基于平滑LDA的RNA-Seq数据分析研究
| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-11页 |
| 注释表 | 第11-12页 |
| 缩略词 | 第12-13页 |
| 第一章 前言 | 第13-18页 |
| ·生物信息学 | 第13-14页 |
| ·转录组学研究 | 第14-15页 |
| ·基于RNA-Seq技术的转录组学研究 | 第15-16页 |
| ·本文主要研究内容 | 第16-17页 |
| ·本文组织结构 | 第17-18页 |
| 第二章 背景介绍 | 第18-34页 |
| ·生物背景介绍 | 第18-21页 |
| ·遗传信息传递 | 第18-19页 |
| ·选择性剪接机制 | 第19-21页 |
| ·RNA-Seq技术 | 第21-26页 |
| ·DNA测序技术的发展 | 第21-22页 |
| ·第一代DNA测序技术 | 第21页 |
| ·第二代DNA测序技术 | 第21-22页 |
| ·第三代DNA测序技术 | 第22页 |
| ·RNA-Seq测序技术测序流程 | 第22-23页 |
| ·RNA-Seq读段数据 | 第23-25页 |
| ·RNA-Seq读段数据处理流程 | 第25-26页 |
| ·统计学和机器学习基础知识 | 第26-33页 |
| ·数学期望 | 第26-27页 |
| ·Jensen不等式 | 第27页 |
| ·多项式分布 | 第27-28页 |
| ·狄利克雷分布 | 第28页 |
| ·KL散度 | 第28页 |
| ·变分推理 | 第28-30页 |
| ·EM算法 | 第30-31页 |
| ·贝叶斯网络模型 | 第31-33页 |
| ·生成模型 | 第33页 |
| ·本章小结 | 第33-34页 |
| 第三章 基于RNA-Seq的表达水平估计 | 第34-42页 |
| ·当前研究难点 | 第34-36页 |
| ·表达水平估计存在的困难 | 第34-36页 |
| ·读段的多源映射 | 第34-35页 |
| ·读段分布的非均匀性 | 第35-36页 |
| ·其他因素影响 | 第36页 |
| ·已有方法介绍 | 第36-41页 |
| ·FPKM | 第36-37页 |
| ·Cufflinks | 第37-38页 |
| ·RSEM | 第38-39页 |
| ·MMSeq | 第39-40页 |
| ·LDASeq | 第40-41页 |
| ·本章小结 | 第41-42页 |
| 第四章 sLDASeq模型 | 第42-67页 |
| ·s LDASeq模型思想 | 第42-43页 |
| ·平滑LDA模型 | 第43-47页 |
| ·s LDASeq模型设计 | 第47-50页 |
| ·s LDASeq模型图 | 第47-48页 |
| ·生成读段数据流程 | 第48页 |
| ·外显子数目归一化 | 第48-49页 |
| ·跨外显子读段处理 | 第49-50页 |
| ·模型求解 | 第50-51页 |
| ·变分EM算法求解模型 | 第50-51页 |
| ·基因和异构体表达水平估计 | 第51页 |
| ·s LDASeq模型实现过程 | 第51-53页 |
| ·数据预处理 | 第52-53页 |
| ·模型优化过程 | 第53页 |
| ·实验结果分析 | 第53-66页 |
| ·数据集 | 第53-58页 |
| ·MAQC数据集 | 第53-54页 |
| ·HBC数据集 | 第54-55页 |
| ·SELC数据集 | 第55-56页 |
| ·SEQC数据集 | 第56-57页 |
| ·模拟数据集 | 第57-58页 |
| ·基因表达水平验证结果及分析 | 第58-62页 |
| ·MAQC数据集 | 第58-59页 |
| ·SELC数据集 | 第59-60页 |
| ·SEQC数据集 | 第60-62页 |
| ·异构体水平上验证及分析 | 第62-64页 |
| ·HBC数据集 | 第62-63页 |
| ·SEQC数据集 | 第63-64页 |
| ·模拟数据实验结果及分析 | 第64-66页 |
| ·基因表达水平 | 第64-65页 |
| ·异构体表达水平 | 第65-66页 |
| ·本章小结 | 第66-67页 |
| 第五章 差异异构体比例检测 | 第67-74页 |
| ·差异表达分析 | 第67页 |
| ·差异异构体比例研究动机 | 第67-68页 |
| ·差异异构体比例方法设计 | 第68-69页 |
| ·实验结果及分析 | 第69-73页 |
| ·实验数据集 | 第70页 |
| ·差异异构体比例检测结果与分析 | 第70-73页 |
| ·本章小结 | 第73-74页 |
| 第六章 总结与展望 | 第74-76页 |
| ·总结 | 第74-75页 |
| ·展望 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-83页 |
| 致谢 | 第83-84页 |
| 在学期间的研究成果及发表的学术论文 | 第84页 |
