首页--医药、卫生论文--肿瘤学论文--泌尿生殖器肿瘤论文--女性生殖器肿瘤论文--子宫肿瘤论文

面向宫颈癌HPV分型中序列结构分析方法研究与突变分析

摘要第4-6页
Abstract第6-7页
1 绪论第11-18页
    1.1 研究背景及意义第11-12页
    1.2 国内外研究概括第12-13页
    1.3 人乳头瘤病毒(HPV)与宫颈癌基础第13-16页
        1.3.1 人乳头瘤病毒结构、分型和功能概述第13-15页
        1.3.2 人乳头瘤病毒相关疾病概述第15-16页
        1.3.3 人乳头瘤病毒与宫颈癌关系概述第16页
    1.4 论文研究内容与结构安排第16-18页
2 基于马尔科夫随机场的蛋白质结构相似性比较第18-29页
    2.1 引言第18页
    2.2 材料与方法第18-24页
        2.2.1 数据集的构建第18-19页
        2.2.2 距离矩阵第19-20页
        2.2.3 改进的接触图第20-21页
        2.2.4 马尔科夫随机场第21-23页
        2.2.5 蛋白结构相似性方法第23-24页
    2.3 结果分析与讨论第24-28页
        2.3.1 原子的影响第26页
        2.3.2 阈值个数对接触图的影响第26-28页
        2.3.3 马尔科夫随机场邻域系统分析第28页
    2.4 本章小结第28-29页
3 基于氨基酸特性的宫颈癌HPV分类预测第29-43页
    3.1 引言第29页
    3.2 数据集和基本材料第29-31页
        3.2.1 数据集构建第29-30页
        3.2.2 氨基酸约化方法第30-31页
    3.3 蛋白质序列信息提取方法第31-34页
        3.3.1 伪氨基酸组分(PRseAAC)第31页
        3.3.2 相关系数(Correlation)第31-32页
        3.3.3 顺序特征(Order)第32-33页
        3.3.4 位置特征(Position)第33页
        3.3.5 字频率(Kmer)第33页
        3.3.6 组分、转录和分布(RTCD)第33-34页
    3.4 SVM分类预测及评价指标第34-36页
        3.4.1 支持向量机第34-35页
        3.4.2 结果评价方法和指标第35-36页
    3.5 结果与讨论第36-41页
        3.5.1 本文方法的结果第36-38页
        3.5.2 氨基酸物化性质比较分析第38-39页
        3.5.3 6大特征信息提取方法比较分析第39-40页
        3.5.4 氨基酸约化个数比较分析第40-41页
    3.6 本章小结第41-43页
4 基于序列与结构特征的HPV突变分析第43-56页
    4.1 引言第43页
    4.2 材料与方法第43-45页
        4.2.1 HPV突变数据集第43-44页
        4.2.2 序列保守位点分析第44页
        4.2.3 蛋白质功能域分析第44-45页
        4.2.4 蛋白质空间结构域识别第45页
        4.2.5 蛋白选择性压力分析第45页
    4.3 结果与分析第45-53页
        4.3.1 突变位点含量分析第45-47页
        4.3.2 功能域与突变位点关联分析第47-48页
        4.3.3 结构域与突变位点功能分析第48-53页
    4.4 HPV突变与序列结构特征的可视化第53-54页
        4.4.1 数据来源第53页
        4.4.2 有关HPV突变、功能Web可视化构建第53-54页
    4.5 本章小结第54-56页
5 总结与展望第56-58页
参考文献第58-64页
攻读学位期间的研究成果第64-65页
致谢第65页

论文共65页,点击 下载论文
上一篇:基于RNA-Seq技术的栽培和野生番茄转录组分析
下一篇:基于血凝素蛋白序列的甲型流感病毒抗原性变异预测研究