| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第10-24页 |
| 1.1 荧光假单胞菌概述 | 第10页 |
| 1.2 噬菌体 | 第10-12页 |
| 1.2.1 噬菌体的发现 | 第10页 |
| 1.2.2 噬菌体的分类 | 第10-11页 |
| 1.2.3 低温噬菌体 | 第11-12页 |
| 1.3 荧光假单胞菌噬菌体基因组研究现状 | 第12-13页 |
| 1.4 噬菌体的holin-endolysin裂解系统 | 第13-15页 |
| 1.5 噬菌体与细菌的攻防机制 | 第15-19页 |
| 1.5.1 适应新的受体 | 第15-16页 |
| 1.5.2 挖掘受体 | 第16页 |
| 1.5.3 随机识别变量宿主受体 | 第16页 |
| 1.5.4 对抗限制-修饰系统 | 第16-18页 |
| 1.5.5 逃避CRISPR-Cas系统 | 第18-19页 |
| 1.5.6 逃避流产感染机制 | 第19页 |
| 1.6 共进化 | 第19-22页 |
| 1.6.1 共进化的定义及现状 | 第19-21页 |
| 1.6.2 噬菌体与细菌的共进化研究 | 第21页 |
| 1.6.3 噬菌体与细菌的共进化模型及动力学模式 | 第21-22页 |
| 1.7 研究意义 | 第22-24页 |
| 第二章 宿主及其低温噬菌体基因组初步解析 | 第24-36页 |
| 2.1 材料 | 第24-25页 |
| 2.1.1 实验菌种及噬菌体 | 第24页 |
| 2.1.2 荧光假单胞菌W-6 及其低温长尾噬菌体VW-6S全基因组测序 | 第24-25页 |
| 2.2 方法 | 第25页 |
| 2.2.1 宿主菌W-6 基因组解析 | 第25页 |
| 2.2.1.1 CRISPR系统中spacer序列分析 | 第25页 |
| 2.2.1.2 spacer序列与噬菌体VW-6S多序列比对 | 第25页 |
| 2.2.2 噬菌体VW-6S基因组图谱 | 第25页 |
| 2.2.3 噬菌体部分重要功能蛋白同源比对、系统发育分析及同源建模 | 第25页 |
| 2.3 结果与分析 | 第25-34页 |
| 2.3.1 宿主菌W-6 的基因组解析 | 第25-27页 |
| 2.3.1.1 CRISPR系统中spacer序列 | 第25-26页 |
| 2.3.1.2 与VW-6S基因组的同源性 | 第26-27页 |
| 2.3.2 噬菌体VW-6S基因组图谱 | 第27-28页 |
| 2.3.3 噬菌体VW-6S基因组部分基因编码蛋白系统发育分析 | 第28-34页 |
| 2.3.3.1 噬菌体VW-6S裂解系统分析 | 第28-30页 |
| 2.3.3.2 噬菌体VW-6S整合酶 | 第30-31页 |
| 2.3.2.3 噬菌体VW-6S尾部相关蛋白 | 第31-34页 |
| 2.4 讨论 | 第34-36页 |
| 第三章 共进化研究 | 第36-60页 |
| 3.1 材料 | 第37页 |
| 3.1.1 实验菌种及噬菌体 | 第37页 |
| 3.1.2 培养基 | 第37页 |
| 3.2.方法 | 第37-39页 |
| 3.2.1 荧光假单胞菌W-6 代时的测定 | 第37-38页 |
| 3.2.2 传代周期时长的确定 | 第38-39页 |
| 3.2.2.1 噬菌体的富集 | 第38页 |
| 3.2.2.2 检测传代周期过程中宿主菌和噬菌体的浓度 | 第38页 |
| 3.2.2.3 培养过程中宿主菌和噬菌体的保藏 | 第38-39页 |
| 3.2.3 共进化过程 | 第39页 |
| 3.2.4 点板法检测各时期菌种侵染力/抵抗力的变化（定性实验） | 第39页 |
| 3.2.5 双层平板法检测各时期侵染力/抵抗力的变化 （定量实验） | 第39页 |
| 3.3 结果与分析 | 第39-58页 |
| 3.3.1 生长曲线 | 第39-41页 |
| 3.3.2 传代周期时长及转接次数 | 第41-42页 |
| 3.3.2.1 混合培养 48 h过程中OD600变化 | 第41-42页 |
| 3.3.2.2 第一次转接后 48 h内OD600变化 | 第42页 |
| 3.3.3 点板结果 | 第42-44页 |
| 3.3.4 各时期噬菌体侵染力/宿主菌抵抗力变化 | 第44-56页 |
| 3.3.4.1 各时期噬菌体侵染力变化 | 第44-51页 |
| 3.3.4.2 各时期宿主菌抵抗力变化 | 第51-56页 |
| 3.3.5 共进化模型及动力学 | 第56-58页 |
| 3.4 讨论 | 第58-60页 |
| 第四章 噬菌体尾丝和结构基因分析 | 第60-82页 |
| 4.1 材料 | 第61-62页 |
| 4.1.1 菌株与质粒 | 第61页 |
| 4.1.2 培养基 | 第61-62页 |
| 4.2 方法 | 第62-66页 |
| 4.2.1 特异性引物设计及合成 | 第62页 |
| 4.2.2 荧光假单胞菌低温长尾噬菌体VW-6S的基因组提取 | 第62-63页 |
| 4.2.3 PCR扩增体外基因 | 第63页 |
| 4.2.3.1 PCR扩增体系 | 第63页 |
| 4.2.3.2 PCR扩增参数设置 | 第63页 |
| 4.2.3.3 PCR产物检测 | 第63页 |
| 4.2.4 PCR产物胶回收 | 第63-64页 |
| 4.2.4.1 琼脂糖凝胶DNA回收 | 第64页 |
| 4.2.4.2 PCR产物等DNA纯化 | 第64页 |
| 4.2.5 目的基因的测序验证 | 第64-66页 |
| 4.2.5.1 大肠杆菌DH5α感受态细胞的制备 | 第64-65页 |
| 4.2.5.2 目的片段与克隆载体连接 | 第65页 |
| 4.2.5.3 连接产物的转化 | 第65页 |
| 4.2.5.4 阳性克隆验证 | 第65-66页 |
| 4.2.5.5 测序 | 第66页 |
| 4.2.6 相关蛋白的测序与分析 | 第66页 |
| 4.3 结果与分析 | 第66-79页 |
| 4.3.1 引物序列 | 第66-67页 |
| 4.3.2 目的基因扩增 | 第67-69页 |
| 4.3.3 菌落PCR检验 | 第69-70页 |
| 4.3.4 目的片段的测序分析 | 第70-79页 |
| 4.3.4.1 尾丝蛋白Gp28序列分析 | 第72-76页 |
| 4.3.4.2 共进化过程中尾丝蛋白Gp27、裂解蛋白Gp25和结构蛋白Gp45序列分析 | 第76-79页 |
| 4.4 讨论 | 第79-82页 |
| 第五章 总结与展望 | 第82-84页 |
| 致谢 | 第84-86页 |
| 参考文献 | 第86-100页 |
| 附录A 实验常用试剂及仪器 | 第100-102页 |
| 附录B 攻读硕士期间发表论文目录 | 第102-104页 |
