| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-11页 |
| 第1章 绪论 | 第11-23页 |
| ·红色糖多孢菌(Saccharopolyspora erythraea)简介 | 第11-15页 |
| ·红霉素(erythromycin,Er)简介 | 第11-12页 |
| ·红霉素的生物合成 | 第12-14页 |
| ·与红霉素合成相关的基因 | 第12-13页 |
| ·红霉素合成的生化途径 | 第13-14页 |
| ·红霉素的基因工程研究进展 | 第14-15页 |
| ·功能基因组学 | 第15-17页 |
| ·DNA水平上的功能基因组学 | 第15-16页 |
| ·RNA水平上的功能基因组学 | 第16-17页 |
| ·其他层面的功能基因组学研究 | 第17页 |
| ·基因表达调控研究方法 | 第17-21页 |
| ·凝胶迁移率电泳 | 第17-18页 |
| ·染色质免疫共沉淀技术 | 第18-19页 |
| ·基因组SELEX技术 | 第19-20页 |
| ·DNA亲和捕获分析 | 第20-21页 |
| ·转录调控因子GlnR | 第21-22页 |
| ·研究目的和意义 | 第22-23页 |
| 第2章 红色糖多孢菌基因组测序和转录组研究 | 第23-44页 |
| ·引言 | 第23页 |
| ·实验材料 | 第23-25页 |
| ·菌种 | 第23页 |
| ·实验试剂 | 第23-24页 |
| ·实验仪器 | 第24页 |
| ·培养基和溶液 | 第24-25页 |
| ·培养基的配制 | 第24-25页 |
| ·实验方法 | 第25-28页 |
| ·生产菌E3基因组测序 | 第25-26页 |
| ·菌种培养 | 第25页 |
| ·E3菌株基因组DNA提取 | 第25-26页 |
| ·生产菌E3基因组测序 | 第26页 |
| ·基因组功能注释和分析 | 第26页 |
| ·生产菌E3和野生菌NRRL23338表达谱芯片制备 | 第26-28页 |
| ·菌种发酵培养 | 第26页 |
| ·发酵过程中样品效价的测定 | 第26-27页 |
| ·RNA抽提 | 第27-28页 |
| ·总RNA纯度和浓度检测 | 第28页 |
| ·总RNA的OD_(260)/OD_(280)检测 | 第28页 |
| ·RNA电泳 | 第28页 |
| ·表达谱芯片杂交 | 第28页 |
| ·表达谱芯片数据分析 | 第28页 |
| ·实验结果与分析 | 第28-32页 |
| ·基因组DNA提取 | 第28-29页 |
| ·发酵过程中样品红霉素效价测定 | 第29-30页 |
| ·RNA电泳 | 第30-31页 |
| ·表达谱芯片扫描和数据处理 | 第31-32页 |
| ·数据分析与结论 | 第32-42页 |
| ·S.erythraea E3菌基因组特点及其与NRRL23338比较 | 第32-35页 |
| ·E3菌和NRRL23338菌转录组分析 | 第35-39页 |
| ·红霉素生物合成途径及其供给途径 | 第36-37页 |
| ·转运蛋白 | 第37-38页 |
| ·能量代谢 | 第38页 |
| ·次级代谢产物合成 | 第38-39页 |
| ·功能基因组分析 | 第39-42页 |
| ·讨论 | 第42-44页 |
| 第3章 红色糖多孢菌中GlnR转录调控因子功能研究 | 第44-74页 |
| ·引言 | 第44页 |
| ·实验材料 | 第44-49页 |
| ·菌种与质粒 | 第44页 |
| ·药品与试剂 | 第44-45页 |
| ·实验仪器 | 第45-46页 |
| ·常用溶液存储液的配制 | 第46-49页 |
| ·常用缓冲液 | 第46页 |
| ·抗生素和IPTG存储液 | 第46页 |
| ·培养基 | 第46-47页 |
| ·SDS-PAGE电泳相关溶液 | 第47-48页 |
