| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7页 |
| ABBREVIATION | 第13-14页 |
| DEDICATION | 第14-15页 |
| CHAPTER ONE INTRODUCTION | 第15-33页 |
| 1.1 The Cotton | 第15-21页 |
| 1.1.1 Cotton morphology | 第15-16页 |
| 1.1.2 Origin of cotton | 第16-17页 |
| 1.1.3 Countries with Highest Production of Cotton | 第17-19页 |
| 1.1.4 Agronomic properties for cotton production | 第19页 |
| 1.1.5 Growth and development of a cotton plant | 第19-20页 |
| 1.1.6 Uses of Cotton | 第20-21页 |
| 1.2 Wild cotton species | 第21-22页 |
| 1.2.1 Importance of wild cotton species in breeding | 第21-22页 |
| 1.2.2 The use of wild cotton species: G. davidsonii and G.klotzschianum | 第22页 |
| 1.3 Breeding and breeding strategies in cotton production | 第22-25页 |
| 1.3.1 Development of parental lines | 第22-24页 |
| 1.3.2 Genetic markers | 第24-25页 |
| 1.4 Genetic Mapping | 第25-29页 |
| 1.4.1 Significance of genetic mapping | 第25-26页 |
| 1.4.2 Importance of SSR markers in screening and genotyping of population | 第26-27页 |
| 1.4.3 Identification of polymorphism using SSR markers | 第27-28页 |
| 1.4.4 Advantages of the use of EST-SSR markers | 第28-29页 |
| 1.5 Distribution of genes on the D genome | 第29-31页 |
| 1.6 Significance of gene discovery and mining in cotton genomes | 第31-32页 |
| 1.7 Main objective of the research | 第32-33页 |
| 1.7.1 Specific objectives | 第32-33页 |
| CHAPTER TWO MATERIALS AND METHODS | 第33-37页 |
| 2.1 Plant materials | 第33页 |
| 2.2 DNA extraction, quantification and qualification | 第33-34页 |
| 2.3 Electrophoresis | 第34页 |
| 2.4 Screening SSR markers for polymorphism | 第34页 |
| 2.5 Genotyping using the SWU polymorphic primers | 第34-35页 |
| 2.6 Software's for construction of genetic map | 第35页 |
| 2.7 Collinearity Analysis | 第35-36页 |
| 2.8 Gene Mining,GO Functional Annotation,and Expression Analysis | 第36-37页 |
| CHAPTER THREE RESULTS | 第37-57页 |
| 3.1 Marker information | 第37页 |
| 3.2 General information about the genetic map | 第37-43页 |
| 3.3 Segregation distortion | 第43-46页 |
| 3.4 Collinearity analysis | 第46-48页 |
| 3.5 Collinearity Analysis of the Genetic Map and the Physical Map of the (Dt) Sub-Genome | 第48-49页 |
| 3.6 Gene Mining,GO Functional Annotation, and RNA sequence expressionanalysis | 第49-57页 |
| 3.6.1 Gene mining | 第49页 |
| 3.6.2 Physiochemical properties and gene structure analysis of the mined genes withinthe SSR regions | 第49-50页 |
| 3.6.4 Gene Ontology(GO)analysis | 第50-51页 |
| 3.6.5 RNA expression analysis | 第51-57页 |
| CHAPTER FOUR DISCUSSION | 第57-66页 |
| 4.1 Parental materials | 第57页 |
| 4.2 Polymorphism using EST-SSR markers | 第57-59页 |
| 4.3 The genetic map constructed from wild species of the D genome | 第59-60页 |
| 4.4 Segregation distortion in diploid cotton of D genome | 第60-61页 |
| 4.5 Collinearity in D Genome cotton | 第61-63页 |
| 4.6 Gene Mining,GO Annotation and Expression | 第63-66页 |
| 4.6.1 Gene Mining | 第63页 |
| 4.6.2 Physiological properties of mined genes | 第63-65页 |
| 4.6.3 GO Annotations | 第65-66页 |
| CONCLUSION | 第66-67页 |
| REFERENCES | 第67-81页 |
| ACKNOWLEDGEMENT | 第81-82页 |
| CURRICULUM VITAE | 第82-84页 |
