| 中文摘要 | 第6-10页 |
| 英文摘要 | 第10-14页 |
| 目录 | 第15-19页 |
| 缩略语及中英文对照表 | 第19-21页 |
| 第一章 绪论 | 第21-45页 |
| 1.1 肝脏再生研究进展 | 第21-29页 |
| 1.1.1 普罗米修斯的传说 | 第21-22页 |
| 1.1.2 肝脏再生 | 第22-23页 |
| 1.1.3 从分子生物学角度理解肝脏再生 | 第23-27页 |
| 1.1.4 肝脏再生机理认识 | 第27-29页 |
| 1.1.5 小结 | 第29页 |
| 1.2 蛋白质相互作用研究概述 | 第29-41页 |
| 1.2.1 酿酒酵母生活史 | 第30页 |
| 1.2.2 酵母双杂交系统的基本原理 | 第30-32页 |
| 1.2.3 酵母双杂交系统的改进 | 第32-34页 |
| 1.2.3.1 双(多)筛选法 | 第33页 |
| 1.2.3.2 非转录读出特点的酵母双杂交系统 | 第33页 |
| 1.2.3.3 哺乳动物细胞双杂交系统 | 第33页 |
| 1.2.3.4 单杂交系统 | 第33-34页 |
| 1.2.3.5 逆向酵母双杂交和分裂杂交系统 | 第34页 |
| 1.2.3.6 三杂交系统 | 第34页 |
| 1.2.4 酵母双杂交系统的优点 | 第34-35页 |
| 1.2.5 酵母双杂交系统的缺陷及相应对策 | 第35-38页 |
| 1.2.5.1 核内作用 | 第35-36页 |
| 1.2.5.2 假阳性 | 第36-37页 |
| 1.2.5.3 假阴性 | 第37页 |
| 1.2.5.4 转化率 | 第37-38页 |
| 1.2.6 酵母双杂交系统的应用 | 第38-41页 |
| 1.2.6.1 检测已知蛋白质之间的相互作用 | 第38页 |
| 1.2.6.2 确定蛋白质之间相互作用的重要活性位点 | 第38-39页 |
| 1.2.6.3 寻找与“诱饵”蛋白之间的相互作用的未知蛋白 | 第39页 |
| 1.2.6.4 寻找基因治疗中多肽类药物 | 第39-40页 |
| 1.2.6.5 寻找调控蛋白相互作用的化合物 | 第40页 |
| 1.2.6.6 蛋白质相互作用图谱的绘制 | 第40-41页 |
| 1.2.7 小结 | 第41页 |
| 1.3 大规模蛋白质相互作用研究的现状及局限性 | 第41-43页 |
| 1.4 本论文的研究目的、内容和意义 | 第43-45页 |
| 第二章 材料与方法 | 第45-75页 |
| 2.1 质粒、载体、菌株、细胞株和抗体 | 第45-46页 |
| 2.2 仪器设备 | 第46页 |
| 2.3 DNA 相关实验方法 | 第46-56页 |
| 2.3.1 聚合酶链式反应 | 第46-47页 |
| 2.3.2 琼脂糖电泳 | 第47-48页 |
| 2.3.3 酶切试验 | 第48-49页 |
| 2.3.4 载体、片段凝胶回收试剂盒回收 | 第49页 |
| 2.3.5 载体、片段的PCR 产物片段试剂盒回收 | 第49-50页 |
| 2.3.6 连接试验 | 第50页 |
| 2.3.7 质粒构建方法 | 第50-52页 |
| 2.3.8 转化试验 | 第52页 |
| 2.3.9 质粒抽提 | 第52-56页 |
| 2.3.9.1 质粒小量抽提操作过程 | 第52-53页 |
| 2.3.9.2 SDS-碱裂解法中量制备质粒DNA | 第53-56页 |
| 2.4 细菌试验方法 | 第56-57页 |
| 2.4.1 培养基配制 | 第56页 |
| 2.4.2 感受态大肠杆菌制备 | 第56-57页 |
| 2.4.3 菌种的保存方法 | 第57页 |
| 2.4.3.1 长时间保存 | 第57页 |
| 2.4.3.2 短时间保存 | 第57页 |
| 2.5 蛋白相关实验 | 第57-65页 |
| 2.5.1 蛋白表达方法 | 第57-58页 |
| 2.5.1.1 小量初试操作方法 | 第57-58页 |
| 2.5.1.2 中量诱导表达蛋白 | 第58页 |
| 2.5.2 蛋白检测-SDS-PAGE 电泳 | 第58-59页 |
| 2.5.3 Western Blot | 第59-61页 |
| 2.5.4 蛋白抽提及复性 | 第61页 |
| 2.5.5 蛋白纯化 | 第61-63页 |
| 2.5.5.1 6×His 亲和层析 | 第61-63页 |
| 2.5.5.2 GST 亲和层析 | 第63页 |
| 2.5.6 GST Pull-down assay | 第63-64页 |
| 2.5.7 免疫共沉淀(Co-IP assay) | 第64-65页 |
| 2.6 酵母试验方法 | 第65-71页 |
| 2.6.1 培养基配制 | 第65-66页 |
| 2.6.2 醋酸锂介导的酵母转化方法 | 第66-68页 |
| 2.6.3 酵母杂交 | 第68页 |
| 2.6.4 酵母表型筛选 | 第68-69页 |
| 2.6.5 β-半乳糖苷酶活性测定 | 第69-70页 |
| 2.6.6 酵母质粒提取 | 第70-71页 |
| 2.6.7 cDNA 文库的操作 | 第71页 |
| 2.6.8 筛cDNA 文库 | 第71页 |
| 2.7 细胞试验材料和方法 | 第71-75页 |
| 2.7.1 胎牛血清的处理 | 第71页 |
| 2.7.2 细胞DMEM/RPMI 1640 培养基配制 | 第71-72页 |
