| 中文摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 缩略语/符号说明 | 第12-13页 |
| 前言 | 第13-16页 |
| 研究现状、成果 | 第13-15页 |
| 研究目的、方法 | 第15-16页 |
| 1.实验对象 | 第16-18页 |
| 1.1 实验对象 | 第16页 |
| 1.2 实验分组 | 第16页 |
| 1.3 样本编号规则 | 第16页 |
| 1.4 院内获得性肺炎诊断标准 | 第16页 |
| 1.5 病原学诊断标准 | 第16页 |
| 1.6 入组标准和排除标准 | 第16-18页 |
| 2.实验方法 | 第18-24页 |
| 2.1 样本采集 | 第18页 |
| 2.2 传统的样本中病原学诊断技术 | 第18-19页 |
| 2.3 16S rRNA基因测序技术 | 第19-22页 |
| 2.3.1 宏基因组(Metagenome) | 第19页 |
| 2.3.2 技术路线 | 第19-20页 |
| 2.3.3 数据分析流程 | 第20-22页 |
| 2.4 临床信息采集 | 第22-23页 |
| 2.5 统计分析 | 第23-24页 |
| 3.实验结果 | 第24-57页 |
| 3.1 基本信息 | 第24页 |
| 3.2 结果分析流程 | 第24-30页 |
| 3.2.1 有效序列 | 第24页 |
| 3.2.2 优质序列 | 第24-28页 |
| 3.2.3 优质序列的长度分析 | 第28-29页 |
| 3.2.4 OTU聚类及注释 | 第29-30页 |
| 3.3 基于菌群丰度分析 | 第30-32页 |
| 3.3.1 稀释曲线 | 第30-31页 |
| 3.3.2 α多样性分析 | 第31-32页 |
| 3.4 基于群落结构分析 | 第32-48页 |
| 3.4.1 样品群落组成分析 | 第32-33页 |
| 3.4.2 门水平 | 第33-45页 |
| 3.4.3 属水平 | 第45-48页 |
| 3.5 含进化关系的菌群丰度分布 | 第48-49页 |
| 3.6 β多样性分析 | 第49-51页 |
| 3.7 主成分分析 | 第51-52页 |
| 3.8 聚类分析 | 第52-53页 |
| 3.9 群落功能基因预测 | 第53-57页 |
| 4.讨论 | 第57-62页 |
| 结论 | 第62-63页 |
| 参考文献 | 第63-68页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第68-69页 |
| 综述 浅谈16S rRNA基因测序技术与传统细菌培养技术在院内获得性肺炎病原菌诊断中的应用 | 第69-79页 |
| 综述参考文献 | 第76-79页 |
| 致谢 | 第79-80页 |
| 个人简历 | 第80页 |