| 摘要 | 第1-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 第一章 前言 | 第13-36页 |
| 1 桉树焦枯病菌 | 第14-17页 |
| 2 植物抗病机制研究进展 | 第17-20页 |
| ·植物抗病相关基因 | 第18-20页 |
| ·抗病基因 | 第18-19页 |
| ·防卫基因 | 第19-20页 |
| 3 桉树抗病分子机制研究概况 | 第20-21页 |
| 4 转录组和蛋白组 | 第21-24页 |
| ·转录组及其研究方法 | 第21-22页 |
| ·RNA-Seq技术及其在植物抗病方面的应用 | 第22页 |
| ·蛋白组及其研究方法 | 第22-23页 |
| ·iTRAQ技术及其在植物抗逆性中的应用 | 第23-24页 |
| 5 立论依据和研究意义 | 第24-26页 |
| 6 技术路线图 | 第26-27页 |
| 参考文献 | 第27-36页 |
| 第二章 福建省桉树焦枯病菌收集与分类鉴定 | 第36-55页 |
| 1 材料与方法 | 第36-42页 |
| ·材料 | 第36-37页 |
| ·供试菌株 | 第36-37页 |
| ·主要仪器及试剂 | 第37页 |
| ·方法 | 第37-42页 |
| ·形态学观察 | 第37页 |
| ·分子生物学鉴定 | 第37-39页 |
| ·菌丝制备 | 第37页 |
| ·基因组DNA提取 | 第37-38页 |
| ·BT、HIS3及TEF-1α片段扩增 | 第38页 |
| ·扩增产物的回收 | 第38-39页 |
| ·序列分析及系统发育树构建 | 第39页 |
| ·致病性测定 | 第39-42页 |
| 2 结果与分析 | 第42-51页 |
| ·形态学观察 | 第42-47页 |
| ·分子鉴定 | 第47-51页 |
| ·基因组DNA提取 | 第47页 |
| ·BT、HIS3和TEF-1α片段扩增与回收 | 第47-48页 |
| ·序列分析 | 第48页 |
| ·系统发育树构建 | 第48-51页 |
| ·致病性测定 | 第51页 |
| 3 讨论 | 第51-53页 |
| 参考文献 | 第53-55页 |
| 第三章 焦枯病菌胁迫下桉树转录组学分析 | 第55-96页 |
| 1 材料与方法 | 第55-60页 |
| ·材料处理 | 第55页 |
| ·孢子悬浮液配制 | 第55页 |
| ·样品处理与采集 | 第55页 |
| ·主要仪器与试剂 | 第55-56页 |
| ·方法与步骤 | 第56-60页 |
| ·Total RNA的提取 | 第56页 |
| ·RNA提取质量检测 | 第56页 |
| ·文库构建 | 第56-57页 |
| ·数据处理与评估 | 第57页 |
| ·Clean reads的获得 | 第57页 |
| ·测序质量评估 | 第57页 |
| ·比对与分析 | 第57页 |
| ·基因表达注释 | 第57-58页 |
| ·差异表达基因分析 | 第58-59页 |
| ·差异表达基因的筛选 | 第58页 |
| ·差异表达基因的GO功能分析 | 第58页 |
| ·差异表达基因的Pathway分析 | 第58-59页 |
| ·qRT-PCR验证 | 第59-60页 |
| ·cDNA的合成 | 第59页 |
| ·实时荧光定量PCR | 第59-60页 |
| 2 结果分析 | 第60-81页 |
| ·RNA提取质量分析 | 第60-61页 |
| ·测序质量评估 | 第61-63页 |
| ·测序reads评估 | 第61页 |
| ·测序饱和度分析 | 第61页 |
| ·测序随机性评价 | 第61-63页 |
| ·比对统计 | 第63页 |
| ·qRT-PCR验证 | 第63-64页 |
| ·差异表达基因研究 | 第64-81页 |
| ·病原菌接种后差异表达基因数量分析 | 第64-65页 |