| 2.7.3 细胞复苏 | 第72页 |
| 2.7.4 细胞换液 | 第72页 |
| 2.7.5 细胞传代 | 第72页 |
| 2.7.6 细胞保种 | 第72-73页 |
| 2.7.7 细胞计数 | 第73页 |
| 2.7.8 细胞转染 | 第73-74页 |
| 2.7.9 细胞裂解方法（以100cm 培养皿为例） | 第74-75页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第75-131页 |
| 3.1 肝脏再生转录因子互作网络的绘制 | 第75-86页 |
| 3.1.1 前言 | 第75页 |
| 3.1.2 转录因子挑选结果 | 第75-77页 |
| 3.1.3 亚克隆 | 第77-78页 |
| 3.1.4 自激活的测试结果 | 第78页 |
| 3.1.5 杂交菌种的准备 | 第78-79页 |
| 3.1.6 矩阵杂交 | 第79-83页 |
| 3.1.7 小结 | 第83页 |
| 3.1.8 讨论 | 第83-86页 |
| 3.2 网络质量的验证 | 第86-108页 |
| 3.2.1 前言 | 第86-87页 |
| 3.2.2 文献查阅验证 | 第87-89页 |
| 3.2.3 Bait 和Prey 融合标签蛋白的原核表达 | 第89-94页 |
| 3.2.3.1 原核表达载体的构建 | 第89页 |
| 3.2.3.2 原核表达载体的构建 | 第89-91页 |
| 3.2.3.3 目的蛋白原核表达结果 | 第91-93页 |
| 3.2.3.4 GST Pull-down | 第93-94页 |
| 3.2.4 Bait 和Prey 融合标签蛋白的真核表达结果 | 第94-99页 |
| 3.2.4.1 真核表达载体的改造 | 第94-96页 |
| 3.2.4.2 真核表达载体的构建 | 第96-97页 |
| 3.2.4.3 目的蛋白真核表达结果 | 第97-98页 |
| 3.2.4.4 Co-IP 结果 | 第98-99页 |
| 3.2.5 β-半乳糖苷酶活性测定 | 第99-102页 |
| 3.2.5.1 方法学试验 | 第99-100页 |
| 3.2.5.2 阳性对照在不同菌株、不同转化条件下的活性 | 第100-101页 |
| 3.2.5.3 野生型GAL4 激活的β-半乳糖苷酶活性 | 第101页 |
| 3.2.5.4 本底活性测定结果 | 第101-102页 |
| 3.2.6 部分重要相互作用的β-半乳糖苷酶活性的测定 | 第102-105页 |
| 3.2.6.1 二倍体内的相互作用 | 第102-104页 |
| 3.2.6.2 Y187 菌株中的相互作用 | 第104-105页 |
| 3.2.7 互作网络的作图 | 第105-106页 |
| 3.2.8 小结 | 第106页 |
| 3.2.9 讨论 | 第106-108页 |
| 3.3 相互作用网络作用分析 | 第108-113页 |
| 3.3.1 前言 | 第108页 |
| 3.3.2 FHL2 /ATF3 互作的意义 | 第108-111页 |
| 3.3.3 FHL2 /STAT3 互作的意义 | 第111-112页 |
| 3.3.4 网络的整体作用分析 | 第112页 |
| 3.3.5 小结 | 第112-113页 |
| 3.3.6 讨论 | 第113页 |
| 3.4 肝脏再生调控转录因子互作网络的后期研究 | 第113-128页 |
| 3.4.1 前言 | 第113-114页 |
| 3.4.2 缺失突变体的Y2H 载体构建 | 第114-119页 |
| 3.4.2.1 ATF3 蛋白的分段引物设计 | 第114-115页 |
| 3.4.2.2 FHL2 蛋白分段引物设计 | 第115-117页 |
| 3.4.2.3 ZNF408 分段缺失突变体酵母双杂交载体构建 | 第117-119页 |
| 3.4.3 作用位点的查找 | 第119-122页 |
| 3.4.3.1 ATF3 同FHL2 作用位点的确定 | 第119-120页 |
| 3.4.3.2 FHL2 同ATF3 作用位点的确定 | 第120-121页 |
| 3.4.3.3 ZNF408 同ZNF408 自作用位点的确定 | 第121-122页 |
| 3.4.4 根据β-半乳糖苷活性寻找各种突变体作用部位 | 第122-125页 |
| 3.4.4.1 ATF3 和FHL2 各突变体之间的相互作用 | 第122-124页 |
| 3.4.4.2 ZNF408 与FHL2 及其各突变体之间的相互作用 | 第124-125页 |
| 3.4.5 cDNA 文库筛选 | 第125-127页 |
| 3.4.5.1 cDNA 文库的来源及处理结果 | 第125页 |
| 3.4.5.2 cDNA 文库的扩增 | 第125页 |
| 3.4.5.3 中等规模质粒抽提 | 第125-126页 |
| 3.4.5.4 筛库结果 | 第126-127页 |
| 3.4.6 小结 | 第127页 |
| 3.4.7 讨论 | 第127-128页 |
| 3.5 展望 | 第128-131页 |
| 第四章 结论 | 第131-133页 |
| 4.1 论文创新点 | 第131页 |
| 4.2 论文取得的研究成果 | 第131-133页 |
| 参考文献 | 第133-141页 |
| 附录 | 第141-143页 |
| 致谢 | 第143-144页 |
