| 致谢 | 第4-7页 |
| 中文摘要 | 第7-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 第1章 绪论 | 第17-35页 |
| 1.1 卤键 | 第17-19页 |
| 1.1.1 卤键的概念 | 第17页 |
| 1.1.2 卤键的本质 | 第17-18页 |
| 1.1.3 卤键在生物体系中的应用 | 第18页 |
| 1.1.4 小节 | 第18-19页 |
| 1.2 药物虚拟筛选 | 第19-22页 |
| 1.2.1 虚拟筛选的流程 | 第19-20页 |
| 1.2.2 分子对接软件 | 第20-21页 |
| 1.2.3 虚拟筛选的成功案例 | 第21-22页 |
| 1.2.4 小结 | 第22页 |
| 1.3 药物结合口袋 | 第22-32页 |
| 1.3.1 口袋识别的方法 | 第22-24页 |
| 1.3.2 口袋描述符 | 第24-26页 |
| 1.3.3 口袋测试数据集 | 第26-29页 |
| 1.3.4 口袋的可药性预测方法 | 第29-31页 |
| 1.3.5 口袋的动态行为分析 | 第31-32页 |
| 1.3.6 小结 | 第32页 |
| 1.4 论文总体安排 | 第32-35页 |
| 第2章 距离和溶剂对负电荷卤键的影响 | 第35-53页 |
| 2.1 引言 | 第35-37页 |
| 2.2 材料与方法 | 第37-40页 |
| 2.2.1 数据库调研 | 第37页 |
| 2.2.2 结构优化 | 第37-38页 |
| 2.2.3 相互作用能计算 | 第38页 |
| 2.2.4 分子表面静电势 | 第38页 |
| 2.2.5 QTAIM分析 | 第38-39页 |
| 2.2.6 能量分解 | 第39页 |
| 2.2.7 NBO分析 | 第39页 |
| 2.2.8 QM/MM计算 | 第39-40页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第40-50页 |
| 2.3.1 PDB数据库调研软件开发 | 第40-41页 |
| 2.3.2 负电荷卤键在PDB数据库中的统计 | 第41-42页 |
| 2.3.3 复合物的结构及相互作用能 | 第42-44页 |
| 2.3.4 距离对负电荷卤键强度的影响 | 第44-45页 |
| 2.3.5 溶剂效应对负电荷卤键强度的影响 | 第45-46页 |
| 2.3.6 负电荷卤键供体的分子表面静电势 | 第46页 |
| 2.3.7 QTAIM分析 | 第46-47页 |
| 2.3.8 能量分解分析 | 第47-48页 |
| 2.3.9 NBO分析 | 第48-49页 |
| 2.3.10 QM/MM计算 | 第49-50页 |
| 2.4 本章小结 | 第50-53页 |
| 第3章 金属铑催化的碳氢键活化偶联反应机理研究 | 第53-65页 |
| 3.1 引言 | 第53-54页 |
| 3.2 计算方法 | 第54-55页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第55-61页 |
| 3.3.1 第一次碳氢键（C(sp~2)-H）活化反应机理研究 | 第55-56页 |
| 3.3.2 铑卡宾介导的Rh-C键插入的反应机理研究 | 第56-58页 |
| 3.3.3 第二次碳氢键（C(sp~3)-H）活化反应机理研究 | 第58-59页 |
| 3.3.4 氧转移的反应机理和还原消除机理的比较 | 第59-61页 |
| 3.3.5 完整的反应路径 | 第61页 |
| 3.4 本章小结 | 第61-65页 |
| 第4章 药物结合口袋的识别方法发展及工具开发 | 第65-81页 |
| 4.1 引言 | 第65-66页 |
| 4.2 材料与方法 | 第66-74页 |
| 4.2.1 格点法 | 第66-67页 |
| 4.2.2 Voronoi Diagram法 | 第67-68页 |
| 4.2.3 球集法 | 第68-69页 |
| 4.2.4 球集向量法 | 第69-70页 |
| 4.2.5 药物靶标数据集 | 第70-72页 |
| 4.2.6 算法性能评估 | 第72页 |
| 4.2.7 口袋描述符的计算 | 第72-74页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第74-79页 |
| 4.3.1 插件PyPocket性能评估 | 第74-78页 |
| 4.3.2 药物靶标口袋的特征 | 第78-79页 |
| 4.4 本章小结 | 第79-81页 |
| 第5章 针对AR、OAR靶标的抗血吸虫药物虚拟筛选 | 第81-95页 |
| 5.1 引言 | 第81-84页 |
| 5.1.1 课题背景 | 第81-82页 |
| 5.1.2 血吸虫的醛糖还原酶 | 第82-83页 |
| 5.1.3 血吸虫的3-氧化酰基-酰基载体蛋白还原酶 | 第83-84页 |
| 5.2 基于血吸虫醛糖还原酶的药物虚拟筛选 | 第84-89页 |
| 5.2.1 材料与方法 | 第84-88页 |
| 5.2.2 结果与讨论 | 第88-89页 |
| 5.2.3 本节小结 | 第89页 |
| 5.3 基于3-氧化酰基-酰基载体蛋白还原酶的药物虚拟筛选 | 第89-93页 |
| 5.3.1 材料与方法 | 第89-90页 |
| 5.3.2 结果与讨论 | 第90-93页 |
| 5.3.3 本节小结 | 第93页 |
| 5.4 本章小结 | 第93-95页 |
| 第6章 基于哮喘疾病潜在靶标Transgelin-2的虚拟筛选 | 第95-103页 |
| 6.1 引言 | 第95页 |
| 6.2 材料与方法 | 第95-97页 |
| 6.2.1 靶标蛋白构象的选择 | 第95-96页 |
| 6.2.2 虚拟筛选的流程 | 第96-97页 |
| 6.3 结果与讨论 | 第97-100页 |
| 6.3.1 对接打分 | 第97-98页 |
| 6.3.2 活性测试结果 | 第98-99页 |
| 6.3.3 作用模式分析 | 第99-100页 |
| 6.3.4 相似性搜索 | 第100页 |
| 6.4 本章小结 | 第100-103页 |
| 第7章 总结和展望 | 第103-107页 |
| 参考文献 | 第107-129页 |
| 附录 | 第129-141页 |
| 作者简历 | 第141-143页 |
| 科研成果 | 第143-144页 |
