| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 第1章 文献综述 | 第11-32页 |
| 1.1 叶绿体基因组概述 | 第11-16页 |
| 1.1.1 叶绿体的起源 | 第11-12页 |
| 1.1.2 叶绿体基因组的基本结构 | 第12-13页 |
| 1.1.3 叶绿体基因组的进化 | 第13-16页 |
| 1.2 叶绿体基因组在分子生物学中的应用 | 第16-19页 |
| 1.2.1 叶绿体基因组在系统进化方面的研究 | 第16-17页 |
| 1.2.2 叶绿体基因组在物种鉴定方面的研究 | 第17-18页 |
| 1.2.3 叶绿体基因组在物种亲缘关系及多样性方面的应用 | 第18-19页 |
| 1.2.4 叶绿体基因组在基因工程中的应用 | 第19页 |
| 1.3 ndh基因及其研究进展 | 第19-22页 |
| 1.3.1 ndh基因参与环式电子传递链途径 | 第19-20页 |
| 1.3.2 ndh基因与pgr5基因 | 第20-22页 |
| 1.4 兰科概况 | 第22-27页 |
| 1.4.1 兰科简介 | 第22-23页 |
| 1.4.2 兰科植物分子生物学研究进展 | 第23-26页 |
| 1.4.3 药用兰科植物资源研究概况 | 第26-27页 |
| 1.5 兰科石斛属植物的鉴定及光合特性研究现状 | 第27-30页 |
| 1.5.1 石斛属简介及研究进展 | 第27-28页 |
| 1.5.2 石斛属植物的鉴定研究 | 第28-29页 |
| 1.5.3 石斛属植物光合特性研究 | 第29-30页 |
| 1.6 本研究的目的和意义 | 第30-32页 |
| 第2章 基于比较叶绿体基因组学的兰科植物系统发育研究及对高变区域筛选的启示 | 第32-44页 |
| 2.1 引言 | 第32-33页 |
| 2.2 材料和方法 | 第33-35页 |
| 2.2.1 植物材料 | 第33页 |
| 2.2.2 DNA提取与检测 | 第33页 |
| 2.2.3 叶绿体基因组测序、拼接及注释 | 第33页 |
| 2.2.4 共有非编码区序列的获取及SSR分析 | 第33-34页 |
| 2.2.5 序列变异度计算 | 第34页 |
| 2.2.6 系统发生树的构建 | 第34-35页 |
| 2.3 结果与分析 | 第35-40页 |
| 2.3.1 IR的急剧扩张和收缩 | 第35页 |
| 2.3.2 ndh基因的随机性丢失 | 第35-36页 |
| 2.3.3 兰科植物不同属间的高变区域研究 | 第36-38页 |
| 2.3.4 兰科5亚科间的系统发育关系 | 第38-40页 |
| 2.4 讨论 | 第40-43页 |
| 2.4.1 IR的扩张/收缩与ndh基因丢失相关 | 第40页 |
| 2.4.2 兰科叶绿体基因组高变区域的多样化 | 第40-41页 |
| 2.4.3 兰科各亚科间系统关系 | 第41-43页 |
| 2.5 结论 | 第43-44页 |
| 第3章: 基于拟兰亚科植物的比较叶绿体基因组学研究 | 第44-64页 |
| 3.1 引言 | 第44页 |
| 3.2 材料和方法 | 第44-45页 |
| 3.2.1 植物材料 | 第44页 |
| 3.2.2 DNA提取与检测 | 第44页 |
| 3.2.3 叶绿体基因组测序、拼接及注释 | 第44-45页 |
| 3.2.4 重复序列及SSR分析 | 第45页 |
| 3.2.5 序列变异度计算 | 第45页 |
| 3.2.6 同义突变和异义突变的计算与选择压力分析 | 第45页 |
| 3.2.7 统计分析 | 第45页 |
| 3.3 结果与分析 | 第45-60页 |
| 3.3.1 基因组结构信息 | 第45-48页 |
| 3.3.2 重复序列和SSR分析 | 第48-52页 |
| 3.3.3 植物叶绿体基因组序列变异度分析 | 第52-57页 |
| 3.3.4 兰科植物中同义突变与异义突变计算 | 第57页 |
| 3.3.5 IR/SSC边界处在光合兰科植物中的变化 | 第57-60页 |
| 3.4 讨论 | 第60-63页 |
| 3.4.1 拟兰亚科叶绿体基因组的进化 | 第60-61页 |
| 3.4.2 兰科植物全叶绿体基因组水平的不规则进化 | 第61-62页 |
| 3.4.3 光合兰科植物叶绿体基因组中3种IR/SSC边界类型的进化机制 | 第62-63页 |
| 3.5 结论 | 第63-64页 |
| 第4章 石斛属植物的比较叶绿体基因组学研究及其对重要药用石斛鉴定的研究启发 | 第64-89页 |
| 4.1 引言 | 第64-65页 |
| 4.2 材料和方法 | 第65-66页 |
| 4.2.1 植物材料 | 第65页 |
| 4.2.2 DNA提取与检测 | 第65页 |
| 4.2.3 叶绿体基因组测序、拼接及注释 | 第65页 |
| 4.2.4 InDel的统计 | 第65页 |
| 4.2.5 序列变异度计算 | 第65页 |
