| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 缩略词表 | 第10-11页 |
| 1 前言 | 第11-21页 |
| ·基因组规模代谢网络构建研究进展 | 第11-15页 |
| ·基因组规模代谢网络模拟分析研究进展 | 第15-17页 |
| ·流平衡分析简介 | 第17-18页 |
| ·共生固氮与大豆慢生根瘤菌研究进展 | 第18-19页 |
| ·根瘤菌基因组规模代谢网络研究进展 | 第19-20页 |
| ·研究目的和内容 | 第20-21页 |
| 2 材料与方法 | 第21-42页 |
| ·代谢网络草图构建 | 第21-23页 |
| ·代谢网络草图优化 | 第23-27页 |
| ·冗余反应去除 | 第23页 |
| ·辅因子确定 | 第23页 |
| ·分步反应和总反应选择 | 第23-24页 |
| ·一般反应处理 | 第24页 |
| ·大分子反应去除 | 第24页 |
| ·反应亚细胞定位 | 第24-25页 |
| ·自发反应添加 | 第25页 |
| ·代谢通路缺口填补 | 第25页 |
| ·反应方向确定 | 第25-26页 |
| ·反应方程式配平 | 第26页 |
| ·运输反应添加 | 第26-27页 |
| ·交换反应添加 | 第27页 |
| ·GPR关系确定 | 第27页 |
| ·目标函数确定 | 第27-38页 |
| ·生物量组分比例的确定 | 第29-30页 |
| ·蛋白质组分比例 | 第30-31页 |
| ·DNA组分比例 | 第31页 |
| ·RNA组分比例 | 第31-32页 |
| ·脂质组分比例 | 第32-33页 |
| ·肽聚糖组分比例 | 第33页 |
| ·脂多糖组分比例 | 第33-34页 |
| ·荚膜多糖和胞外多糖组分比例 | 第34-35页 |
| ·生物量各组分比例 | 第35-36页 |
| ·维持能计算 | 第36页 |
| ·生物量合成反应确定 | 第36-37页 |
| ·共生固氮模型目标函数确定 | 第37-38页 |
| ·代谢网络转化为标准格式 | 第38页 |
| ·模型校正 | 第38-42页 |
| ·调整代谢网络结构 | 第39页 |
| ·确定最简底物输入集 | 第39-41页 |
| ·B.japonicum USDA110基因组规模代谢网络基本特征 | 第41-42页 |
| 3 结果与分析 | 第42-63页 |
| ·基本分析 | 第42-45页 |
| ·底物利用能力分析 | 第42-44页 |
| ·不同生理状态特性代谢网络模型确定 | 第44-45页 |
| ·代谢和生理分析 | 第45-59页 |
| ·基础代谢途径分析 | 第45-48页 |
| ·KEGG代谢途径分析 | 第48-49页 |
| ·代谢通路流量分析 | 第49-52页 |
| ·共生固氮生理指数分析 | 第52-53页 |
| ·稳健性分析 | 第53-59页 |
| ·单稳健性分析 | 第53-55页 |
| ·双稳健性分析(表型相平面分析) | 第55-59页 |
| ·遗传分析 | 第59-63页 |
| ·模拟单基因敲除 | 第59-61页 |
| ·模拟双基因敲除 | 第61-63页 |
| 4 讨论与展望 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-75页 |
| 附录 | 第75-81页 |
| 硕士期间发表论文情况 | 第81-82页 |
| 致谢 | 第82页 |