| 中文摘要 | 第3-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 符号说明 | 第13-14页 |
| 第一章 导论 | 第14-21页 |
| 1 上海白猪(上系)概况 | 第14-16页 |
| 1.1 形成历史 | 第14页 |
| 1.2 上海白猪(上系)的特性 | 第14-15页 |
| 1.3 上海白猪(上系)研究现状 | 第15-16页 |
| 2 基于遗传变异的种质特性研究 | 第16-19页 |
| 2.1 遗传变异常用检测技术 | 第16-17页 |
| 2.2 遗传变异高通量检测技术 | 第17-18页 |
| 2.3 遗传变异功能注释分析 | 第18-19页 |
| 2.4 DNA分子标记在杂种优势研究中的应用 | 第19页 |
| 3 本研究的目的和内容 | 第19-21页 |
| 3.1 研究目的和意义 | 第19-20页 |
| 3.2 研究主要内容 | 第20-21页 |
| 第二章 上海白猪(上系)基因组遗传变异检测与分析 | 第21-46页 |
| 1 材料与方法 | 第21-28页 |
| 1.1 试验动物及样品处理 | 第21页 |
| 1.2 主要试验试剂及配制 | 第21-22页 |
| 1.2.1 主要试剂 | 第21-22页 |
| 1.2.2 主要试剂配制 | 第22页 |
| 1.3 主要实验仪器及设备 | 第22-23页 |
| 1.4 简化基因组测序文库的构建 | 第23-25页 |
| 1.4.1 高质量DNA的提取 | 第23-24页 |
| 1.4.2 DNA质量检测 | 第24页 |
| 1.4.3 DNA片段化 | 第24页 |
| 1.4.4 片段化的DNA与Adapter-Barcode的连接 | 第24页 |
| 1.4.5 DNA混池 | 第24页 |
| 1.4.6 PCR反应 | 第24-25页 |
| 1.4.7 测序文库的回收与检测 | 第25页 |
| 1.5 简化基因组测序 | 第25页 |
| 1.6 数据处理 | 第25-26页 |
| 1.6.1 数据的质量控制 | 第25-26页 |
| 1.6.2 Reads定位 | 第26页 |
| 1.7 变异注释 | 第26-27页 |
| 1.7.1 基因功能区间分布 | 第26页 |
| 1.7.2 基因功能富集分析 | 第26-27页 |
| 1.7.3 与QTL的映射分析 | 第27页 |
| 1.8 数字保种库建设 | 第27-28页 |
| 2 结果与讨论 | 第28-46页 |
| 2.1 上海白猪(上系)碱基测序文库的构建 | 第28-31页 |
| 2.1.1 高质量基因组DNA的检测 | 第28页 |
| 2.1.2 基因组DNA的片段化 | 第28-29页 |
| 2.1.3 Adapter-Barcode的连接 | 第29页 |
| 2.1.4 DNA文库质量 | 第29-31页 |
| 2.2 上海白猪(上系)碱基测序质量、覆盖度和深度 | 第31-34页 |
| 2.2.1 碱基测序质量 | 第31-32页 |
| 2.2.2 reads数量分布 | 第32-33页 |
| 2.2.3 测序覆盖度和深度 | 第33-34页 |
| 2.3 上海白猪(上系)遗传变异的检测及在染色体上的分布 | 第34-35页 |
| 2.4 上海白猪(上系)基因功能区间分布 | 第35-36页 |
| 2.5 上海白猪(上系)遗传变异代谢通路及生物学过程富集分析 | 第36-38页 |
| 2.6 上海白猪(上系)遗传变异信息QTL映射分析 | 第38-40页 |
| 2.7 上海白猪(上系)群体分子系谱结构 | 第40-42页 |
| 2.8 数字保种库建设 | 第42-46页 |
| 第三章 上海白猪(上系)及其他猪品种遗传多样性和群体结构比较分析 | 第46-56页 |
| 1 材料与方法 | 第46-50页 |
| 1.1 数据来源 | 第46-48页 |
| 1.2 群体间遗传分化分析 | 第48页 |
| 1.3 群体结构分析 | 第48页 |
| 1.4 群体内分子系谱构建与聚类分析 | 第48-49页 |
| 1.5 遗传内多样性分析 | 第49页 |
| 1.6 群体有效含量与连锁不平衡分析 | 第49-50页 |
| 2 结果与讨论 | 第50-56页 |
| 2.1 上海白猪(上系)及其他猪品种群体间遗传分化 | 第50-51页 |
| 2.2 上海白猪(上系)及其他猪品种群体聚类分析 | 第51-53页 |
| 2.3 上海白猪(上系)及其他猪品种群体内遗传多样性 | 第53-54页 |
| 2.4 连锁不平衡及群体有效含量 | 第54-56页 |
| 第四章 上海白猪(上系)的性能测定与杂交利用模式预测 | 第56-70页 |
| 1 材料与方法 | 第56-58页 |
| 1.1 繁殖性能数据整理 | 第56-57页 |
| 1.2 育肥实验 | 第57页 |
| 1.3 屠宰测定 | 第57页 |
| 1.4 杂交利用 | 第57-58页 |
| 1.4.1 杂交优势预测SNP标记数据 | 第57页 |
| 1.4.2 性状特异多态位点筛选分析 | 第57页 |
| 1.4.3 群体间性状特异Kinship构建 | 第57-58页 |
| 1.4.4 长白猪与上海白猪(上系)杂交试验 | 第58页 |
| 2 结果与讨论 | 第58-70页 |
| 2.1 上海白猪(上系)繁殖性能测定结果 | 第58-59页 |
| 2.2 上海白猪(上系)育肥性能测定结果 | 第59-60页 |
| 2.3 上海白猪(上系)屠宰性能和肉品质测定结果 | 第60-61页 |
| 2.4 上海白猪(上系)杂交利用 | 第61-70页 |
| 2.4.1 杂交组合的初步筛选 | 第61-62页 |
| 2.4.2 不同组合的杂种优势 | 第62-70页 |
| 全文结论 | 第70-71页 |
| 主要创新点 | 第71页 |
| 进一步研究设想 | 第71-72页 |
| 参考文献 | 第72-79页 |
| 附录 | 第79-80页 |
| 致谢 | 第80-81页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第81-82页 |
