| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 英文缩写符号及中英文对照表 | 第11-13页 |
| 第一章 链霉菌基因组学和生物合成基因簇研究进展 | 第13-49页 |
| ·链霉菌基因组学研究 | 第14-25页 |
| ·天蓝色链霉菌Streptomyces coelicolor A3(2)的基因组研究 | 第14-21页 |
| ·阿维链霉菌Streptomyces avermitilis的基因组研究 | 第21-25页 |
| ·链霉菌次级代谢生物合成基因簇研究 | 第25-33页 |
| ·Ⅰ型聚酮合酶(Ⅰ型PKS)途径 | 第26页 |
| ·Ⅱ型聚酮合酶(Ⅱ型PKS)途径 | 第26-27页 |
| ·Ⅲ型聚酮合酶(Ⅲ型PKS)途径 | 第27-28页 |
| ·聚醚类抗生素合成途径 | 第28-30页 |
| ·非核糖体聚肽合酶(NRPS)途径 | 第30-31页 |
| ·抗生素的组合生物合成 | 第31-33页 |
| ·海洋放线菌及其次级代谢产物 | 第33-40页 |
| ·专性海洋放线菌Salinispora tropica基因组学研究 | 第40-43页 |
| ·手霉素类天然化合物研究进展 | 第43-48页 |
| ·本论文研究内容及意义 | 第48-49页 |
| 第二章 海洋链霉菌Streptomyces griseoaurantiacus M045基因组结构研究 | 第49-85页 |
| ·材料和方法 | 第50-52页 |
| ·海洋链霉菌M045培养和基因组DNA提取 | 第50-51页 |
| ·全基因组shotgun测序和序列拼接 | 第51页 |
| ·基因预测和功能注释 | 第51-52页 |
| ·预测蛋白的亚细胞定位 | 第52页 |
| ·利用KEGG注释代谢通路 | 第52页 |
| ·预测基因组岛 | 第52页 |
| ·多序列比对和系统发育分析 | 第52页 |
| ·结果和讨论 | 第52-84页 |
| ·链霉菌M045大片段基因组DNA的提取 | 第52-53页 |
| ·链霉菌M045全基因组测序结果 | 第53-55页 |
| ·蛋白功能的分类 | 第55-57页 |
| ·预测蛋白的亚细胞定位 | 第57-59页 |
| ·链霉菌M045的分泌系统 | 第59-67页 |
| ·链霉菌M045的气囊合成蛋白 | 第67-71页 |
| ·链霉菌M045的初级代谢过程 | 第71-76页 |
| ·链霉菌M045的次级代谢过程 | 第76-82页 |
| ·链霉菌M045的基因组岛分析 | 第82-84页 |
| ·小结 | 第84-85页 |
| 第三章 手霉素A和中尼霉素生物合成基因簇解析 | 第85-117页 |
| ·实验材料和方法 | 第86-92页 |
| ·链霉菌M045基因组fosmid文库的构建 | 第86-89页 |
| ·链霉菌M045基因组fosmid文库的筛选 | 第89-91页 |
| ·基因簇功能基因注释 | 第91-92页 |
| ·结果和讨论 | 第92-114页 |
| ·链霉菌M045基因组fosmid文库 | 第92-95页 |
| ·5-氨基乙酰丙酸合成酶基因的克隆和文库筛选 | 第95-98页 |
| ·基因簇相关功能基因的注释 | 第98-103页 |
| ·手霉素A生物合成基因簇解析 | 第103-110页 |
| ·中尼霉素A生物合成基因簇解析 | 第110-114页 |
| ·小结 | 第114-117页 |
| 第四章 手霉素A和中尼霉素生物合成基因簇的关键基因功能验证 | 第117-139页 |
| ·实验材料和方法 | 第119-127页 |
| ·功能基因的克隆 | 第119-120页 |
| ·基因敲除载体构建 | 第120-122页 |
| ·大肠杆菌—链霉菌间的接合转移 | 第122-123页 |
| ·接合转化子的分子检测 | 第123-126页 |
| ·转化子的代谢产物分析 | 第126-127页 |
| ·结果和讨论 | 第127-136页 |
| ·ChiD2和ChiA1功能基因的克隆 | 第127-129页 |
| ·基因敲除载体的构建 | 第129页 |
| ·大肠杆菌—链霉菌间的接合转移 | 第129-130页 |
| ·链霉菌M045转化子的分子检测 | 第130-132页 |
| ·链霉菌M045及转化子代谢产物的化学分析 | 第132-136页 |
| ·小结 | 第136-139页 |
| 工作展望 | 第139-141页 |
| 主要结论和创新点 | 第141-143页 |
| 参考文献 | 第143-161页 |
| 攻读博士期间完成论文和专利情况 | 第161-163页 |
| 附录 | 第163-177页 |
| 致谢 | 第177-178页 |
