| 致谢 | 第6-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 缩写 | 第11-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-35页 |
| 1.1 叶绿体基因组学研究 | 第14-23页 |
| 1.1.1 叶绿体基因组研究概况 | 第14-17页 |
| 1.1.2 叶绿体基因组结构及其特征 | 第17-21页 |
| 1.1.3 叶绿体基因组测序方法 | 第21-22页 |
| 1.1.4 叶绿体基因组的应用 | 第22-23页 |
| 1.2 两种五加科植物的研究概况 | 第23-32页 |
| 1.2.1 八角金盘研究概况 | 第24-25页 |
| 1.2.2 天胡荽研究概况 | 第25-26页 |
| 1.2.3 伞形目、五加科的系统发育研究 | 第26-32页 |
| 1.3 研究目的与意义 | 第32-35页 |
| 第二章 材料与方法 | 第35-46页 |
| 2.1 实验材料、试剂与设备 | 第35-37页 |
| 2.1.1 植物原料 | 第35页 |
| 2.1.2 药品试剂 | 第35-36页 |
| 2.1.3 仪器设备及软件 | 第36-37页 |
| 2.2 实验方法 | 第37-41页 |
| 2.2.1 植物叶绿体全基因组测定的策略 | 第37页 |
| 2.2.2 植物叶绿体的提取方法 | 第37-38页 |
| 2.2.3 植物叶绿体DNA的提取与纯化 | 第38页 |
| 2.2.4 叶绿体基因组文库的构建 | 第38页 |
| 2.2.5 叶绿体基因组序列的拼接和组装 | 第38-41页 |
| 2.3 生物信息学分析方法 | 第41-46页 |
| 2.3.1 叶绿体基因组基本特征分析 | 第41页 |
| 2.3.2 基因的注释 | 第41页 |
| 2.3.3 重复序列与SSR分析方法 | 第41-42页 |
| 2.3.4 密码子使用偏性分析方法 | 第42页 |
| 2.3.5 叶绿体基因组比较分析方法 | 第42-44页 |
| 2.3.6 系统发育分析方法 | 第44-46页 |
| 第三章 八角金盘叶绿体基因组研究 | 第46-56页 |
| 3.1 基因组基本特征 | 第46页 |
| 3.2 基因的组成和分布 | 第46-49页 |
| 3.3 重复序列与SSR分析 | 第49-52页 |
| 3.4 密码子使用偏性分析 | 第52-54页 |
| 3.5 本章小结 | 第54-56页 |
| 第四章 天胡荽叶绿体基因组研究 | 第56-66页 |
| 4.1 基因组基本特征 | 第56页 |
| 4.2 基因的组成和分布 | 第56-59页 |
| 4.3 重复序列与SSR分析 | 第59-63页 |
| 4.4 密码子使用偏性分析 | 第63-65页 |
| 4.5 本章小结 | 第65-66页 |
| 第五章 叶绿体基因组的比较与系统发育分析 | 第66-85页 |
| 5.1 叶绿体基因组的比较 | 第66-73页 |
| 5.1.1 基本特征 | 第66-67页 |
| 5.1.2 基因的组成与分布 | 第67-69页 |
| 5.1.3 叶绿体基因组全序列比对 | 第69-70页 |
| 5.1.4 IR区边界分析 | 第70-72页 |
| 5.1.5 遗传距离 | 第72-73页 |
| 5.2 两种五加科植物和邻近科属植物的系统发育分析 | 第73-83页 |
| 5.2.1 基于CDS数据集构建的系统进化树 | 第73-74页 |
| 5.2.2 基于全长数据集构建的系统进化树 | 第74-76页 |
| 5.2.3 基于LSC数据集构建的系统进化树 | 第76-77页 |
| 5.2.4 基于SSC数据集构建的系统进化树 | 第77-78页 |
| 5.2.5 基于IR数据集构建的系统进化树 | 第78-79页 |
| 5.2.6 基于IGS数据集构建的系统进化树 | 第79页 |
| 5.2.7 基于introns数据集构建的系统进化树 | 第79-80页 |
| 5.2.8 不同数据集构建的系统进化树的比较和讨论 | 第80-83页 |
| 5.3 本章小结 | 第83-85页 |
| 第六章 总结与展望 | 第85-89页 |
| 6.1 总结 | 第85-86页 |
| 6.2 展望 | 第86-89页 |
| 参考文献 | 第89-96页 |
| 附录 | 第96-101页 |
| 作者简介 | 第101页 |