| 4.2.6 SSR统计 | 第65-66页 |
| 4.2.7 系统发生树的构建 | 第66页 |
| 4.2.8 数据统计 | 第66页 |
| 4.3 结果与分析 | 第66-81页 |
| 4.3.1 基因组结构特征 | 第66-70页 |
| 4.3.2 InDel与叶绿体基因组长度变化的关系 | 第70-74页 |
| 4.3.3 石斛属植物叶绿体基因组高变区筛选 | 第74-75页 |
| 4.3.4 石斛属植物叶绿体基因组多态性SSR | 第75页 |
| 4.3.5 石斛属植物高变序列组合方式的筛选 | 第75-81页 |
| 4.3.6 药用石斛植物叶绿体基因组的比对分析 | 第81页 |
| 4.4 讨论 | 第81-88页 |
| 4.4.1 石斛属植物叶绿体基因组突变热点区域筛选 | 第81-85页 |
| 4.4.2 石斛属植物叶绿体基因组变化与InDel的关系 | 第85-86页 |
| 4.4.3 适用于石斛属植物研究的高变片段及其组合 | 第86-87页 |
| 4.4.4 比较叶绿体基因组学研究对药用石斛鉴定的启示 | 第87-88页 |
| 4.5 结论 | 第88-89页 |
| 第5章 倾向性突变及GC倾向性突变回复对石斛植物叶绿体基因组GC含量的影响 | 第89-107页 |
| 5.1 引言 | 第89-90页 |
| 5.2 材料和方法 | 第90-92页 |
| 5.2.1 植物材料 | 第90页 |
| 5.2.2 DNA提取与检测 | 第90页 |
| 5.2.3 叶绿体基因组拼接、注释与比较分析 | 第90页 |
| 5.2.4 系统发育树及祖先序列的构建 | 第90-91页 |
| 5.2.5 碱基变换的统计 | 第91页 |
| 5.2.6 GC_(eq)的计算 | 第91页 |
| 5.2.7 蛋白编码基因的选择压力及突变分析 | 第91页 |
| 5.2.8 进化速率分析 | 第91页 |
| 5.2.9 统计学分析 | 第91-92页 |
| 5.3 结果与分析 | 第92-104页 |
| 5.3.1 不同组装方式下的叶绿体基因组拼接 | 第92页 |
| 5.3.2 石斛属植物叶绿体基因组结构特征分析 | 第92-95页 |
| 5.3.3 石斛属植物叶绿体基因组非编码区突变倾向分析 | 第95-98页 |
| 5.3.4 石斛属植物叶绿体基因组蛋白编码区突变倾向分析 | 第98-102页 |
| 5.3.5 突变倾向对石解属植物叶绿体基因组GC含量影响的分析 | 第102页 |
| 5.3.6 gBGC对石斛属植物叶绿体基因组GC含量影响的分析 | 第102-104页 |
| 5.4 讨论 | 第104-106页 |
| 5.4.1 可用于代表石斛属植物进行分析的高质量叶绿体基因组 | 第104-105页 |
| 5.4.2 突变倾向和gBGC对石斛属植物叶绿体基因组GC含量变化的影响 | 第105-106页 |
| 5.5 结论 | 第106-107页 |
| 第6章 铁皮石斛逆境条件下的光合作用变化及其内在基因表达差异研究 | 第107-121页 |
| 6.1 引言 | 第107页 |
| 6.2 材料和方法 | 第107-110页 |
| 6.2.1 植物材料及实验处理 | 第107页 |
| 6.2.2 光合作用相关指标测定 | 第107-109页 |
| 6.2.3 抗氧化酶系统相关指标测定 | 第109页 |
| 6.2.4 统计学分析 | 第109页 |
| 6.2.5 RNA提取,cDNA合成 | 第109页 |
| 6.2.6 转录组测序及分析 | 第109页 |
| 6.2.7 荧光定量PCR验证 | 第109-110页 |
| 6.3 结果与分析 | 第110-119页 |
| 6.3.1 铁皮石斛抗氧化酶系统对逆境胁迫的响应 | 第110-111页 |
| 6.3.2 铁皮石斛逆境胁迫下光合作用相关指标的变化 | 第111-112页 |
| 6.3.3 铁皮石斛逆境胁迫下基因的差异表达 | 第112-114页 |
| 6.3.4 逆境胁迫下铁皮石斛脯氨酸合成相关基因的表达 | 第114-115页 |
| 6.3.5 逆境胁迫下铁皮石斛光合作用相关基因的表达 | 第115-116页 |
| 6.3.6 逆境胁迫下铁皮石斛转录因子的表达 | 第116页 |
| 6.3.7 差异基因的荧光定量验证 | 第116-119页 |
| 6.4 讨论 | 第119-120页 |
| 6.4.1 铁皮石斛抗氧化酶系统逆境胁迫的响应 | 第119页 |
| 6.4.2 铁皮石斛逆境胁迫对光合电子传递链的影响 | 第119-120页 |
| 6.5 结论 | 第120-121页 |
| 第7章 结论及展望 | 第121-123页 |
| 7.1 结论 | 第121-122页 |
| 7.2 展望 | 第122-123页 |
| 参考文献 | 第123-145页 |
| 附录 | 第145-166页 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 | 第166-168页 |
| 致谢 | 第168页 |
