| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-18页 |
| ·生物信息学简介 | 第13-14页 |
| ·转录组学研究 | 第14-15页 |
| ·基因和异构体的差异检测 | 第15-16页 |
| ·本文主要研究内容和思路 | 第16-17页 |
| ·本文的组织结构 | 第17-18页 |
| 第二章 背景介绍 | 第18-31页 |
| ·生物背景知识 | 第18-21页 |
| ·遗传信息传递过程 | 第18-19页 |
| ·基因选择性表达 | 第19-20页 |
| ·选择性剪切机制 | 第20-21页 |
| ·RNA-Seq技术简介 | 第21-24页 |
| ·测序技术的发展 | 第21-22页 |
| ·RNA-Seq实验的流程 | 第22-23页 |
| ·RNA-Seq原始读段数据 | 第23-24页 |
| ·RNA-Seq数据的处理与分析 | 第24-27页 |
| ·序列比对 | 第26-27页 |
| ·表达水平估计 | 第27页 |
| ·数学知识背景介绍 | 第27-31页 |
| ·负二项分布模型 | 第27-28页 |
| ·假设检验 | 第28-29页 |
| ·最大似然估计方法 | 第29页 |
| ·贝叶斯定理 | 第29-31页 |
| 第三章 利用RNA-Seq技术进行差异检测 | 第31-38页 |
| ·差异检测存在的困难 | 第31-33页 |
| ·剪切异构体多源映射 | 第31-32页 |
| ·读段的非均匀分布 | 第32-33页 |
| ·差异检测方法概述 | 第33-34页 |
| ·已有方法介绍 | 第34-38页 |
| ·edgeR方法 | 第34-35页 |
| ·DESeq方法 | 第35-36页 |
| ·baySeq方法 | 第36页 |
| ·t-test方法 | 第36-38页 |
| 第四章 PG_exact test与PG_bayes差异检测方法 | 第38-49页 |
| ·PGseq模型介绍 | 第38-40页 |
| ·模型设计 | 第38-39页 |
| ·表达水平估计 | 第39-40页 |
| ·差异检测方法数据处理过程 | 第40-42页 |
| ·PG_exact test差异检测方法 | 第42-44页 |
| ·方法背景 | 第42页 |
| ·PG_exact test方法设计 | 第42-44页 |
| ·PG_bayes差异检测方法 | 第44-47页 |
| ·方法背景 | 第44-46页 |
| ·PG_bayes方法设计 | 第46-47页 |
| ·衡量差异检测方法性能的标准 | 第47-49页 |
| 第五章 实验结果分析 | 第49-63页 |
| ·数据集描述 | 第49-52页 |
| ·MAQC数据集 | 第49页 |
| ·SEQC数据集 | 第49-50页 |
| ·人类结肠癌数据集 | 第50-51页 |
| ·人类乳腺癌数据集 | 第51页 |
| ·小鼠数据集 | 第51-52页 |
| ·验证PGseq模型的可信性 | 第52-54页 |
| ·基因的差异表达分析 | 第54-59页 |
| ·灵敏度的验证 | 第55页 |
| ·准确度的验证 | 第55-57页 |
| ·低表达基因的差异表达分析 | 第57-59页 |
| ·异构体的差异表达分析 | 第59-61页 |
| ·灵敏度的验证 | 第59-60页 |
| ·准确度的验证 | 第60-61页 |
| ·实验结果总结 | 第61-63页 |
| 第六章 结束语 | 第63-65页 |
| ·工作总结 | 第63-64页 |
| ·研究展望 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-70页 |
| 致谢 | 第70-71页 |
| 在学期间的研究成果及发表的学术论文 | 第71页 |