基于COⅠ基因序列和GBS技术的大蠊属4个物种的分子鉴定及系统发育关系初探
| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 第一章 研究背景 | 第8-18页 |
| 1 蜚蠊 | 第8-13页 |
| 2 大蠊属分类及分子系统发育研究进展 | 第13-14页 |
| 3 简化基因组技术 | 第14-17页 |
| 4 本研究目的及意义 | 第17-18页 |
| 第二章 材料与方法 | 第18-25页 |
| 1 实验材料 | 第18-20页 |
| 1.1 样品来源及外群选择 | 第18-20页 |
| 1.2 主要实验仪器及试剂 | 第20页 |
| 2 实验操作及方法 | 第20-22页 |
| 2.1 DNA提取 | 第20页 |
| 2.2 PCR扩增 | 第20-22页 |
| 2.2.1 PCR扩增引物设计 | 第20-21页 |
| 2.2.2 PCR引物稀释与保存 | 第21页 |
| 2.2.3 扩增反应 | 第21-22页 |
| 2.2.4 PCR产物检测及序列测定 | 第22页 |
| 2.2.4.1 琼脂糖凝胶制备 | 第22页 |
| 2.2.4.2 凝胶电泳检测及序列测定 | 第22页 |
| 3 数据处理与分析 | 第22-25页 |
| 3.1 COⅠ基因数据处理与分析 | 第22-23页 |
| 3.2 GBS测序数据处理与分析 | 第23-25页 |
| 第三章 实验结果与分析 | 第25-48页 |
| 1 COⅠ基因实验结果与分析 | 第25-34页 |
| 1.1 COⅠ基因PCR扩增电泳图 | 第25页 |
| 1.2 COⅠ基因序列分析 | 第25-26页 |
| 1.3 单倍型及遗传多样性分析 | 第26-29页 |
| 1.4 序列碱基替换分析 | 第29-30页 |
| 1.5 大蠊属物种的遗传距离分析 | 第30页 |
| 1.6 大蠊属物种系统发育及单倍型网络图分析 | 第30-34页 |
| 2 GBS技术实验结果与分析 | 第34-48页 |
| 2.1 简化基因组测序样本选择 | 第34-35页 |
| 2.2 数据质量控制 | 第35页 |
| 2.3 SNP分析 | 第35-37页 |
| 2.4 群体遗传多样性分析 | 第37-39页 |
| 2.5 系统发育分析 | 第39-41页 |
| 2.5.1 系统发育树 | 第39-40页 |
| 2.5.2 主成分分析 | 第40-41页 |
| 2.5.3 群体遗传结构分析 | 第41页 |
| 2.6 SSR分析 | 第41-48页 |
| 2.6.1 SSR搜索 | 第41-46页 |
| 2.6.2 SSR聚类及多态性评估 | 第46-47页 |
| 2.6.3 SSR引物设计 | 第47-48页 |
| 第四章 讨论 | 第48-53页 |
| 1 4个大蠊属物种的分子鉴定 | 第48-50页 |
| 2 4个大蠊属物种系统发育关系初探 | 第50-53页 |
| 第五章 结论与展望 | 第53-54页 |
| 1 结论 | 第53页 |
| 2 展望 | 第53-54页 |
| 附录 | 第54-71页 |
| 蜚蠊组织基因组总DNA提取方法 | 第54-56页 |
| 表1 4个大蠊属物种四碱基重复类型 | 第56-57页 |
| 表2 4个大蠊属物种五碱基重复类型 | 第57-60页 |
| 表3 4个大蠊属物种六碱基重复类型 | 第60-63页 |
| 表4 4个大蠊属物种两两鉴定具体位点及引物序列 | 第63-71页 |
| 参考文献 | 第71-79页 |
| 攻读硕士学位期间发表或完成的论文 | 第79-80页 |
| 致谢 | 第80页 |
