 2.1 引言 | 第27页 |
| 2.2 实验方法 | 第27-30页 |
| 2.2.1 污染土壤采集 | 第27-28页 |
| 2.2.2 16S rRNA基因的高通量测序 | 第28-29页 |
| 2.2.3 数据分析 | 第29-30页 |
| 2.3 结果与分析 | 第30-40页 |
| 2.3.1 污染土壤理化性质 | 第30页 |
| 2.3.2 微生物群落组成 | 第30-31页 |
| 2.3.3 微生物群落与环境因子 | 第31-35页 |
| 2.3.4 微生物群落的空间分布 | 第35-37页 |
| 2.3.5 微生物群落的差异分解分析 | 第37页 |
| 2.3.6 共发生网络分析 | 第37-40页 |
| 2.4 讨论 | 第40-43页 |
| 2.4.1 环境因子对微生物群落结构的影响 | 第40-41页 |
| 2.4.2 空间距离对微生物群落构建的影响 | 第41-42页 |
| 2.4.3 石油污染土壤微生物的共发生模式 | 第42-43页 |
| 2.5 小结 | 第43-44页 |
| 第三章 稀有和丰富微生物的生物地理分布和生态地位 | 第44-59页 |
| 3.1 引言 | 第44页 |
| 3.2 数据分析 | 第44-45页 |
| 3.3 结果与分析 | 第45-56页 |
| 3.3.1 丰富、稀有、核心微生物的一般分布模式 | 第45-48页 |
| 3.3.2 丰富和稀有类群的分类和功能分布 | 第48-49页 |
| 3.3.3 不同微生物子群落 β-多样性模式和驱动因子 | 第49-52页 |
| 3.3.4 不同微生物子群落共发生模式 | 第52-56页 |
| 3.4 讨论 | 第56-58页 |
| 3.4.1 稀有和丰富微生物的不同分布模式 | 第56-57页 |
| 3.4.2 丰富和稀有微生物的生物地理分布模式和不同的驱动因子 | 第57-58页 |
| 3.4.3 稀有微生物的非核心生态地位 | 第58页 |
| 3.5 小结 | 第58-59页 |
| 第四章 石油烃降解微生物菌群的驯化富集及群落演替研究 | 第59-75页 |
| 4.1 引言 | 第59页 |
| 4.2 实验方法 | 第59-61页 |
| 4.2.1 样品采集 | 第59页 |
| 4.2.2 富集培养 | 第59-60页 |
| 4.2.3 有机污染物降解率的测定 | 第60页 |
| 4.2.4 16S rRNA基因的高通量测序 | 第60页 |
| 4.2.5 数据分析 | 第60-61页 |
| 4.3 结果与分析 | 第61-72页 |
| 4.3.1 不同菌群污染物的降解 | 第61-62页 |
| 4.3.2 不同降解菌群的群落结构 | 第62-68页 |
| 4.3.3 微生物群落的演替 | 第68-71页 |
| 4.3.4 不同菌群的共发生网络分析 | 第71-72页 |
| 4.4 讨论 | 第72-74页 |
| 4.5 小结 | 第74-75页 |
| 第五章 微生物群落响应不同污染物的时间动态模式 | 第75-84页 |
| 5.1 引言 | 第75页 |
| 5.2 实验方法 | 第75-76页 |
| 5.2.1 样品采集 | 第75页 |
| 5.2.2 数据分析 | 第75-76页 |
| 5.3 结果与分析 | 第76-82页 |
| 5.3.1 富集菌群的细菌组成 | 第76页 |
| 5.3.2 污染相关的微生物模式 | 第76-78页 |
| 5.3.3 微生物群落时间动态模式 | 第78-80页 |
| 5.3.4 物种-时间关系（STR）和时间?衰减关系（TDR） | 第80页 |
| 5.3.5 条件稀有类群（CRT） | 第80-82页 |
| 5.4 讨论 | 第82-83页 |
| 5.5 小结 | 第83-84页 |
| 第六章 结论与创新点 | 第84-86页 |
| 6.1 结论 | 第84-85页 |
| 6.2 创新点 | 第85-86页 |
| 参考文献 | 第86-104页 |
| 附录 | 第104-105页 |
| 致谢 | 第105-106页 |
| 作者简介 | 第106-107页 |
