| 论文创新点 | 第5-7页 |
| 摘要 | 第7-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 第一部分：RNA结合蛋白PTB与miRNA反馈作用回路的信息学研究 | 第16-81页 |
| 第一章 研究背景 | 第16-44页 |
| 1 RNA组学概述 | 第16-18页 |
| 2 RNA结合蛋白调控的多元化 | 第18-22页 |
| 2.1 可变剪接 | 第20-22页 |
| 2.2 mRNA稳定性调控 | 第22页 |
| 3 miRNA调控的多样性 | 第22-32页 |
| 3.1 miRNA加工成熟过程的调控 | 第23-25页 |
| 3.2 miRNA-靶基因调控 | 第25-26页 |
| 3.3 miRNA-转录因子调控 | 第26-27页 |
| 3.4 miRNA与竞争性内源ceRNA的调控 | 第27-28页 |
| 3.5 miRNA介导的翻译抑制与降解 | 第28-31页 |
| 3.6 miRNA-剪接因子的相互调控 | 第31-32页 |
| 4 系统性研究RNA调控的组学方法 | 第32-42页 |
| 4.1 生物芯片(Microarray) | 第33页 |
| 4.2 高通量测序(High-throughput sequencing) | 第33-35页 |
| 4.3 紫外交联免疫沉淀(CLIP-seq) | 第35-39页 |
| 4.4 转录组测序(RNA-seq) | 第39-42页 |
| 4.5 生物信息学(Bioinformatics) | 第42页 |
| 5 课题内容及意义 | 第42-44页 |
| 第二章 材料与方法 | 第44-58页 |
| 1 数据来源 | 第44-46页 |
| 2 公用数据库和常用软件 | 第46-47页 |
| 3 数据分析 | 第47-58页 |
| 3.1 CLIP-seq分析流程 | 第47-51页 |
| 3.2 RNA-seq分析流程 | 第51-56页 |
| 3.3 miRNA靶基因分析流程 | 第56页 |
| 3.4 芯片分析流程 | 第56-58页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第58-78页 |
| 1 PTB全基因组范围内调节基因的稳定性 | 第58-59页 |
| 2 PTB敲出大规模影响非神经细胞内神经元相关基因的表达 | 第59-62页 |
| 3 PTB与AGO2的定位均富集在mRNA的3'UTR区 | 第62-66页 |
| 4 PTB在3'UTR区的结合簇与mRNA稳定性相关 | 第66-68页 |
| 5 整体上PTB可能不是通过poly(A)位点使用机制发挥作用 | 第68-70页 |
| 6 验证已报道PTB的可变剪接对神经细胞分化的影响 | 第70页 |
| 7 PTB竞争AGO2结合位点调控miRNA靶标的图谱 | 第70-77页 |
| 8 PTB参与miRNA和转录因子调控的反馈回路 | 第77-78页 |
| 第四章 研究工作总结与展望 | 第78-81页 |
| 第二部分：量化计算SR结合蛋白介导的转录暂停动态差异 | 第81-101页 |
| 第一章 研究背景 | 第81-93页 |
| 1 转录暂停与延伸中的RNA聚合酶概述 | 第81-83页 |
| 2 真核RNA聚合酶暂停广泛存在 | 第83-86页 |
| 3 SR蛋白的转录调控 | 第86-88页 |
| 4 转录调控相关的研究手段 | 第88-92页 |
| 4.1 染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq) | 第89-90页 |
| 4.2 新生RNA测序(NET-seq：nascent transcript sequencing) | 第90-91页 |
| 4.3 Gro-seq(Global Run-On Sequencing)测序 | 第91-92页 |
| 5 课题内容及意义 | 第92-93页 |
| 第二章 材料与方法 | 第93-95页 |
| 1 数据来源 | 第93-94页 |
| 2 常用软件 | 第94-95页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第95-101页 |
| 1 低等和高等生物Pol Ⅱ在启动子区Engaged程度不同 | 第95-97页 |
| 2 高等动物启动子Pol Ⅱ呈双向转录 | 第97-98页 |
| 3 SR蛋白影响PolⅡ启动子区域分布及内部延伸 | 第98-99页 |
| 4 HMM模型设计解析PolⅡ基因组暂停及延伸分布状态 | 第99-101页 |
| 第三部分：机器学习理论解析U2AF65调控可变剪接与基因表达的规律 | 第101-135页 |
| 第一章 研究背景 | 第101-116页 |
| 1 RNA结合蛋白对可变剪接的组合控制 | 第101-113页 |
| 1.1 可变剪接的生物学过程 | 第101-103页 |
| 1.2 顺式作用元件及反式作用因子 | 第103-106页 |
| 1.3 可变剪接的组合调控与位置效应 | 第106-111页 |
| 1.4 可变剪接的组织特异性 | 第111页 |
| 1.5 可变剪接与疾病相关性 | 第111-113页 |
| 2 U2AF~(65)在可变剪接调控中的多重机制 | 第113-115页 |
| 2.1 U2AF~(65)的功能特性 | 第113-114页 |
| 2.2 U2AF~(65)对可变剪接的调控 | 第114-115页 |
| 3 课题内容及意义 | 第115-116页 |
| 第二章 材料与方法 | 第116-125页 |
| 1 底层数据收集和整理 | 第116-119页 |
| 2 参数转化 | 第119-121页 |
| 3 多重调控基序预测 | 第121-122页 |
| 4 模型描述 | 第122-125页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第125-135页 |
| 1 全基因组范围定位U2AF~(65)与RNA的相互作用 | 第125-126页 |
| 2 结合峰特征鉴定U2AF~(65)footprint与基序motif | 第126-129页 |
| 3 RNA-seq数据评估U2AF~(65)调控的基因表达与剪接模式 | 第129-130页 |
| 4 U2AF~(65)蛋白结合位点到3’剪接位点距离的性质 | 第130-131页 |
| 5 U2AF~(65)在多种RNA结合蛋白合作调节基因剪接的预测 | 第131-135页 |
| 术语表 | 第135-136页 |
| 参考文献 | 第136-150页 |
| 攻博期间发表的科研成果目录 | 第150-152页 |
| 作者简历 | 第152-153页 |
| 致谢 | 第153页 |
