| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-16页 |
| 1.1 课题背景及研究的目的和意义 | 第8-11页 |
| 1.1.1 课题研究的背景 | 第8-10页 |
| 1.1.2 课题研究的目的和意义 | 第10-11页 |
| 1.2 国内外研究现状及分析 | 第11-15页 |
| 1.2.1 基因共表达网络构建方法国内外研究现状 | 第11-14页 |
| 1.2.2 基因共表达网络的分析和可视化现状 | 第14-15页 |
| 1.3 本文的主要研究内容 | 第15-16页 |
| 第2章 理论基础、CCA 算法 | 第16-36页 |
| 2.1 基本概念 | 第16-21页 |
| 2.1.1 转录和 RNA | 第16-17页 |
| 2.1.2 RNA-seq 及数据格式 | 第17-19页 |
| 2.1.3 生物通路 | 第19-20页 |
| 2.1.4 数据归一化 | 第20-21页 |
| 2.2 基因共表达网络的构建步骤 | 第21-24页 |
| 2.3 典型相关分析 CCA 构建基因共表达网络 | 第24-30页 |
| 2.3.1 CCA 算法简介 | 第24-25页 |
| 2.3.2 CCA 构建基因共表达网络 | 第25-27页 |
| 2.3.3 CCA 有效性的论证 | 第27-30页 |
| 2.4 CCA 具体实现及改进 | 第30-35页 |
| 2.4.1 CCA 算法的核心伪代码 | 第30-32页 |
| 2.4.2 构建网络中大任务的分解 | 第32-34页 |
| 2.4.3 pathway 的基因共表达网络 | 第34-35页 |
| 2.5 本章小结 | 第35-36页 |
| 第3章 数据预处理、CCA 算法改进与系统实现 | 第36-61页 |
| 3.1 RNA-SEQ、PATHWAY 的数据格式及预处理 | 第36-43页 |
| 3.1.1 RNA-seq、pathway 的数据格式 | 第36-38页 |
| 3.1.2 RNA-seq 数据预处理 | 第38-42页 |
| 3.1.3 假设检验筛选表达显著的基因 | 第42-43页 |
| 3.2 数据预处理的改进 | 第43-44页 |
| 3.3 CCA 构建共表达网络的系统流程图 | 第44-46页 |
| 3.4 CPCC 评估 PATHWAY 共表达网络 | 第46-51页 |
| 3.4.1 聚类效果评估算法 | 第46-47页 |
| 3.4.2 共性分类相关关系 CPCC | 第47-48页 |
| 3.4.3 pathway 的 CPCC 值 | 第48-49页 |
| 3.4.4 随机网络的 CPCC 值 | 第49-51页 |
| 3.4.5 得到变化显著的 pathway | 第51页 |
| 3.5 CCA 共表达网络在线展示系统设计 | 第51-60页 |
| 3.5.1 系统设计概述 | 第51-52页 |
| 3.5.2 功能设计 | 第52-53页 |
| 3.5.3 数据模型设计 | 第53-54页 |
| 3.5.4 系统界面设计 | 第54-55页 |
| 3.5.5 网络可视化 | 第55-57页 |
| 3.5.6 用户交互操作 | 第57-59页 |
| 3.5.7 数据下载 | 第59-60页 |
| 3.6 本章小结 | 第60-61页 |
| 第4章 系统评测及改进 | 第61-67页 |
| 4.1 CPCC 方法测评 | 第61-66页 |
| 4.1.1 生物依据 | 第61-62页 |
| 4.1.2 层次聚类 | 第62-64页 |
| 4.1.3 统计检验 | 第64-66页 |
| 4.2 网站兼容性测评 | 第66页 |
| 4.3 本章小结 | 第66-67页 |
| 结论 | 第67-68页 |
| 参考文献 | 第68-73页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第73-75页 |
| 致谢 | 第75-76页 |