| ·重组蛋白纯化相关溶液的配制 | 第48-49页 |
| ·实验方法 | 第49-63页 |
| ·glnR基因的获取 | 第49-51页 |
| ·红色糖多孢菌的培养 | 第49页 |
| ·红色糖多孢菌基因组的抽提 | 第49页 |
| ·PCR特异扩增目的基因片段 | 第49-51页 |
| ·引物设计 | 第50页 |
| ·PCR扩增获得glnR基因 | 第50页 |
| ·glnR基因片段的纯化回收 | 第50-51页 |
| ·pET-28a(+)质粒的抽提 | 第51-52页 |
| ·glnR基因和pET-28a(+)质粒的酶切、连接 | 第52-53页 |
| ·glnR基因和pET-28a(+)质粒的定量 | 第52页 |
| ·glnR基因和pET-28a(+)质粒的酶切 | 第52-53页 |
| ·glnR基因和pET-28a(+)质粒的连接 | 第53页 |
| ·连接产物转化大肠杆菌DH5α | 第53-55页 |
| ·大肠杆菌DH5α感受态的制备 | 第53-54页 |
| ·连接产物glnR/pET-28a(+)转化DH5α感受态细胞 | 第54页 |
| ·glnR/pET-28a(+)/DH5α的筛选 | 第54-55页 |
| ·glnR/pET-28a(+)转化表达菌BL21(DE3) | 第55页 |
| ·提取glnR/pET-28a(+)质粒 | 第55页 |
| ·制备大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞 | 第55页 |
| ·重组质粒glnR/pET-28a(+)转化BL21(DE3)感受态细胞 | 第55页 |
| ·筛选glnR/pET-28a(+)/BL21(DE3)阳性克隆 | 第55页 |
| ·GlnR蛋白的诱导表达 | 第55-57页 |
| ·IPTG诱导表达GlnR蛋白 | 第56页 |
| ·SDS-PAGE电泳检验GlnR蛋白诱导表达情况 | 第56-57页 |
| ·GlnR蛋白的制备 | 第57-58页 |
| ·纯化目的蛋白His-GlnR | 第57-58页 |
| ·重组蛋白His-GlnR定量 | 第58页 |
| ·PCR扩增可能的目的结合序列 | 第58-62页 |
| ·凝胶阻滞分析GlnR调控靶基因 | 第62-63页 |
| ·非变性聚丙烯酰胺凝胶配制 | 第62-63页 |
| ·EMSA反应体系的建立 | 第63页 |
| ·PAGE凝胶染色 | 第63页 |
| ·MEME在线分析GlnR的靶序列 | 第63页 |
| ·验证GlnR结合位点 | 第63页 |
| ·结果与分析 | 第63-70页 |
| ·glnR基因的获取 | 第63-64页 |
| ·红色糖多孢菌基因组的抽提 | 第63-64页 |
| ·glnR基因的PCR扩增 | 第64页 |
| ·glnR/pET-28a(+)/BL21(DE3)的构建 | 第64-65页 |
| ·pET-28a(+)质粒的抽提 | 第64-65页 |
| ·glnR基因和pET-28a(+)质粒的酶切、连接 | 第65页 |
| ·glnR/pET-28a(+)的转化DH5α的验证 | 第65页 |
| ·GlnR蛋白诱导表达 | 第65-66页 |
| ·GlnR蛋白的纯化 | 第66-67页 |
| ·GlnR蛋白定量 | 第67页 |
| ·PCR扩增DNA探针 | 第67-68页 |
| ·EMSA分析GlnR的靶标基因 | 第68-69页 |
| ·MEME在线分析GlnR的靶序列 | 第69页 |
| ·验证GlnR结合位点 | 第69-70页 |
| ·结论及讨论 | 第70-74页 |
| ·结论 | 第70页 |
| ·讨论 | 第70-74页 |
| 第4章 总结 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-80页 |
| 致谢 | 第80页 |
