| 致谢 | 第4-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 引言 | 第13-31页 |
| 1. HIV的基本形态特征、基因组和编码蛋白 | 第14-15页 |
| 2. SIV和HIV的起源和进化 | 第15-19页 |
| 2.1 HIV的起源和进化 | 第15-17页 |
| 2.2 SIV的起源和进化 | 第17-19页 |
| 3. 正选择进化分析 | 第19页 |
| 4. HIV的传播和选择瓶颈 | 第19-21页 |
| 5. HIV的复制生活周期 | 第21-22页 |
| 6.HIV-1 的包膜糖蛋白 | 第22-28页 |
| 6.1 包膜糖蛋白的基本结构和功能 | 第22-23页 |
| 6.2 包膜蛋白的合成，成熟及包装 | 第23-25页 |
| 6.3 膜融合过程和机理 | 第25页 |
| 6.4 包膜糖蛋白的适应性进化 | 第25-28页 |
| 7. 本研究的目的和意义 | 第28-31页 |
| 第二章 SIV和HIV不同进化阶段膜蛋白正选择压力的分析 | 第31-43页 |
| 1. 材料和方法 | 第31-34页 |
| 1.1 序列的筛选和比对 | 第31-32页 |
| 1.2 系统进化树的构建 | 第32-33页 |
| 1.3 正选择进化分析 | 第33-34页 |
| 2. 实验结果 | 第34-41页 |
| 2.1 SIV和HIV进化树的构建 | 第34-35页 |
| 2.2 SIV和HIV进化树中祖先枝的选择和重建 | 第35页 |
| 2.3 模型的比较和选择 | 第35页 |
| 2.4 SIV和HIV膜蛋白基因不同进化阶段中的正选择压力分析 | 第35-41页 |
| 3. 总结和讨论 | 第41-43页 |
| 第三章 Gp120蛋白在SIV和HIV传播进化历史中的选择特点及V1区功能的研究 | 第43-79页 |
| 1. 材料和方法 | 第43-57页 |
| 1.1 实验材料 | 第43-45页 |
| 1.2 实验方法 | 第45-57页 |
| 2. 实验结果 | 第57-73页 |
| 2.1 SIV和HIV的传播历史过程中膜蛋白选择特点的分析 | 第57-61页 |
| 2.2 HIV不同亚型（组）在流行进化过程中膜蛋白V1V2区长度变化特点的分析 | 第61-64页 |
| 2.3 HIV-1 膜蛋白gp120 V1区功能的研究 | 第64-73页 |
| 3. 实验讨论 | 第73-79页 |
| 附录 | 第79-87页 |
| 1. 正选择分析中使用到的参数模型 | 第79-81页 |
| 2. SIV和HIV-1 传播历史中膜蛋白糖基化位点的分析 | 第81-82页 |
| 3. SIV和HIV-2 传播历史中膜蛋白糖基化位点的分析 | 第82-83页 |
| 4. SIV和HIV-1 传播历史中所用到的序列（序列号） | 第83-84页 |
| 5. SIV和HIV-2 传播历史中所用到的序列（序列号） | 第84-87页 |
| 参考文献 | 第87-96页 |
| 作者简介以及在学期间发表的学术论文和研究成果 | 第96-97页 |
