面向宫颈癌HPV分型中序列结构分析方法研究与突变分析
| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 1 绪论 | 第11-18页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第11-12页 |
| 1.2 国内外研究概括 | 第12-13页 |
| 1.3 人乳头瘤病毒(HPV)与宫颈癌基础 | 第13-16页 |
| 1.3.1 人乳头瘤病毒结构、分型和功能概述 | 第13-15页 |
| 1.3.2 人乳头瘤病毒相关疾病概述 | 第15-16页 |
| 1.3.3 人乳头瘤病毒与宫颈癌关系概述 | 第16页 |
| 1.4 论文研究内容与结构安排 | 第16-18页 |
| 2 基于马尔科夫随机场的蛋白质结构相似性比较 | 第18-29页 |
| 2.1 引言 | 第18页 |
| 2.2 材料与方法 | 第18-24页 |
| 2.2.1 数据集的构建 | 第18-19页 |
| 2.2.2 距离矩阵 | 第19-20页 |
| 2.2.3 改进的接触图 | 第20-21页 |
| 2.2.4 马尔科夫随机场 | 第21-23页 |
| 2.2.5 蛋白结构相似性方法 | 第23-24页 |
| 2.3 结果分析与讨论 | 第24-28页 |
| 2.3.1 原子的影响 | 第26页 |
| 2.3.2 阈值个数对接触图的影响 | 第26-28页 |
| 2.3.3 马尔科夫随机场邻域系统分析 | 第28页 |
| 2.4 本章小结 | 第28-29页 |
| 3 基于氨基酸特性的宫颈癌HPV分类预测 | 第29-43页 |
| 3.1 引言 | 第29页 |
| 3.2 数据集和基本材料 | 第29-31页 |
| 3.2.1 数据集构建 | 第29-30页 |
| 3.2.2 氨基酸约化方法 | 第30-31页 |
| 3.3 蛋白质序列信息提取方法 | 第31-34页 |
| 3.3.1 伪氨基酸组分（PRseAAC） | 第31页 |
| 3.3.2 相关系数（Correlation） | 第31-32页 |
| 3.3.3 顺序特征（Order） | 第32-33页 |
| 3.3.4 位置特征（Position） | 第33页 |
| 3.3.5 字频率（Kmer） | 第33页 |
| 3.3.6 组分、转录和分布（RTCD） | 第33-34页 |
| 3.4 SVM分类预测及评价指标 | 第34-36页 |
| 3.4.1 支持向量机 | 第34-35页 |
| 3.4.2 结果评价方法和指标 | 第35-36页 |
| 3.5 结果与讨论 | 第36-41页 |
| 3.5.1 本文方法的结果 | 第36-38页 |
| 3.5.2 氨基酸物化性质比较分析 | 第38-39页 |
| 3.5.3 6大特征信息提取方法比较分析 | 第39-40页 |
| 3.5.4 氨基酸约化个数比较分析 | 第40-41页 |
| 3.6 本章小结 | 第41-43页 |
| 4 基于序列与结构特征的HPV突变分析 | 第43-56页 |
| 4.1 引言 | 第43页 |
| 4.2 材料与方法 | 第43-45页 |
| 4.2.1 HPV突变数据集 | 第43-44页 |
| 4.2.2 序列保守位点分析 | 第44页 |
| 4.2.3 蛋白质功能域分析 | 第44-45页 |
| 4.2.4 蛋白质空间结构域识别 | 第45页 |
| 4.2.5 蛋白选择性压力分析 | 第45页 |
| 4.3 结果与分析 | 第45-53页 |
| 4.3.1 突变位点含量分析 | 第45-47页 |
| 4.3.2 功能域与突变位点关联分析 | 第47-48页 |
| 4.3.3 结构域与突变位点功能分析 | 第48-53页 |
| 4.4 HPV突变与序列结构特征的可视化 | 第53-54页 |
| 4.4.1 数据来源 | 第53页 |
| 4.4.2 有关HPV突变、功能Web可视化构建 | 第53-54页 |
| 4.5 本章小结 | 第54-56页 |
| 5 总结与展望 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-64页 |
| 攻读学位期间的研究成果 | 第64-65页 |
| 致谢 | 第65页 |