| ·病原菌接种后的差异表达基因分析 | 第65-76页 |
| ·差异表达基因的 GO 功能注释 | 第76页 |
| ·差异表达基因的Pathway分析 | 第76-81页 |
| 3 讨论 | 第81-93页 |
| ·呼吸作用相关基因 | 第81-82页 |
| ·植物激素介导的防御反应信号途径相关基因 | 第82-84页 |
| ·SA、JA/ET介导的抗病信号途径 | 第82-83页 |
| ·BRs介导的抗病信号途径 | 第83-84页 |
| ·CTK及Auxins介导的抗病信号途径 | 第84页 |
| ·抗氧化相关基因 | 第84-85页 |
| ·苯丙烷类代谢相关基因 | 第85-86页 |
| ·类异戊二烯代谢途径相关基因 | 第86页 |
| ·植物与病原互作相关基因 | 第86-93页 |
| 参考文献 | 第93-96页 |
| 第四章 焦枯病菌胁迫下桉树蛋白组学研究 | 第96-124页 |
| 1 材料与方法 | 第96-99页 |
| ·材料 | 第96页 |
| ·主要仪器与试剂 | 第96页 |
| ·方法与步骤 | 第96-99页 |
| ·蛋白提取 | 第96-97页 |
| ·蛋白质量检测 | 第97页 |
| ·蛋白酶解 | 第97页 |
| ·iTRAQ标记 | 第97页 |
| ·SCX分离 | 第97-98页 |
| ·LC-MS/MS分析 | 第98页 |
| ·生物信息学分析 | 第98-99页 |
| ·原始数据处理 | 第98页 |
| ·基本鉴定信息统计 | 第98-99页 |
| ·GO分析 | 第99页 |
| ·COG分析 | 第99页 |
| ·Pathway分析 | 第99页 |
| ·差异蛋白的GO及Pathway富集分析 | 第99页 |
| 2 结果与分析 | 第99-115页 |
| ·蛋白质检测 | 第99-100页 |
| ·定量标准曲线 | 第99-100页 |
| ·蛋白质浓度 | 第100页 |
| ·蛋白质鉴定 | 第100-103页 |
| ·肽段鉴定质量评估 | 第100-101页 |
| ·基本鉴定信息 | 第101页 |
| ·蛋白相对分子质量分布 | 第101-102页 |
| ·肽段序列长度分布 | 第102页 |
| ·肽段序列覆盖度分布 | 第102-103页 |
| ·Unique肽段数量分布 | 第103页 |
| ·蛋白质注释 | 第103-107页 |
| ·GO分析 | 第103-106页 |
| ·COG功能分类 | 第106页 |
| ·Pathway分析 | 第106-107页 |
| ·差异表达蛋白分析 | 第107-114页 |
| ·蛋白质丰度比分布 | 第107-108页 |
| ·差异蛋白统计分析 | 第108页 |
| ·差异蛋白的GO富集分析 | 第108-113页 |
| ·差异蛋白的Pathway富集分析 | 第113-114页 |
| ·差异蛋白和差异基因的关联性分析 | 第114-115页 |
| ·蛋白组与转录组关联分析 | 第114-115页 |
| ·差异蛋白及其与对应基因的关联分析 | 第115页 |
| 3 讨论 | 第115-123页 |
| 参考文献 | 第123-124页 |
| 第五章 结论与创新点 | 第124-126页 |
| 1 结论 | 第124-125页 |
| 2 主要创新点 | 第125页 |
| 3 下阶段计划 | 第125-126页 |
| 附图 1 Ca. pseudoreteaudii 多重比对序列 | 第126-136页 |
| 附图 2 Ca. pseudocolhounii 多重比对序列 | 第136-142页 |
| 附图 3 Ca. kyotensis 多重比对序列 | 第142-150页 |
| 附图 4 Ca. pseudoreteaudii 接种后尾细桉 M1 病斑发展状况 | 第150-151页 |
| 致谢 | 第151-152页 |
