| 创新性声明 | 第1页 |
| 关于论文使用授权的说明 | 第2-3页 |
| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-8页 |
| 第一章绪论 | 第8-14页 |
| ·序列比对的背景及意义 | 第8-9页 |
| ·序列比对的研究现状 | 第9-11页 |
| ·论文的主要工作及安排 | 第11-14页 |
| 第二章序列比对基础 | 第14-26页 |
| ·基本概念 | 第14-15页 |
| ·空位罚分 | 第15-16页 |
| ·相似性替换矩阵（substitution matrix） | 第16-20页 |
| ·核酸替换矩阵 | 第17页 |
| ·蛋白质替换矩阵 | 第17-20页 |
| ·目标函数 | 第20-23页 |
| ·SP目标函数 | 第21-22页 |
| ·COFFEE目标函数 | 第22-23页 |
| ·多序列比对结果的评判标准 | 第23-26页 |
| ·BAliBASE测试集 | 第23页 |
| ·评价比对结果 | 第23-26页 |
| 第三章序列比对算法介绍 | 第26-40页 |
| ·双序列比对问题 | 第26-27页 |
| ·双序列比对算法 | 第27-31页 |
| ·动态规划算法 | 第27-28页 |
| ·Needleman-Wunsch 算法 | 第28-30页 |
| ·Smith-Waterman 算法 | 第30-31页 |
| ·多序列比对问题 | 第31-32页 |
| ·多序列比对算法 | 第32-40页 |
| ·SAGA算法 | 第32-35页 |
| ·Clustal算法 | 第35-38页 |
| ·多序列比对算法简单比较 | 第38-40页 |
| 第四章自适应遗传算法求解多序列比对问题 | 第40-52页 |
| ·遗传算法的基本原理 | 第40-42页 |
| ·求解多序列比对问题的遗传算子的设计 | 第42-45页 |
| ·遗传算法的改进 | 第45页 |
| ·算法的描述 | 第45-48页 |
| ·编码及目标函数的选择 | 第45-46页 |
| ·算法过程描述 | 第46-48页 |
| ·实验结果及分析 | 第48-52页 |
| 第五章量子进化算法求解多序列比对问题 | 第52-70页 |
| ·量子计算简介 | 第52-53页 |
| ·量子计算基础理论 | 第53-55页 |
| ·基本量子进化算法描述 | 第55-59页 |
| ·问题的表示 | 第55-56页 |
| ·基本量子进化算法 | 第56-59页 |
| ·基于量子进化算法的多序列比对方法 | 第59-63页 |
| ·算法要解决的问题 | 第59-60页 |
| ·算法实现 | 第60-63页 |
| ·补充说明 | 第63页 |
| ·算法的改进：两阶段量子进化算法 | 第63-65页 |
| ·实验结果及分析 | 第65-70页 |
| 结束语 | 第70-72页 |
| 附录 | 第72-78页 |
| 致谢 | 第78-80页 |
| 参考文献 | 第80-84页 |
| 在校期间科研成果 | 第84页 |