| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 1 绪论 | 第10-20页 |
| 1.1 转录组和RNA-Seq技术的研究进展 | 第10-14页 |
| 1.1.1 转录组与转录组学 | 第10-12页 |
| 1.1.2 RNA-Seq技术 | 第12-14页 |
| 1.2 番茄的研究现状 | 第14-15页 |
| 1.3 本文研究的目的及意义 | 第15-18页 |
| 1.3.1 差异表达基因 | 第16页 |
| 1.3.2 长非编码RNA | 第16-18页 |
| 1.4 论文主要研究工作和结构安排 | 第18-20页 |
| 2 番茄转录组数据的处理与分析 | 第20-26页 |
| 2.1 引言 | 第20页 |
| 2.2 数据收集 | 第20页 |
| 2.3 RNA-Seq数据的质量控制 | 第20-21页 |
| 2.4 转录本的比对与组装 | 第21-23页 |
| 2.4.1 Tophat | 第21-22页 |
| 2.4.2 Cufflinks | 第22页 |
| 2.4.3 数据分析流程 | 第22-23页 |
| 2.5 结果分析 | 第23-25页 |
| 2.5.1 质量检测结果分析 | 第23-24页 |
| 2.5.2 转录本组装结果分析 | 第24-25页 |
| 2.6 本章小结 | 第25-26页 |
| 3 差异表达基因的预测及分析 | 第26-38页 |
| 3.1 差异表达基因分析的意义 | 第26页 |
| 3.2 分析方法 | 第26-27页 |
| 3.2.1 基因表达量分析 | 第26页 |
| 3.2.2 差异表达分析 | 第26-27页 |
| 3.2.3 差异表达基因的功能富集分析 | 第27页 |
| 3.2.4 差异表达基因的生物学通路分析 | 第27页 |
| 3.3 结果分析 | 第27-35页 |
| 3.3.1 基因表达量中转录本的结果分析 | 第27-28页 |
| 3.3.2 差异表达基因分析 | 第28-31页 |
| 3.3.3 GO富集分析 | 第31-33页 |
| 3.3.4 Pathway富集分析 | 第33-35页 |
| 3.4 不同组织中差异表达基因的功能注释 | 第35-37页 |
| 3.4.1 花组织中差异表达基因的分析 | 第35-36页 |
| 3.4.2 果实组织中差异表达基因的分析 | 第36页 |
| 3.4.3 营养组织中差异表达基因的分析 | 第36-37页 |
| 3.4.4 根组织中差异表达基因的分析 | 第37页 |
| 3.5 本章小结 | 第37-38页 |
| 4 长非编码RNA和新转录本的预测及分析 | 第38-48页 |
| 4.1 长非编码RNA分析的意义 | 第38页 |
| 4.2 长非编码RNA的预测方法 | 第38-39页 |
| 4.2.1 长度筛选 | 第38页 |
| 4.2.2 ORF筛选 | 第38-39页 |
| 4.2.3 CPC预测 | 第39页 |
| 4.3 长非编码RNA的分析方法 | 第39-41页 |
| 4.3.1 长非编码RNA表达量的分析 | 第39-40页 |
| 4.3.2 长非编码RNA差异表达的分析 | 第40页 |
| 4.3.3 长非编码RNA功能的分析 | 第40-41页 |
| 4.3.4 与长非编码RNA共表达的mRNA功能的分析 | 第41页 |
| 4.4 新转录本的预测 | 第41页 |
| 4.5 结果分析 | 第41-46页 |
| 4.5.1 差异表达长非编码RNA的分析 | 第41-42页 |
| 4.5.2 差异表达长非编码RNA与mRNA的比较分析 | 第42-43页 |
| 4.5.3 差异表达长非编码RNA与mRNA共表达网络的构建及分析 | 第43-45页 |
| 4.5.4 新转录本的结果分析 | 第45-46页 |
| 4.6 本章小结 | 第46-48页 |
| 5 总结与展望 | 第48-50页 |
| 参考文献 | 第50-57页 |
| 攻读学位期间的研究成果 | 第57-58页 |
| 致谢 | 第58页 |
