| 摘要 | 第3-6页 |
| ABSTRACT | 第6-9页 |
| 符号说明 | 第12-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-32页 |
| 1 肠道微生物研究进展与概况 | 第14-25页 |
| 1.1 肠道微生物的作用 | 第14-17页 |
| 1.2 分子生物学技术在肠道微生物群落结构分析中的应用 | 第17-23页 |
| 1.3 哺乳动物不同发育时期肠道微生物组成变化情况 | 第23-25页 |
| 2 免疫应答与调控 | 第25-28页 |
| 2.1 免疫应答概述 | 第25-26页 |
| 2.2 肠道微生物对免疫应答的调控 | 第26-28页 |
| 3 RNA-seq测序 | 第28-30页 |
| 3.1 长链非编码RNA测序(long noncoding RNAs,lncRNAs) | 第29页 |
| 3.2 转录组测序 | 第29-30页 |
| 3.3 WGCNA共表达调控网络 | 第30页 |
| 4 本研究的目的和意义 | 第30-32页 |
| 第二章 梅山猪不同发育时期肠道微生物变化分析 | 第32-59页 |
| 1 材料与方法 | 第32-38页 |
| 1.1 试验动物 | 第32-33页 |
| 1.2 肠道微生物16S rDNA测序 | 第33-38页 |
| 2 结果与分析 | 第38-56页 |
| 2.1 16S rDNA测序和OTU分析 | 第38-44页 |
| 2.2 肠道微生物在不同肠段中的分布 | 第44-47页 |
| 2.3 肠道微生物在6个肠段8个时间点的动态规律分析 | 第47-48页 |
| 2.4 在早期生长阶段大肠和小肠中优势菌的时间变化规律 | 第48-51页 |
| 2.5 日粮相关菌在早期生长发育阶段不同肠道中的变化 | 第51-55页 |
| 2.6 免疫相关菌在早期生长发育阶段不同肠段中的变化 | 第55-56页 |
| 3 讨论 | 第56-59页 |
| 第三章 梅山猪不同发育时期免疫调控的遗传基础和分子机制 | 第59-102页 |
| 第一节 梅山猪不同发育时期脾脏组织长链非编码RNA测序 | 第59-86页 |
| 1 材料与方法 | 第59-68页 |
| 1.1 试验动物 | 第60页 |
| 1.2 文库建立 | 第60页 |
| 1.3 测序数据分析 | 第60-68页 |
| 2 结果与分析 | 第68-85页 |
| 2.1 lncRNA测序数据质量评估 | 第68-75页 |
| 2.2 长链非编码RNA过滤与筛选 | 第75-79页 |
| 2.3 转录本(lncRNA和mRNA)表达量分析 | 第79-81页 |
| 2.4 加权基因共表达网络WGCNA分析 | 第81-85页 |
| 3 讨论 | 第85-86页 |
| 第二节 梅山猪不同发育时期免疫相关基因表达规律分析 | 第86-94页 |
| 1 材料与方法 | 第86-88页 |
| 1.1 试验材料 | 第86页 |
| 1.2 试验仪器和试剂 | 第86-87页 |
| 1.3 引物设计 | 第87页 |
| 1.4 提取各组织总RNA | 第87-88页 |
| 1.5 实时荧光定量PCR | 第88页 |
| 1.6 数据处理与分析 | 第88页 |
| 2 结果与分析 | 第88-92页 |
| 2.1 总RNA的纯度与完整性 | 第88页 |
| 2.2 荧光定量PCR的扩增曲线与熔解曲线 | 第88-89页 |
| 2.3 TLR4、TNF-α、 IL-1β和IFN-α基因在猪免疫和肠道组织中的发育表达模式分析 | 第89-91页 |
| 2.4 TLR4基因及其下游基因在猪免疫和肠道组织中的相关性分析 | 第91-92页 |
| 3 讨论 | 第92-94页 |
| 第三节 梅山猪不同发育时期脾脏组织TNF-α基因甲基化分析 | 第94-102页 |
| 1 材料与方法 | 第95-96页 |
| 1.1 试验动物 | 第95页 |
| 1.2 猪TNF-α基因CpG区生物信息学分析 | 第95页 |
| 1.3 猪TNF-α基因启动子区双荧光素酶活性检测 | 第95-96页 |
| 1.4 焦磷酸甲基化检测 | 第96页 |
| 1.5 数据统计 | 第96页 |
| 2 结果与分析 | 第96-100页 |
| 2.1 猪TNF-α基因启动子区CpG区域甲基化水平检测 | 第96-97页 |
| 2.2 猪TNF-α基因不同日龄脾脏组织甲基化水平与mRNA表达相关性分析 | 第97-99页 |
| 2.3 重要转录因子筛选与确定 | 第99-100页 |
| 3 讨论 | 第100-102页 |
| 全文结论 | 第102-103页 |
| 文章创新点 | 第103-104页 |
| 文章不足之处及下一步应该开展的工作 | 第104-105页 |
| 参考文献 | 第105-120页 |
| 致谢 | 第120-122页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第122-124页 |
