| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第13-44页 |
| 1.1 肺炎克雷伯菌 | 第13-17页 |
| 1.1.1 肺炎克雷伯菌及其基因组测序 | 第13页 |
| 1.1.2 肺炎克雷伯菌的致病因子 | 第13-16页 |
| 1.1.3 肺炎克雷伯菌的耐药基因 | 第16-17页 |
| 1.2 细菌Ⅵ型分泌系统 (T6SS) | 第17-33页 |
| 1.2.1 已知的7种细菌分泌系统 | 第17-22页 |
| 1.2.2 T6SS跨膜结构 | 第22-23页 |
| 1.2.3 T6SS保守组件和辅件 | 第23-24页 |
| 1.2.4 T6SS膜蛋白复合物 | 第24-25页 |
| 1.2.5 T6SS髓鞘管道结构 | 第25-26页 |
| 1.2.6 T6SS的功能与调控 | 第26-29页 |
| 1.2.7 T6SS效应物 (T6SE) 及免疫蛋白 | 第29-33页 |
| 1.3 微生物信息学 | 第33-43页 |
| 1.3.1 微生物信息学简介 | 第33-35页 |
| 1.3.2 细菌保守基因簇的识别 | 第35-36页 |
| 1.3.3 细菌可移动遗传元件的识别 | 第36-42页 |
| 1.3.4 二级分子生物学数据库的开发 | 第42-43页 |
| 1.4 本课题的主要工作和研究意义 | 第43-44页 |
| 第二章 肺炎克雷伯菌T6SS基因簇的预测 | 第44-67页 |
| 2.1 引言 | 第44页 |
| 2.2 材料与方法 | 第44-47页 |
| 2.2.1 已知细菌T6SS的数据收集 | 第44-45页 |
| 2.2.2 分子生物学数据库的设计 | 第45-47页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第47-66页 |
| 2.3.1 T6SS相关文献的发掘 | 第47-50页 |
| 2.3.2 T6SS数据库SecReT6的开发 | 第50-51页 |
| 2.3.3 已知T6SS基因簇比较与分类 | 第51-56页 |
| 2.3.4 T6SS基因簇的识别 | 第56-59页 |
| 2.3.5 Ⅵ型分泌系统效应蛋白（T6SE）分类 | 第59-63页 |
| 2.3.6 T6SS基因簇识别工具T6SS-HMMER | 第63-64页 |
| 2.3.7 肺炎克雷伯菌的T6SS基因簇 | 第64-66页 |
| 2.4 本章小结 | 第66-67页 |
| 第三章 Ⅵ型分泌系统效应物（T6SE）的预测 | 第67-86页 |
| 3.1 引言 | 第67页 |
| 3.2 材料与方法 | 第67-70页 |
| 3.2.1 数据来源 | 第67-68页 |
| 3.2.2 T6SS基因簇比较工具T6SS-Comp | 第68页 |
| 3.2.3 T6SE序列特征提取与机器学习方法 | 第68-70页 |
| 3.3 结果与分析 | 第70-84页 |
| 3.3.1 T6SS基因簇内编码的效应物和免疫蛋白 | 第70-71页 |
| 3.3.2 基于支持向量机分类器的T6SS特异性效应物预测 | 第71-72页 |
| 3.3.3 现有T6SE预测方法的比较 | 第72-74页 |
| 3.3.4 T6SE序列特征的分析 | 第74-76页 |
| 3.3.5 结合蛋白质互作识别方法预测T6SE | 第76-84页 |
| 3.4 本章小结 | 第84-86页 |
| 第四章 肺炎克雷伯菌致病和耐药相关基因簇的识别及比较分析 | 第86-107页 |
| 4.1 引言 | 第86-87页 |
| 4.2 材料与方法 | 第87-95页 |
| 4.2.1 病原细菌可移动遗传元件MobilomeDB数据库 | 第87-88页 |
| 4.2.2 细菌致病和耐药相关基因簇分析工具集STeP的开发 | 第88-95页 |
| 4.3 结果与分析 | 第95-105页 |
| 4.3.1 基因簇比对工具CGCfinder | 第95-97页 |
| 4.3.2 功能元件共定位工具COGviewer | 第97-98页 |
| 4.3.3 基因组注释工具CDSeasy | 第98-100页 |
| 4.3.4 基因簇识别工具VRprofile | 第100-105页 |
| 4.4 本章小结 | 第105-107页 |
| 第五章 总结与展望 | 第107-109页 |
| 附录I | 第109-111页 |
| 附录II | 第111-150页 |
| 参考文献 | 第150-163页 |
| 致谢 | 第163-164页 |
| 攻读博士期间发表的论文 | 第164页 |
